转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 54 / 121 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000869 Chr05 NC_080391.1:6884518-6884532promoter 内 532-546 bp - 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 6880445-6881063(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCTTCGGATCTGAC
SmilChr01G003027 Chr01 NC_080387.1:49315793-49315807promoter 内 506-520 bp - 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 49319288-49320826(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTAGATCTAGTCCT
SmilChr01G001401 Chr01 NC_080387.1:27526897-27526911promoter 内 316-330 bp - 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 27518943-27523226(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCACTAGATCTCGT
SmilChr01G002684 Chr01 NC_080387.1:45060693-45060707promoter 内 181-195 bp + 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 45045665-45056887(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTAGATCTAACTCT
SmilChr04G000255 Chr04 NC_080390.1:2326244-2326258promoter 内 74-88 bp + 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 2316991-2322331(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTATCTCT
SmilChr01G000185 Chr01 NC_080387.1:3170203-3170217promoter 内 3973-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3170231-3177775(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAAATTA
SmilChr02G003483 Chr02 NC_080388.1:56104980-56104994promoter 内 3754-3768 bp + 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 56096161-56104747(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCGCGCCT
SmilChr03G003467 Chr03 NC_080389.1:53124468-53124482promoter 内 3560-3574 bp + 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53123903-53124041(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTAGCTGC
SmilChr02G000984 Chr02 NC_080388.1:17323084-17323098promoter 内 3390-3404 bp + 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 17319604-17322487(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAACCCA
SmilChr02G000275 Chr02 NC_080388.1:3524541-3524555promoter 内 3352-3366 bp + 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3519795-3523906(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCATTCCG
SmilChr02G002283 Chr02 NC_080388.1:40301185-40301199promoter 内 3174-3188 bp - 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 40302012-40303908(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAAGCTT
SmilChr02G000533 Chr02 NC_080388.1:7364299-7364313promoter 内 3161-3175 bp - 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 7365139-7366519(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTACCGCT
SmilChr03G002724 Chr03 NC_080389.1:43259214-43259228promoter 内 3078-3092 bp + 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 43260137-43262411(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTACTAGATCTCGG
SmilChr03G002800 Chr03 NC_080389.1:44481651-44481665promoter 内 3045-3059 bp + 942 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 44482607-44483331(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAAGACGGATCTGAG
SmilChr03G002041 Chr03 NC_080389.1:30851727-30851741promoter 内 3006-3020 bp + 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 30852722-30854433(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGCTAGATCCAAG
SmilChr04G001354 Chr04 NC_080390.1:22013972-22013986promoter 内 2918-2932 bp + 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 22015055-22030127(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAACTAGATCCCAA
SmilChr02G001294 Chr02 NC_080388.1:23883525-23883539promoter 内 2876-2890 bp + 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23881556-23882414(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATAGATCTAGTTTC
SmilChr04G000089 Chr04 NC_080390.1:792692-792706promoter 内 2849-2863 bp + 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 793844-808807(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTGTAGATCTGCG
SmilChr04G001713 Chr04 NC_080390.1:28314056-28314070promoter 内 2744-2758 bp + 1243 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 28308093-28312813(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTACAACG
SmilChr03G000070 Chr03 NC_080389.1:830808-830822promoter 内 2738-2752 bp + 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 828588-829559(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTGGATCTAGATTT
SmilChr05G000353 Chr05 NC_080391.1:2636151-2636165promoter 内 2698-2712 bp - 1289 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2637454-2639308(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCATACAC
SmilChr04G000265 Chr04 NC_080390.1:2415615-2415629promoter 内 2687-2701 bp + 1300 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2416929-2417676(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAACGAGATCTGGT
SmilChr01G005707 Chr01 NC_080387.1:73303943-73303957promoter 内 2673-2687 bp - 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 73305271-73306354(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAACTTA
SmilChr03G004358 Chr03 NC_080389.1:61800842-61800856promoter 内 2642-2656 bp + 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 61802201-61814273(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTGTAGATCTGAT
SmilChr03G001977 Chr03 NC_080389.1:28608656-28608670promoter 内 2639-2653 bp + 1348 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 28605256-28607308(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAACTTA
SmilChr04G001964 Chr04 NC_080390.1:31864238-31864252promoter 内 2585-2599 bp - 1402 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 31859525-31862836(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGGATGGATCTGAA
SmilChr02G005125 Chr02 NC_080388.1:72713205-72713219promoter 内 2327-2341 bp - 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 72714879-72730812(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAACATC
SmilChr01G001895 Chr01 NC_080387.1:34059279-34059293promoter 内 2237-2251 bp - 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 34061043-34062788(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGAGATCTAGTGCT
SmilChr02G005038 Chr02 NC_080388.1:72075710-72075724promoter 内 2170-2184 bp + 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 72077541-72081512(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAGGTAGATCTGAA
SmilChr04G000527 Chr04 NC_080390.1:5791065-5791079promoter 内 2009-2023 bp + 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 5787434-5789087(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTATACTA
SmilChr02G002437 Chr02 NC_080388.1:42532711-42532725promoter 内 1976-1990 bp + 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 42527911-42530700(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTACCGCT
SmilChr01G002364 Chr01 NC_080387.1:40804153-40804167promoter 内 1915-1929 bp - 2072 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 40806239-40815704(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTCAATTT
SmilChr01G000659 Chr01 NC_080387.1:14694307-14694321promoter 内 1905-1919 bp - 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 14696403-14698547(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTATCTCT
SmilChr03G003466 Chr03 NC_080389.1:53124468-53124482promoter 内 1905-1919 bp + 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53119620-53122386(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTAGCTGC
SmilChr01G001165 Chr01 NC_080387.1:23671412-23671426promoter 内 1865-1879 bp - 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23673548-23687383(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTATTCTT
SmilChr02G001274 Chr02 NC_080388.1:23375288-23375302promoter 内 1771-1785 bp - 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23377518-23380899(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAGGTTT
SmilChr01G005595 Chr01 NC_080387.1:72580277-72580291promoter 内 1731-1745 bp + 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 72575232-72578021(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAGTTTA
SmilChr03G002096 Chr03 NC_080389.1:32412479-32412493promoter 内 1643-1657 bp - 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 32414837-32415415(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAAGATCTAGATAC
SmilChr03G003468 Chr03 NC_080389.1:53124468-53124482promoter 内 1600-1614 bp + 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53126869-53130043(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCAGCTAGATCTGCC
SmilChr05G000002 Chr05 NC_080391.1:5794-5808promoter 内 1498-1512 bp - 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3232-3305(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATGATAGATCTGAG
SmilChr05G000001 Chr05 NC_080391.1:5794-5808promoter 内 1304-1318 bp - 2683 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 80-3111(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATGATAGATCTGAG
SmilChr04G003212 Chr04 NC_080390.1:48958718-48958732promoter 内 1280-1294 bp - 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 48953395-48956011(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGGACGGATCTGAA
SmilChr04G003004 Chr04 NC_080390.1:46430981-46430995promoter 内 1257-1271 bp + 2730 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 46433725-46436281(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGGACGGATCTGAA
SmilChr05G001510 Chr05 NC_080391.1:13857273-13857287promoter 内 1226-1240 bp - 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 13852314-13854512(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTGCCGGATCTGAG
SmilChr02G002543 Chr02 NC_080388.1:44285540-44285554promoter 内 1222-1236 bp - 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 44288319-44293962(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTACCGCT
SmilChr02G005124 Chr02 NC_080388.1:72713205-72713219promoter 内 1094-1108 bp - 2893 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 72706994-72710312(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATGTTAGATCTGGA
SmilChr03G002775 Chr03 NC_080389.1:44148913-44148927promoter 内 941-955 bp - 3046 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 44144140-44145867(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTACGAGATCTGGT
SmilChr03G004413 Chr03 NC_080389.1:62301781-62301795promoter 内 761-775 bp - 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 62305021-62305953(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTACCGCT
SmilChr04G000088 Chr04 NC_080390.1:792692-792706promoter 内 631-645 bp + 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 785865-789336(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTACACCA
SmilChr03G003951 Chr03 NC_080389.1:58568419-58568433promoter 内 596-610 bp + 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 58571824-58575211(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGGTTAGATCTGGT