转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 58 / 128 下载 TSV

上一页 58 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001023 Chr07 NC_080393.1:7440944-7440958promoter 内 1380-1394 bp - 2607 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 7436791-7438337(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCGCCACCGCAT
SmilChr07G002572 Chr07 NC_080393.1:24550528-24550542promoter 内 1356-1370 bp + 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 24553173-24559396(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCCGCCACCGCTG
SmilChr05G003766 Chr05 NC_080391.1:50920067-50920081promoter 内 1300-1314 bp + 2687 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50922768-50922867(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCAA
SmilChr08G003109 Chr08 NC_080394.1:31349584-31349598promoter 内 1183-1197 bp - 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 31344980-31346780(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACCCCGCCACCGCTG
SmilChr05G003450 Chr05 NC_080391.1:45905555-45905569promoter 内 1170-1184 bp + 2817 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 45901647-45902738(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCGC
SmilChr05G003767 Chr05 NC_080391.1:50920067-50920081promoter 内 1114-1128 bp + 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50922954-50923049(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCAA
SmilChr06G000431 Chr06 NC_080392.1:3553739-3553753promoter 内 1064-1078 bp - 2923 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 3548153-3550816(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTAGCTCCACCGCCG
SmilChr05G001452 Chr05 NC_080391.1:13272262-13272276promoter 内 975-989 bp - 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 13264523-13269250(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCACCT
SmilChr05G003768 Chr05 NC_080391.1:50920067-50920081promoter 内 911-925 bp + 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50923157-50923253(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCAA
SmilChr07G003442 Chr07 NC_080393.1:38158221-38158235promoter 内 812-826 bp - 3175 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 38150725-38155046(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCACCT
SmilChr04G001489 Chr04 NC_080390.1:24341293-24341307promoter 内 811-825 bp - 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 24336566-24338117(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCCAGCCACCGCCA
SmilChr07G001650 Chr07 NC_080393.1:13955038-13955052promoter 内 811-825 bp + 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 13958228-13959771(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCCAGCCACCGCCA
SmilChr01G001639 Chr01 NC_080387.1:30425607-30425621promoter 内 674-688 bp + 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 30420018-30422294(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCTGTGA
SmilChr06G003294 Chr06 NC_080392.1:45476777-45476791promoter 内 649-663 bp + 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 45480129-45487773(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACCTCCACCGTCG
SmilChr05G003591 Chr05 NC_080391.1:48013400-48013414promoter 内 632-646 bp - 3355 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 48006250-48010045(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAATCTCCACCGCCA
SmilChr07G001158 Chr07 NC_080393.1:8676298-8676312promoter 内 540-554 bp - 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 8670695-8672851(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCCCCACCGCCC
SmilChr01G000964 Chr01 NC_080387.1:20445201-20445215promoter 内 474-488 bp + 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 20433516-20441688(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCGC
SmilChr02G001747 Chr02 NC_080388.1:32061793-32061807promoter 内 246-260 bp + 3741 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 32049309-32058052(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGACC
SmilChr02G001346 Chr02 NC_080388.1:25137342-25137356promoter 内 136-150 bp + 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 25141207-25144288(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCACCT
SmilChr08G001416 Chr08 NC_080394.1:11344649-11344663promoter 内 93-107 bp + 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 11335875-11340755(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGAACG
SmilChr02G000452 Chr02 NC_080388.1:6009148-6009162promoter 内 11-25 bp + 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 6013138-6021092(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCGGCCACCGCCT
SmilChr01G004908 Chr01 NC_080387.1:67112071-67112085promoter 内 811-825 bp - 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 4 67115261-67119955(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGCTGG
SmilChr06G001945 Chr06 NC_080392.1:23938747-23938761promoter 内 3228-3242 bp + 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 23939520-23944110(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCACCACCGCAA
SmilChr03G001184 Chr03 NC_080389.1:13605583-13605597promoter 内 2163-2177 bp + 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 13607421-13609139(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCTTCCACCGCCG
SmilChr01G001048 Chr01 NC_080387.1:21770505-21770519promoter 内 1984-1998 bp - 2003 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 21772522-21840439(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTGTCG
SmilChr07G002670 Chr07 NC_080393.1:25990638-25990652promoter 内 1595-1609 bp - 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 25986201-25988246(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCTCTCCACCGCCG
SmilChr02G000490 Chr02 NC_080388.1:6697812-6697826promoter 内 869-883 bp + 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 6700944-6705414(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACAGCCACCGCCG
SmilChr05G004098 Chr05 NC_080391.1:54840376-54840390promoter 内 726-740 bp + 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 54836572-54837115(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGAGATGG
SmilChr03G002018 Chr03 NC_080389.1:30187811-30187825promoter 内 205-219 bp + 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 30191607-30194001(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCACCACCGCAA
SmilChr01G001021 Chr01 NC_080387.1:21382007-21382021promoter 内 154-168 bp - 3833 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 21385854-21388451(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCAGATG
SmilChr07G002312 Chr07 NC_080393.1:21404364-21404378promoter 内 3545-3559 bp - 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 21404820-21407277(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGTGGTGGAGGAGG
SmilChr07G003532 Chr07 NC_080393.1:40745354-40745368promoter 内 3489-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40743774-40744856(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTGTCG
SmilChr08G002452 Chr08 NC_080394.1:23330887-23330901promoter 内 3351-3365 bp + 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 23326566-23330251(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGGGGA
SmilChr05G001641 Chr05 NC_080391.1:15371321-15371335promoter 内 3297-3311 bp - 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 15372025-15373269(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCTGAGC
SmilChr04G001193 Chr04 NC_080390.1:18254085-18254099promoter 内 3254-3268 bp - 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 18249630-18253352(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCACCACCGCAA
SmilChr03G001130 Chr03 NC_080389.1:13054649-13054663promoter 内 3019-3033 bp + 968 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 13055631-13056833(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCCGGCCACCGCCG
SmilChr02G005566 Chr02 NC_080388.1:75575087-75575101promoter 内 2936-2950 bp + 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 75576152-75579955(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCTCTCCACCGCCG
SmilChr01G000658 Chr01 NC_080387.1:14685885-14685899promoter 内 2716-2730 bp - 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 14687170-14689566(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGCGAG
SmilChr04G003153 Chr04 NC_080390.1:48144064-48144078promoter 内 2713-2727 bp + 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 48145352-48147489(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCCCTCCACCGCCC
SmilChr07G002765 Chr07 NC_080393.1:27510610-27510624promoter 内 2436-2450 bp + 1551 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 27512175-27514043(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAGCCCCACCGCCG
SmilChr08G002351 Chr08 NC_080394.1:22236578-22236592promoter 内 2432-2446 bp + 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 22238147-22241082(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCGCTCCACCGCCG
SmilChr05G001598 Chr05 NC_080391.1:14691424-14691438promoter 内 2370-2384 bp - 1617 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 14693055-14714954(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGCGAG
SmilChr05G000055 Chr05 NC_080391.1:259921-259935promoter 内 2365-2379 bp - 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 261557-262674(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGCTGG
SmilChr05G000707 Chr05 NC_080391.1:5326542-5326556promoter 内 2296-2310 bp + 1691 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5328247-5332836(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACAGCCACCGCCG
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SmilChr04G001626 Chr04 NC_080390.1:27025316-27025330promoter 内 2185-2199 bp - 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 27021549-27023514(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGGCT
SmilChr02G004409 Chr02 NC_080388.1:66413958-66413972promoter 内 2017-2031 bp - 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 66408238-66411988(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACACCGCCACCGCTT
SmilChr01G001818 Chr01 NC_080387.1:33102485-33102499promoter 内 1842-1856 bp + 2145 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 33100189-33100340(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTCGAGG
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SmilChr06G000253 Chr06 NC_080392.1:1679580-1679594promoter 内 1454-1468 bp - 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1675512-1677047(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCGCTCCACCGCTG