转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 59 / 128 下载 TSV

上一页 59 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003732 Chr05 NC_080391.1:50426137-50426151promoter 内 1398-1412 bp + 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 50420391-50423548(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGTGGTGGAGGAGG
SmilChr06G003237 Chr06 NC_080392.1:45075721-45075735promoter 内 1081-1095 bp - 2906 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 45078641-45080191(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGCGGC
SmilChr08G000591 Chr08 NC_080394.1:4411514-4411528promoter 内 1080-1094 bp - 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4407318-4408607(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCCGGCCACCGCCG
SmilChr05G001642 Chr05 NC_080391.1:15371321-15371335promoter 内 907-921 bp - 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 15374415-15379375(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCTGAGC
SmilChr07G001916 Chr07 NC_080393.1:16562159-16562173promoter 内 713-727 bp + 3274 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 16556955-16558885(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCACG
SmilChr04G004028 Chr04 NC_080390.1:55556233-55556247promoter 内 664-678 bp - 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 55550890-55552910(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCAGCCACCGCCA
SmilChr08G000593 Chr08 NC_080394.1:4411514-4411528promoter 内 650-664 bp - 3337 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4414865-4416664(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCGGGA
SmilChr01G005759 Chr01 NC_080387.1:73701361-73701375promoter 内 617-631 bp - 3370 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 73682109-73697991(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCCCCACCGCCG
SmilChr05G001640 Chr05 NC_080391.1:15371321-15371335promoter 内 473-487 bp - 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 15366602-15367807(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCAGCCACCGCCA
SmilChr02G000111 Chr02 NC_080388.1:1403734-1403748promoter 内 451-465 bp - 3536 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 1407284-1409535(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCAGATG
SmilChr08G003334 Chr08 NC_080394.1:34635091-34635105promoter 内 206-220 bp - 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 34638886-34640922(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTGTCG
SmilChr02G001547 Chr02 NC_080388.1:28761022-28761036promoter 内 173-187 bp + 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 28764850-28769645(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCTCCACCGCTT
SmilChr02G005564 Chr02 NC_080388.1:75575087-75575101promoter 内 115-129 bp + 3872 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 75564504-75571215(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGAGGA
SmilChr06G001538 Chr06 NC_080392.1:16632215-16632229promoter 内 42-56 bp - 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 16636174-16638340(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGCCGGTGGAGGTGG
SmilChr07G003533 Chr07 NC_080393.1:40745354-40745368promoter 内 24-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40749331-40750435(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACAGCCACCGCCG
SmilChr08G002757 Chr08 NC_080394.1:27232330-27232344promoter 内 907-921 bp - 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 6 27226334-27229250(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GATCCGCCACCGCCT
SmilChr07G003625 Chr07 NC_080393.1:42782549-42782563promoter 内 396-410 bp + 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 5 42778853-42778958(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGAGGAGA
SmilChr02G002362 Chr02 NC_080388.1:41398305-41398319promoter 内 1909-1923 bp + 2078 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 4 41400397-41402231(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACCA
SmilChr04G002946 Chr04 NC_080390.1:45795679-45795693promoter 内 3125-3139 bp - 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 45793024-45794817(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCCACCACCGCCG
SmilChr07G000991 Chr07 NC_080393.1:7216405-7216419promoter 内 2916-2930 bp + 1071 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 7217490-7217561(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACCA
SmilChr02G000071 Chr02 NC_080388.1:901176-901190promoter 内 2689-2703 bp - 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 897628-899878(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAGCCCCACCGCCA
SmilChr07G002858 Chr07 NC_080393.1:28739091-28739105promoter 内 2403-2417 bp - 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 28740689-28745834(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGAAGG
SmilChr05G004014 Chr05 NC_080391.1:54086339-54086353promoter 内 2332-2346 bp + 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 54082776-54084684(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCAG
SmilChr01G003014 Chr01 NC_080387.1:49170842-49170856promoter 内 2079-2093 bp + 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 49172764-49176736(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTTCTCCACCGCCG
SmilChr01G000271 Chr01 NC_080387.1:5366202-5366216promoter 内 1916-1930 bp - 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 5363352-5364131(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTAACGCCACCGCCG
SmilChr01G000264 Chr01 NC_080387.1:5099289-5099303promoter 内 1755-1769 bp + 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 5088159-5097057(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGCTA
SmilChr07G001530 Chr07 NC_080393.1:12376492-12376506promoter 内 1634-1648 bp - 2353 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 12378859-12380690(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCATTGG
SmilChr06G002718 Chr06 NC_080392.1:39256285-39256299promoter 内 1549-1563 bp + 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 39258737-39260113(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCATCACCGCCG
SmilChr02G004689 Chr02 NC_080388.1:69210971-69210985promoter 内 686-700 bp + 3301 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 69207208-69207670(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGAGG
SmilChr03G002880 Chr03 NC_080389.1:45469134-45469148promoter 内 625-639 bp - 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 45472510-45477828(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGATGGTGG
SmilChr01G001896 Chr01 NC_080387.1:34089995-34090009promoter 内 467-481 bp - 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 3 34081061-34086475(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACCA
SmilChr01G000400 Chr01 NC_080387.1:8211606-8211620promoter 内 3983-3997 bp + 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 8211624-8212178(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACCA
SmilChr03G003621 Chr03 NC_080389.1:54861453-54861467promoter 内 3585-3599 bp + 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 54859913-54861051(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATGCGGTGGAGGTGG
SmilChr01G004296 Chr01 NC_080387.1:61152854-61152868promoter 内 3297-3311 bp - 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 61153558-61157057(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGACAG
SmilChr01G000401 Chr01 NC_080387.1:8211606-8211620promoter 内 3179-3193 bp + 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 8212428-8213027(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACCA
SmilChr07G004090 Chr07 NC_080393.1:52434054-52434068promoter 内 3062-3076 bp + 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 52434993-52444450(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACCA
SmilChr08G001390 Chr08 NC_080394.1:11130350-11130364promoter 内 3018-3032 bp - 969 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 11131333-11132256(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCTG
SmilChr08G003099 Chr08 NC_080394.1:31196360-31196374promoter 内 2929-2943 bp - 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 31197432-31200104(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCAG
SmilChr02G000151 Chr02 NC_080388.1:1991472-1991486promoter 内 2922-2936 bp + 1065 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 1992551-1995058(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAGCCCCACCGCCA
SmilChr03G002165 Chr03 NC_080389.1:33693744-33693758promoter 内 2386-2400 bp - 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 33688071-33692143(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCTCCACCGCTG
SmilChr03G004247 Chr03 NC_080389.1:60963232-60963246promoter 内 2329-2343 bp - 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 60964904-60965829(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCTCGG
SmilChr03G003620 Chr03 NC_080389.1:54861453-54861467promoter 内 2306-2320 bp + 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 54858763-54859772(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATGCGGTGGAGGTGG
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SmilChr01G004039 Chr01 NC_080387.1:58815489-58815503promoter 内 1967-1981 bp + 2020 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 58813397-58813469(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGAGG
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SmilChr06G001067 Chr06 NC_080392.1:10548994-10549008promoter 内 1400-1414 bp + 2587 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 10538855-10546407(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGAGG
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SmilChr08G002760 Chr08 NC_080394.1:27232330-27232344promoter 内 1237-1251 bp - 2750 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 27235094-27240754(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGGATC