转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 6 / 134 下载 TSV

上一页 6 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000318 Chr02 NC_080388.1:3995750-3995764promoter 内 2523-2537 bp - 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 3993468-3994286(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTCTGCCGACATCC
SmilChr07G000950 Chr07 NC_080393.1:6808019-6808033promoter 内 2389-2403 bp - 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 6809631-6814777(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGTGAGGA
SmilChr05G000360 Chr05 NC_080391.1:2690184-2690198promoter 内 2334-2348 bp + 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 2686892-2688531(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCAGTGG
SmilChr08G001427 Chr08 NC_080394.1:11428133-11428147promoter 内 2326-2340 bp + 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 11425558-11426472(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCCGGGC
SmilChr01G001423 Chr01 NC_080387.1:27853351-27853365promoter 内 2194-2208 bp + 1793 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 27855158-27861667(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTCCGGCCGACATCA
SmilChr05G001154 Chr05 NC_080391.1:9683947-9683961promoter 内 2034-2048 bp + 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 9685914-9685998(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACCTCACCGACATCA
SmilChr02G005310 Chr02 NC_080388.1:73996719-73996733promoter 内 1992-2006 bp - 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 73998728-74000883(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGCGTGGG
SmilChr02G005107 Chr02 NC_080388.1:72586256-72586270promoter 内 1730-1744 bp + 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 72588527-72590966(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATCGCCGACATCG
SmilChr06G002015 Chr06 NC_080392.1:25907940-25907954promoter 内 1590-1604 bp - 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 25904667-25905543(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTCTGCCGACATCC
SmilChr08G000849 Chr08 NC_080394.1:6300481-6300495promoter 内 1381-1395 bp - 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 6289574-6297875(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGGCGCCGACATAA
SmilChr05G001153 Chr05 NC_080391.1:9683947-9683961promoter 内 1207-1221 bp + 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 9679754-9681167(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGTGAGGT
SmilChr08G000850 Chr08 NC_080394.1:6300481-6300495promoter 内 1183-1197 bp - 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 6303299-6305462(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGCGCCGG
SmilChr02G005308 Chr02 NC_080388.1:73996719-73996733promoter 内 816-830 bp - 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 73991125-73993548(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCCACGCCGACATGA
SmilChr06G001551 Chr06 NC_080392.1:16882129-16882143promoter 内 661-675 bp - 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 16875685-16878803(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAGCCGCCGACATCA
SmilChr07G002397 Chr07 NC_080393.1:22330109-22330123promoter 内 3709-3723 bp + 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 22329484-22329831(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGCTGC
SmilChr02G002359 Chr02 NC_080388.1:41371602-41371616promoter 内 514-528 bp + 3473 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 41375089-41377936(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTTCGCCGACATCT
SmilChr01G005291 Chr01 NC_080387.1:70228262-70228276promoter 内 382-396 bp - 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 70231881-70234315(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTGGTGG
SmilChr01G001714 Chr01 NC_080387.1:31609029-31609043promoter 内 3405-3419 bp - 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 31605432-31608447(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCAGCGCCGACATCG
SmilChr02G002142 Chr02 NC_080388.1:38542271-38542285promoter 内 2932-2946 bp - 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 38543340-38546017(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCGAACG
SmilChr03G000204 Chr03 NC_080389.1:2301617-2301631promoter 内 2372-2386 bp + 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 2303246-2315523(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTTGGCCGACATGG
SmilChr07G004197 Chr07 NC_080393.1:54020278-54020292promoter 内 2218-2232 bp - 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 54017794-54018509(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGCTGCCGACATGA
SmilChr08G002473 Chr08 NC_080394.1:23635996-23636010promoter 内 1689-1703 bp - 2298 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 23631820-23633698(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGCGGCCGACATCG
SmilChr01G005290 Chr01 NC_080387.1:70228262-70228276promoter 内 1636-1650 bp - 2351 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 70230627-70231738(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTGGTGG
SmilChr08G000518 Chr08 NC_080394.1:3763513-3763527promoter 内 1324-1338 bp - 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 3766190-3767197(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCCATGT
SmilChr01G002990 Chr01 NC_080387.1:48830042-48830056promoter 内 589-603 bp - 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 48823379-48826644(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGGCGCCGACATCC
SmilChr01G005921 Chr01 NC_080387.1:75038767-75038781promoter 内 565-579 bp - 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 75032688-75035345(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAACCACCGACATCG
SmilChr04G001191 Chr04 NC_080390.1:18240816-18240830promoter 内 463-477 bp + 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 18236463-18237292(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGCTGC
SmilChr01G005270 Chr01 NC_080387.1:70128360-70128374promoter 内 298-312 bp - 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 70132063-70133235(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTGGTGG
SmilChr01G005923 Chr01 NC_080387.1:75038767-75038781promoter 内 210-224 bp - 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 75042558-75043921(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGTGGTTG
SmilChr01G003554 Chr01 NC_080387.1:54174467-54174481promoter 内 168-182 bp + 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 54178300-54179238(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCCGCGCCGACATCA
SmilChr08G001935 Chr08 NC_080394.1:16987196-16987210promoter 内 3108-3122 bp - 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 4 16988089-16989165(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr03G001478 Chr03 NC_080389.1:17776939-17776953promoter 内 3347-3361 bp - 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 17777593-17778415(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr08G001936 Chr08 NC_080394.1:16991674-16991688promoter 内 3129-3143 bp - 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 16992546-16993622(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr07G002946 Chr07 NC_080393.1:29834134-29834148promoter 内 3063-3077 bp - 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 29835072-29836095(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGTCGGCGACGG
SmilChr08G002973 Chr08 NC_080394.1:29768163-29768177promoter 内 3557-3571 bp + 430 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 29764779-29767733(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCAAAGT
SmilChr03G001477 Chr03 NC_080389.1:17772756-17772770promoter 内 3331-3345 bp - 656 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 17773426-17774232(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGTCGGCGACGG
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