靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00021663-RA_Salv |
SmilChr01G000025 |
SBP | XP_057790305.1 |
MP00633 |
TTGTACGGA |
8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 64 / 137 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G002178 |
Chr01 | NC_080387.1:37867777-37867785promoter 内 602-610 bp |
- | 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 37862410-37864386(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
SmilChr02G000738 |
Chr02 | NC_080388.1:11959094-11959102promoter 内 598-606 bp |
- | 3395 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 11952330-11955699(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
SmilChr04G003089 |
Chr04 | NC_080390.1:47512565-47512573promoter 内 583-591 bp |
- | 3410 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 47515983-47517462(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr06G002154 |
Chr06 | NC_080392.1:29353779-29353787promoter 内 558-566 bp |
+ | 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 29357222-29360226(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
SmilChr03G003223 |
Chr03 | NC_080389.1:49903892-49903900promoter 内 543-551 bp |
+ | 3450 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 49899621-49900442(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr08G002625 |
Chr08 | NC_080394.1:25621353-25621361promoter 内 533-541 bp |
+ | 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 25624821-25630989(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
SmilChr03G004755 |
Chr03 | NC_080389.1:64651533-64651541promoter 内 518-526 bp |
+ | 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 64633916-64648058(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr01G003440 |
Chr01 | NC_080387.1:52994884-52994892promoter 内 508-516 bp |
- | 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 52988922-52991399(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
SmilChr05G003114 |
Chr05 | NC_080391.1:39679035-39679043promoter 内 505-513 bp |
- | 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 39682531-39684565(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr06G001796 |
Chr06 | NC_080392.1:21074923-21074931promoter 内 499-507 bp |
+ | 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 21068920-21071429(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr07G001791 |
Chr07 | NC_080393.1:15266137-15266145promoter 内 498-506 bp |
+ | 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 15255648-15262642(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr02G000762 |
Chr02 | NC_080388.1:12418964-12418972promoter 内 480-488 bp |
+ | 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 12414325-12415451(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr03G002755 |
Chr03 | NC_080389.1:43776410-43776418promoter 内 477-485 bp |
- | 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 43779934-43781498(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr08G000684 |
Chr08 | NC_080394.1:5090001-5090009promoter 内 476-484 bp |
- | 3517 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 5083614-5086484(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
SmilChr04G002950 |
Chr04 | NC_080390.1:45840488-45840496promoter 内 463-471 bp |
- | 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 45833586-45836958(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
SmilChr08G003872 |
Chr08 | NC_080394.1:45817475-45817483promoter 内 458-466 bp |
+ | 3535 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 45821018-45821091(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
SmilChr07G003043 |
Chr07 | NC_080393.1:31552901-31552909promoter 内 448-456 bp |
+ | 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 31544367-31549356(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr03G002376 |
Chr03 | NC_080389.1:37497840-37497848promoter 内 447-455 bp |
- | 3546 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 37492807-37494294(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
SmilChr02G002837 |
Chr02 | NC_080388.1:48508544-48508552promoter 内 437-445 bp |
+ | 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 48503933-48504988(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr03G001759 |
Chr03 | NC_080389.1:23948998-23949006promoter 内 424-432 bp |
- | 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 23944449-23945429(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
SmilChr07G003334 |
Chr07 | NC_080393.1:35694652-35694660promoter 内 424-432 bp |
+ | 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 35689238-35691083(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr04G003993 |
Chr04 | NC_080390.1:55318988-55318996promoter 内 421-429 bp |
- | 3572 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 55322568-55324194(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr07G003452 |
Chr07 | NC_080393.1:38554838-38554846promoter 内 416-424 bp |
+ | 3577 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 38550287-38551261(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr07G003860 |
Chr07 | NC_080393.1:48068019-48068027promoter 内 369-377 bp |
- | 3624 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 48071651-48075011(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr07G003700 |
Chr07 | NC_080393.1:44623569-44623577promoter 内 354-362 bp |
+ | 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 44627216-44627926(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
SmilChr05G002415 |
Chr05 | NC_080391.1:26687681-26687689promoter 内 333-341 bp |
+ | 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 26680501-26684021(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr07G003439 |
Chr07 | NC_080393.1:38053960-38053968promoter 内 333-341 bp |
+ | 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 38049197-38050300(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr06G001946 |
Chr06 | NC_080392.1:24004525-24004533promoter 内 326-334 bp |
+ | 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 24008200-24026207(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
SmilChr07G003722 |
Chr07 | NC_080393.1:45161478-45161486promoter 内 323-331 bp |
+ | 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 45165156-45166399(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
SmilChr02G001026 |
Chr02 | NC_080388.1:18191456-18191464promoter 内 318-326 bp |
+ | 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 18186984-18187781(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr05G001251 |
Chr05 | NC_080391.1:10638366-10638374promoter 内 312-320 bp |
- | 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 10642055-10645817(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr03G004055 |
Chr03 | NC_080389.1:59503587-59503595promoter 内 284-292 bp |
+ | 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 59494761-59499878(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr03G004576 |
Chr03 | NC_080389.1:63651900-63651908promoter 内 213-221 bp |
- | 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 63655688-63656368(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr04G001229 |
Chr04 | NC_080390.1:19326734-19326742promoter 内 204-212 bp |
+ | 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 19330531-19337972(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
SmilChr05G000778 |
Chr05 | NC_080391.1:6083790-6083798promoter 内 204-212 bp |
+ | 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 6078851-6080001(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
SmilChr02G001654 |
Chr02 | NC_080388.1:30697269-30697277promoter 内 203-211 bp |
- | 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 30689682-30693479(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
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- | 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 41141284-41141910(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
SmilChr05G002088 |
Chr05 | NC_080391.1:21878574-21878582promoter 内 202-210 bp |
- | 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 21869726-21874783(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
SmilChr03G002642 |
Chr03 | NC_080389.1:42013336-42013344promoter 内 197-205 bp |
- | 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 42017140-42020606(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
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Chr01 | NC_080387.1:70501489-70501497promoter 内 176-184 bp |
- | 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 70493962-70497672(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
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SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
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- | 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 1351189-1353066(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
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+ | 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.6/ 100 | 1 | 25619521-25623502(-) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
CCCGTACAC |
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SMil_00021663-RA_Salv |
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CCCGTACAC |
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SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
GTGTACGGG |
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SMil_00021663-RA_Salv |
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CCCGTACAC |
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SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
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CCCGTACAC |
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MP00633 |
GTGTACGGG |
SmilChr01G003290 |
Chr01 | NC_080387.1:51601870-51601878promoter 内 2196-2204 bp |
+ | 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.4/ 100 | 3 | 51603675-51604186(+) |
SMil_00021663-RA_Salv |
MP00633 |
TGGTACGGA |