转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021663-RA_Salv SmilChr01G000025 SBP XP_057790305.1 MP00633 TTGTACGGA

可能结合的靶基因

8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 64 / 137 下载 TSV

上一页 64 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002178 Chr01 NC_080387.1:37867777-37867785promoter 内 602-610 bp - 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 37862410-37864386(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr02G000738 Chr02 NC_080388.1:11959094-11959102promoter 内 598-606 bp - 3395 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 11952330-11955699(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr04G003089 Chr04 NC_080390.1:47512565-47512573promoter 内 583-591 bp - 3410 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 47515983-47517462(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr06G002154 Chr06 NC_080392.1:29353779-29353787promoter 内 558-566 bp + 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 29357222-29360226(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr03G003223 Chr03 NC_080389.1:49903892-49903900promoter 内 543-551 bp + 3450 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 49899621-49900442(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr08G002625 Chr08 NC_080394.1:25621353-25621361promoter 内 533-541 bp + 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 25624821-25630989(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr03G004755 Chr03 NC_080389.1:64651533-64651541promoter 内 518-526 bp + 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 64633916-64648058(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr01G003440 Chr01 NC_080387.1:52994884-52994892promoter 内 508-516 bp - 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 52988922-52991399(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr05G003114 Chr05 NC_080391.1:39679035-39679043promoter 内 505-513 bp - 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 39682531-39684565(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr06G001796 Chr06 NC_080392.1:21074923-21074931promoter 内 499-507 bp + 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 21068920-21071429(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr07G001791 Chr07 NC_080393.1:15266137-15266145promoter 内 498-506 bp + 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 15255648-15262642(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr02G000762 Chr02 NC_080388.1:12418964-12418972promoter 内 480-488 bp + 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 12414325-12415451(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr03G002755 Chr03 NC_080389.1:43776410-43776418promoter 内 477-485 bp - 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 43779934-43781498(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr08G000684 Chr08 NC_080394.1:5090001-5090009promoter 内 476-484 bp - 3517 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 5083614-5086484(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr04G002950 Chr04 NC_080390.1:45840488-45840496promoter 内 463-471 bp - 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 45833586-45836958(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr08G003872 Chr08 NC_080394.1:45817475-45817483promoter 内 458-466 bp + 3535 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 45821018-45821091(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr07G003043 Chr07 NC_080393.1:31552901-31552909promoter 内 448-456 bp + 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 31544367-31549356(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr03G002376 Chr03 NC_080389.1:37497840-37497848promoter 内 447-455 bp - 3546 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 37492807-37494294(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr02G002837 Chr02 NC_080388.1:48508544-48508552promoter 内 437-445 bp + 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 48503933-48504988(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr03G001759 Chr03 NC_080389.1:23948998-23949006promoter 内 424-432 bp - 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 23944449-23945429(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr07G003334 Chr07 NC_080393.1:35694652-35694660promoter 内 424-432 bp + 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 35689238-35691083(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr04G003993 Chr04 NC_080390.1:55318988-55318996promoter 内 421-429 bp - 3572 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 55322568-55324194(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr07G003452 Chr07 NC_080393.1:38554838-38554846promoter 内 416-424 bp + 3577 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 38550287-38551261(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr07G003860 Chr07 NC_080393.1:48068019-48068027promoter 内 369-377 bp - 3624 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 48071651-48075011(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr07G003700 Chr07 NC_080393.1:44623569-44623577promoter 内 354-362 bp + 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 44627216-44627926(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr05G002415 Chr05 NC_080391.1:26687681-26687689promoter 内 333-341 bp + 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 26680501-26684021(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr07G003439 Chr07 NC_080393.1:38053960-38053968promoter 内 333-341 bp + 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 38049197-38050300(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr06G001946 Chr06 NC_080392.1:24004525-24004533promoter 内 326-334 bp + 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 24008200-24026207(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr07G003722 Chr07 NC_080393.1:45161478-45161486promoter 内 323-331 bp + 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 45165156-45166399(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr02G001026 Chr02 NC_080388.1:18191456-18191464promoter 内 318-326 bp + 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 18186984-18187781(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr05G001251 Chr05 NC_080391.1:10638366-10638374promoter 内 312-320 bp - 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 10642055-10645817(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr03G004055 Chr03 NC_080389.1:59503587-59503595promoter 内 284-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 59494761-59499878(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr03G004576 Chr03 NC_080389.1:63651900-63651908promoter 内 213-221 bp - 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 63655688-63656368(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr04G001229 Chr04 NC_080390.1:19326734-19326742promoter 内 204-212 bp + 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 19330531-19337972(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr05G000778 Chr05 NC_080391.1:6083790-6083798promoter 内 204-212 bp + 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 6078851-6080001(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr02G001654 Chr02 NC_080388.1:30697269-30697277promoter 内 203-211 bp - 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 30689682-30693479(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr06G002837 Chr06 NC_080392.1:41145700-41145708promoter 内 203-211 bp - 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 41141284-41141910(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr05G002088 Chr05 NC_080391.1:21878574-21878582promoter 内 202-210 bp - 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 21869726-21874783(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr03G002642 Chr03 NC_080389.1:42013336-42013344promoter 内 197-205 bp - 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 42017140-42020606(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr01G005329 Chr01 NC_080387.1:70501489-70501497promoter 内 176-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 70493962-70497672(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr02G004210 Chr02 NC_080388.1:64360639-64360647promoter 内 145-153 bp - 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 64364495-64368110(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr08G000200 Chr08 NC_080394.1:1347332-1347340promoter 内 144-152 bp - 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 1351189-1353066(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr05G002359 Chr05 NC_080391.1:25627375-25627383promoter 内 120-128 bp + 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 25619521-25623502(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr03G002231 Chr03 NC_080389.1:35220225-35220233promoter 内 109-117 bp + 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 35215797-35216341(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr07G002267 Chr07 NC_080393.1:20877939-20877947promoter 内 85-93 bp + 3908 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 20881855-20885018(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr04G001588 Chr04 NC_080390.1:26398877-26398885promoter 内 47-55 bp + 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 26389526-26394931(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr08G004691 Chr08 NC_080394.1:56343573-56343581promoter 内 16-24 bp - 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 56347558-56349088(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr02G001021 Chr02 NC_080388.1:18041362-18041370promoter 内 12-20 bp + 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 18031757-18037381(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 CCCGTACAC
SmilChr02G000242 Chr02 NC_080388.1:3129247-3129255promoter 内 3-11 bp - 3990 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 3122092-3125257(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GTGTACGGG
SmilChr01G003290 Chr01 NC_080387.1:51601870-51601878promoter 内 2196-2204 bp + 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 51603675-51604186(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TGGTACGGA