转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 64 / 147 下载 TSV

上一页 64 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001268 Chr03 NC_080389.1:14716721-14716734promoter 内 2386-2399 bp - 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 14718336-14720534(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GACATAGTCAACAT
SmilChr04G001776 Chr04 NC_080390.1:29196539-29196552promoter 内 2386-2399 bp + 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 29193652-29194937(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCATAAGTCAAAGA
SmilChr04G002879 Chr04 NC_080390.1:44992387-44992400promoter 内 2384-2397 bp + 1604 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 44994004-44997472(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTATCC
SmilChr03G001141 Chr03 NC_080389.1:13138761-13138774promoter 内 2325-2338 bp - 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 13140437-13141153(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGTCTGGTCAACGG
SmilChr03G002789 Chr03 NC_080389.1:44397305-44397318promoter 内 2316-2329 bp - 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 44398990-44400916(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAAATAGTCAACTT
SmilChr01G002999 Chr01 NC_080387.1:48976708-48976721promoter 内 2202-2215 bp - 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 48970122-48974922(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACTTTGACTTTGGG
SmilChr04G002957 Chr04 NC_080390.1:45929422-45929435promoter 内 2188-2201 bp - 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 45931235-45935277(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAACAAGTCAAAGA
SmilChr03G000261 Chr03 NC_080389.1:3050721-3050734promoter 内 2187-2200 bp - 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 3046579-3048920(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTATGC
SmilChr01G002374 Chr01 NC_080387.1:40966018-40966031promoter 内 2179-2192 bp - 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 40960406-40964209(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAGTTGACTGTTTT
SmilChr01G003708 Chr01 NC_080387.1:55432556-55432569promoter 内 2149-2162 bp + 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 55434408-55435001(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACCACTTA
SmilChr04G001249 Chr04 NC_080390.1:19659817-19659830promoter 内 2092-2105 bp - 1896 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 19656504-19657921(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACCCCCTC
SmilChr01G004497 Chr01 NC_080387.1:63078689-63078702promoter 内 2074-2087 bp + 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 63075848-63076775(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCATAAGTCAAAGA
SmilChr01G002175 Chr01 NC_080387.1:37824116-37824129promoter 内 2068-2081 bp - 1920 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 37818396-37822196(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTACTTT
SmilChr02G000518 Chr02 NC_080388.1:7150230-7150243promoter 内 2032-2045 bp - 1956 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 7145294-7148274(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTATGC
SmilChr03G003530 Chr03 NC_080389.1:53914389-53914402promoter 内 1997-2010 bp + 1991 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 53910690-53912398(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAAAGAGTCAACAA
SmilChr02G004239 Chr02 NC_080388.1:64588144-64588157promoter 内 1971-1984 bp + 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 64586055-64586127(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATATAAGTCAACTC
SmilChr01G000264 Chr01 NC_080387.1:5099172-5099185promoter 内 1873-1886 bp - 2115 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5088159-5097057(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTGTTGG
SmilChr01G001120 Chr01 NC_080387.1:22823747-22823760promoter 内 1848-1861 bp + 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 22825900-22826668(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTTCATC
SmilChr02G005486 Chr02 NC_080388.1:75046569-75046582promoter 内 1834-1847 bp - 2154 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 75048736-75053767(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAACAAGTCAAAGA
SmilChr02G001856 Chr02 NC_080388.1:33771060-33771073promoter 内 1769-1782 bp - 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 33768403-33768841(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCTTTGACTTGTCT
SmilChr01G000506 Chr01 NC_080387.1:10224042-10224055promoter 内 1594-1607 bp - 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 10226449-10227917(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CACACAGTCAACAC
SmilChr03G003733 Chr03 NC_080389.1:56367012-56367025promoter 内 1572-1585 bp - 2416 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 56361768-56364596(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTATGC
SmilChr02G003792 Chr02 NC_080388.1:59571921-59571934promoter 内 1493-1506 bp + 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 59574429-59576739(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAGTTGACTTATGT
SmilChr04G003200 Chr04 NC_080390.1:48847959-48847972promoter 内 1447-1460 bp - 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 48843856-48845418(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGTTGACTTGTAG
SmilChr02G004221 Chr02 NC_080388.1:64421805-64421818promoter 内 1425-1438 bp + 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 64424381-64430938(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTGATAA
SmilChr01G000114 Chr01 NC_080387.1:1962489-1962502promoter 内 1414-1427 bp - 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1965076-1968156(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCATAAGTCAAAGA
SmilChr03G001159 Chr03 NC_080389.1:13377272-13377285promoter 内 1258-1271 bp + 2730 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 13373447-13374542(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCATAAGTCAAAGA
SmilChr03G002966 Chr03 NC_080389.1:46411275-46411288promoter 内 1196-1209 bp + 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 46399994-46408483(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACAGAAGTCAACCT
SmilChr04G000517 Chr04 NC_080390.1:5696640-5696653promoter 内 1109-1122 bp - 2879 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5699532-5700239(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACATAAGTCAACTA
SmilChr03G000908 Chr03 NC_080389.1:10402893-10402906promoter 内 1016-1029 bp - 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 10405878-10409933(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TATTAAGTCAACCC
SmilChr02G004953 Chr02 NC_080388.1:71493848-71493861promoter 内 902-915 bp - 3086 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 71488154-71490762(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTTTGAA
SmilChr03G001140 Chr03 NC_080389.1:13138761-13138774promoter 内 829-842 bp - 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 13130690-13135602(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACCAGACT
SmilChr01G001326 Chr01 NC_080387.1:26369317-26369330promoter 内 806-819 bp + 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 26372512-26378022(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTATGTG
SmilChr03G003398 Chr03 NC_080389.1:52375031-52375044promoter 内 795-808 bp - 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 52369776-52371838(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGTTGACTTCCGT
SmilChr02G000996 Chr02 NC_080388.1:17498246-17498259promoter 内 724-737 bp - 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 17491781-17494982(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACTTTGACTTTCCG
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