靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00004943-RA_Salv |
SmilChr07G002937 |
MIKC_MADS | XP_057777490.1 |
MP00096 |
CCAAAAATGGAA |
9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 66 / 161 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G000750 |
Chr01 | NC_080387.1:16572876-16572887promoter 内 1014-1025 bp |
- | 2976 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.8/ 100 | 1 | 16575863-16581141(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
GCCCATTTTTGG |
SmilChr01G002153 |
Chr01 | NC_080387.1:37533653-37533664promoter 内 891-902 bp |
- | 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.8/ 100 | 1 | 37529358-37530554(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAATGGGC |
SmilChr04G000589 |
Chr04 | NC_080390.1:6556416-6556427promoter 内 831-842 bp |
+ | 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.8/ 100 | 1 | 6559586-6578686(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAGAAATGGAA |
SmilChr02G004263 |
Chr02 | NC_080388.1:64836732-64836743promoter 内 827-838 bp |
+ | 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.8/ 100 | 1 | 64828012-64833569(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCATTTTAGG |
SmilChr07G002232 |
Chr07 | NC_080393.1:20515679-20515690promoter 内 689-700 bp |
+ | 3301 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.8/ 100 | 1 | 20518991-20521343(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAGAAATGGAA |
SmilChr05G000376 |
Chr05 | NC_080391.1:2825392-2825403promoter 内 493-504 bp |
- | 3497 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.8/ 100 | 1 | 2828900-2830841(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCATTTTAGG |
SmilChr03G001957 |
Chr03 | NC_080389.1:27982858-27982869promoter 内 382-393 bp |
+ | 3608 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.8/ 100 | 1 | 27977687-27979250(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCATTTCTGG |
SmilChr02G004227 |
Chr02 | NC_080388.1:64492323-64492334promoter 内 365-376 bp |
- | 3625 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.8/ 100 | 1 | 64488626-64488698(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAATGGGC |
SmilChr05G003976 |
Chr05 | NC_080391.1:53562224-53562235promoter 内 257-268 bp |
+ | 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.8/ 100 | 1 | 53554992-53558491(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TTCCATTTCTGG |
SmilChr08G001264 |
Chr08 | NC_080394.1:10014452-10014463promoter 内 1710-1721 bp |
- | 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 3 | 10010966-10012172(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGGA |
SmilChr04G003363 |
Chr04 | NC_080390.1:50220970-50220981promoter 内 2348-2359 bp |
- | 1642 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 50212442-50219328(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGGA |
SmilChr08G000375 |
Chr08 | NC_080394.1:2612271-2612282promoter 内 2321-2332 bp |
- | 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 2613951-2614525(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCTTTTTTGG |
SmilChr08G000379 |
Chr08 | NC_080394.1:2656817-2656828promoter 内 2321-2332 bp |
- | 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 2658497-2659086(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCTTTTTTGG |
SmilChr01G004443 |
Chr01 | NC_080387.1:62556119-62556130promoter 内 3932-3943 bp |
+ | 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 62554906-62556061(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCTTTTTTGG |
SmilChr04G000320 |
Chr04 | NC_080390.1:2920614-2920625promoter 内 3670-3681 bp |
- | 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 2920945-2921988(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCTTTTTTGG |
SmilChr01G000152 |
Chr01 | NC_080387.1:2588664-2588675promoter 内 3646-3657 bp |
+ | 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 2589019-2591200(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGGA |
SmilChr03G003234 |
Chr03 | NC_080389.1:50187179-50187190promoter 内 3645-3656 bp |
+ | 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 50187535-50191632(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGGA |
SmilChr02G001927 |
Chr02 | NC_080388.1:34682740-34682751promoter 内 3574-3585 bp |
- | 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 34683167-34686374(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCTTTTTTGG |
SmilChr04G003512 |
Chr04 | NC_080390.1:51481996-51482007promoter 内 3530-3541 bp |
- | 460 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 51479564-51481536(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGGA |
SmilChr01G002275 |
Chr01 | NC_080387.1:39521796-39521807promoter 内 3456-3467 bp |
- | 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 39522341-39524619(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCTTTTTTGG |
SmilChr01G000139 |
Chr01 | NC_080387.1:2339048-2339059promoter 内 3349-3360 bp |
+ | 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 2339700-2341885(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGGA |
SmilChr03G000550 |
Chr03 | NC_080389.1:5958576-5958587promoter 内 3305-3316 bp |
+ | 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 5959272-5962864(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGGA |
SmilChr05G004295 |
Chr05 | NC_080391.1:56686033-56686044promoter 内 3187-3198 bp |
- | 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 56683362-56685230(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGGA |
SmilChr01G001507 |
Chr01 | NC_080387.1:28900280-28900291promoter 内 3137-3148 bp |
- | 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 28901144-28904373(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCTTTTTTGG |
SmilChr07G001172 |
Chr07 | NC_080393.1:8826497-8826508promoter 内 3073-3084 bp |
+ | 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 8821545-8825580(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCTTTTTTGG |
SmilChr03G001088 |
Chr03 | NC_080389.1:12579984-12579995promoter 内 2904-2915 bp |
- | 1086 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 12581081-12582292(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCTTTTTTGG |
SmilChr04G002925 |
Chr04 | NC_080390.1:45521075-45521086promoter 内 2614-2625 bp |
- | 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 45518617-45519699(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGGA |
SmilChr01G002290 |
Chr01 | NC_080387.1:39739065-39739076promoter 内 2358-2369 bp |
- | 1632 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 39735727-39737433(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGGA |
SmilChr08G000380 |
Chr08 | NC_080394.1:2668215-2668226promoter 内 2309-2320 bp |
- | 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 2669907-2670617(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCTTTTTTGG |
SmilChr06G002619 |
Chr06 | NC_080392.1:37702552-37702563promoter 内 2148-2159 bp |
- | 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 37704405-37711020(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCTTTTTTGG |
SmilChr05G004298 |
Chr05 | NC_080391.1:56701997-56702008promoter 内 2106-2117 bp |
- | 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 56695115-56700113(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGGA |
SmilChr01G005118 |
Chr01 | NC_080387.1:68980298-68980309promoter 内 2057-2068 bp |
- | 1933 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 68977183-68978365(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGGA |
SmilChr01G001179 |
Chr01 | NC_080387.1:23845855-23845866promoter 内 1821-1832 bp |
- | 2169 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 23836130-23843686(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
CCAAAAAAGGGA |
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Chr02 | NC_080388.1:58196311-58196322promoter 内 1566-1577 bp |
+ | 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 58188716-58193887(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
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- | 2674 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 2572232-2572679(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCTTTTTTGG |
SmilChr08G000374 |
Chr08 | NC_080394.1:2591860-2591871promoter 内 1316-1327 bp |
- | 2674 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 2594545-2595099(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
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Chr07 | NC_080393.1:17612600-17612611promoter 内 1233-1244 bp |
+ | 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 17615368-17619499(+) |
SMil_00004943-RA_Salv |
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SmilChr08G001115 |
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- | 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 8658318-8661960(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
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+ | 2984 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 39697429-39700168(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
TCCCTTTTTTGG |
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+ | 2998 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 40092924-40095342(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
MP00096 |
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+ | 3001 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 11436973-11442426(+) |
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- | 3018 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 34678675-34679722(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
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+ | 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 62559170-62565033(+) |
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- | 3150 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 56680717-56682883(-) |
SMil_00004943-RA_Salv |
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SmilChr01G001106 |
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+ | 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 43025343-43027624(-) |
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SmilChr01G002510 |
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