转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 67 / 134 下载 TSV

上一页 67 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003614 Chr02 NC_080388.1:57379897-57379911promoter 内 2761-2775 bp - 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 57373768-57378671(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGTAATGATTTT
SmilChr02G002827 Chr02 NC_080388.1:48375929-48375943promoter 内 2635-2649 bp + 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 48367998-48374577(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTATATGA
SmilChr03G002462 Chr03 NC_080389.1:38967495-38967509promoter 内 2580-2594 bp + 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 38968916-38970956(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAGCTAATGATTGG
SmilChr02G001005 Chr02 NC_080388.1:17737457-17737471promoter 内 2529-2543 bp - 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 17735893-17735999(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGCAACGATGATTAC
SmilChr02G002053 Chr02 NC_080388.1:36935767-36935781promoter 内 2505-2519 bp - 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 36937263-36939768(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCATCATTAACCAT
SmilChr02G003633 Chr02 NC_080388.1:57677429-57677443promoter 内 2485-2499 bp - 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 57672451-57675927(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTATCTAATGATGGG
SmilChr01G003270 Chr01 NC_080387.1:51403090-51403104promoter 内 2468-2482 bp + 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 51392925-51401571(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCATTCAA
SmilChr01G003525 Chr01 NC_080387.1:53876407-53876421promoter 内 2401-2415 bp - 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 53878007-53885531(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGGTTCT
SmilChr02G005561 Chr02 NC_080388.1:75544755-75544769promoter 内 2323-2337 bp + 1664 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 75546433-75548590(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAACTAATGATGGC
SmilChr02G005560 Chr02 NC_080388.1:75544755-75544769promoter 内 2300-2314 bp + 1687 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 75540696-75543068(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCCATCATTAGTTGA
SmilChr01G003467 Chr01 NC_080387.1:53230928-53230942promoter 内 2193-2207 bp - 1794 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 53232736-53233425(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGGTTCT
SmilChr01G001017 Chr01 NC_080387.1:21335883-21335897promoter 内 2165-2179 bp + 1822 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 21337719-21339873(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTAACAATGATTGT
SmilChr01G001084 Chr01 NC_080387.1:22269651-22269665promoter 内 2111-2125 bp - 1876 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 22267275-22267775(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATGTTAATGATGAT
SmilChr02G001548 Chr02 NC_080388.1:28773119-28773133promoter 内 2027-2041 bp + 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 28775093-28778230(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACTGGCAATGATTGA
SmilChr02G003530 Chr02 NC_080388.1:56450116-56450130promoter 内 1959-1973 bp - 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 56452158-56455371(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATCGAA
SmilChr02G003584 Chr02 NC_080388.1:57003219-57003233promoter 内 1939-1953 bp - 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 57005281-57007063(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATCGAA
SmilChr03G001822 Chr03 NC_080389.1:24935058-24935072promoter 内 1877-1891 bp - 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 24937182-24938090(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATGCTG
SmilChr03G000488 Chr03 NC_080389.1:5218054-5218068promoter 内 1814-1828 bp - 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 5220241-5222556(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAAATTT
SmilChr02G004294 Chr02 NC_080388.1:65298473-65298487promoter 内 1785-1799 bp - 2202 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 65300689-65303577(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATCATTAGCTAT
SmilChr01G001034 Chr01 NC_080387.1:21492147-21492161promoter 内 1765-1779 bp + 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 21494383-21495550(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATGTTAATGATGAT
SmilChr01G001045 Chr01 NC_080387.1:21714303-21714317promoter 内 1711-1725 bp + 2276 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 21698391-21712027(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGACATA
SmilChr01G001070 Chr01 NC_080387.1:22097126-22097140promoter 内 1673-1687 bp - 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 22099454-22100565(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGACATA
SmilChr03G001654 Chr03 NC_080389.1:21499491-21499505promoter 内 1548-1562 bp - 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 21501944-21504123(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAAATTT
SmilChr02G004054 Chr02 NC_080388.1:62860186-62860200promoter 内 1516-1530 bp - 2471 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 62862671-62864748(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAAATTT
SmilChr01G003468 Chr01 NC_080387.1:53230928-53230942promoter 内 1434-1448 bp - 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 53233495-53234247(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGGTTCT
SmilChr02G001066 Chr02 NC_080388.1:18992167-18992181promoter 内 1404-1418 bp + 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 18988692-18989584(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTTCTACA
SmilChr01G004005 Chr01 NC_080387.1:58438476-58438490promoter 内 1371-1385 bp + 2616 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 58441106-58442543(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CATCACAATGATTAG
SmilChr02G000444 Chr02 NC_080388.1:5819876-5819890promoter 内 1230-1244 bp - 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 5816373-5817119(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATGGTTAATGATGAC
SmilChr01G003327 Chr01 NC_080387.1:51955933-51955947promoter 内 1136-1150 bp + 2851 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 51943737-51953082(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATGGCC
SmilChr01G004787 Chr01 NC_080387.1:66098604-66098618promoter 内 941-955 bp + 3046 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 66093412-66095558(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCATTGTC
SmilChr01G001090 Chr01 NC_080387.1:22357426-22357440promoter 内 852-866 bp - 3135 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 22352657-22354291(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTAACAATGATTGT
SmilChr02G003323 Chr02 NC_080388.1:54488632-54488646promoter 内 844-858 bp + 3143 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 54484798-54485489(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCATAATA
SmilChr03G000395 Chr03 NC_080389.1:4322932-4322946promoter 内 820-834 bp + 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 4316937-4319765(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATCATTATACCT
SmilChr01G002336 Chr01 NC_080387.1:40532144-40532158promoter 内 761-775 bp + 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 40535384-40537096(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGTAGCGATGATTAG
SmilChr01G003826 Chr01 NC_080387.1:56590722-56590736promoter 内 733-747 bp - 3254 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 56593990-56598392(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTAATATT
SmilChr01G003836 Chr01 NC_080387.1:56715736-56715750promoter 内 727-741 bp + 3260 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 56708052-56712476(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTAATATT
SmilChr01G002221 Chr01 NC_080387.1:38610895-38610909promoter 内 532-546 bp + 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 38614364-38618732(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATTTAATGATGAA
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SmilChr02G005040 Chr02 NC_080388.1:72127695-72127709promoter 内 443-457 bp + 3544 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 72131253-72136802(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTGAAATGATTAG
SmilChr02G004028 Chr02 NC_080388.1:62554976-62554990promoter 内 231-245 bp - 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 62558746-62562572(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GACATCATTATTATT
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SmilChr01G005568 Chr01 NC_080387.1:72468918-72468932promoter 内 3333-3347 bp - 654 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 72465758-72468264(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATTTC
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SmilChr01G005623 Chr01 NC_080387.1:72718108-72718122promoter 内 3836-3850 bp - 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 72716806-72717957(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATACTAATGATGGA
SmilChr01G005541 Chr01 NC_080387.1:72232375-72232389promoter 内 3798-3812 bp + 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 72230622-72232186(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTTCTTCT