转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 69 / 135 下载 TSV

上一页 69 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005276 Chr01 NC_080387.1:70179763-70179777promoter 内 3486-3500 bp - 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 70180278-70183704(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGCGACA
SmilChr01G005260 Chr01 NC_080387.1:70083866-70083880promoter 内 3482-3496 bp - 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 70084385-70087913(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGCGACA
SmilChr02G002347 Chr02 NC_080388.1:41238328-41238342promoter 内 3469-3483 bp + 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 41238860-41241625(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTCCCCTTATCTAC
SmilChr01G000734 Chr01 NC_080387.1:16300265-16300279promoter 内 3411-3425 bp + 576 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 16299172-16299689(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAGATAAGGCAAAT
SmilChr01G000887 Chr01 NC_080387.1:18934236-18934250promoter 内 3401-3415 bp + 586 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 18928523-18933650(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGACGAAG
SmilChr01G002846 Chr01 NC_080387.1:47036236-47036250promoter 内 3389-3403 bp - 598 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 47030507-47035638(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTCTCCTTATCTGA
SmilChr01G005319 Chr01 NC_080387.1:70422400-70422414promoter 内 3370-3384 bp + 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 70423031-70423624(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTCCCTTATCCCA
SmilChr01G003534 Chr01 NC_080387.1:53976300-53976314promoter 内 3302-3316 bp + 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 53976999-53978814(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACCACCTTATCAAA
SmilChr01G001094 Chr01 NC_080387.1:22387258-22387272promoter 内 3265-3279 bp + 722 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 22386464-22386536(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAGATAAGGTCAGC
SmilChr02G005416 Chr02 NC_080388.1:74623832-74623846promoter 内 3242-3256 bp + 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 74624591-74625604(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATTACATTATCCTA
SmilChr02G000709 Chr02 NC_080388.1:11436213-11436227promoter 内 3241-3255 bp - 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 11436973-11442426(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAGATAAGGGAGGA
SmilChr02G001395 Chr02 NC_080388.1:26490228-26490242promoter 内 3235-3249 bp - 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 26487820-26489476(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACTCCCTTATCCTT
SmilChr02G004401 Chr02 NC_080388.1:66351154-66351168promoter 内 3171-3185 bp + 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 66348931-66350338(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATAATGGA
SmilChr01G005708 Chr01 NC_080387.1:73314696-73314710promoter 内 3159-3173 bp + 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 73315538-73316278(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTTTCCTTATCAAA
SmilChr03G000704 Chr03 NC_080389.1:7848689-7848703promoter 内 3128-3142 bp + 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 7849562-7854237(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTCTCTTATCCTC
SmilChr01G006188 Chr01 NC_080387.1:77419834-77419848promoter 内 3097-3111 bp - 890 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 77420738-77421968(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAGATAAGGGTATT
SmilChr01G001525 Chr01 NC_080387.1:29212901-29212915promoter 内 2945-2959 bp + 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 29209008-29211859(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAATAAG
SmilChr01G005280 Chr01 NC_080387.1:70199510-70199524promoter 内 2863-2877 bp + 1124 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 70200648-70203983(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATCACCTTATCTTG
SmilChr01G001948 Chr01 NC_080387.1:34694910-34694924promoter 内 2858-2872 bp - 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 34696053-34698456(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGAGTAAC
SmilChr02G004576 Chr02 NC_080388.1:68263441-68263455promoter 内 2853-2867 bp - 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 68256724-68262307(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATATACCTTATCAAT
SmilChr01G002202 Chr01 NC_080387.1:38322636-38322650promoter 内 2755-2769 bp + 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 38323882-38326237(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATATCCATATCCTC
SmilChr02G002389 Chr02 NC_080388.1:41820345-41820359promoter 内 2742-2756 bp - 1245 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 41817003-41819100(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGCTTCTTATCCAA
SmilChr02G000946 Chr02 NC_080388.1:16480405-16480419promoter 内 2730-2744 bp - 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 16481676-16483898(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACGAAAGA
SmilChr01G005314 Chr01 NC_080387.1:70394648-70394662promoter 内 2514-2528 bp - 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 70392116-70393175(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTCCCTTATCCCA
SmilChr01G000550 Chr01 NC_080387.1:11420749-11420763promoter 内 2487-2501 bp - 1500 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 11416291-11419249(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTGTCATTATCCTA
SmilChr01G004084 Chr01 NC_080387.1:59261377-59261391promoter 内 2363-2377 bp - 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 59257511-59259753(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTTTCCTTATCAAA
SmilChr01G001881 Chr01 NC_080387.1:33822463-33822477promoter 内 2355-2369 bp + 1632 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 33824109-33826573(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGATCCTTATCAAT
SmilChr01G005318 Chr01 NC_080387.1:70422400-70422414promoter 内 2349-2363 bp + 1638 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 70417602-70420762(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGGGAAAG
SmilChr02G001291 Chr02 NC_080388.1:23732102-23732116promoter 内 2317-2331 bp + 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 23726053-23730432(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATGTAGAA
SmilChr02G003622 Chr02 NC_080388.1:57530745-57530759promoter 内 2220-2234 bp - 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 57528041-57528978(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCGACCTTATCAAA
SmilChr01G000574 Chr01 NC_080387.1:11914554-11914568promoter 内 2185-2199 bp + 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 11916370-11919874(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTCTCCTTATCAAC
SmilChr01G002385 Chr01 NC_080387.1:41083871-41083885promoter 内 2163-2177 bp - 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 41085709-41094762(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACATTGGA
SmilChr02G003118 Chr02 NC_080388.1:52208655-52208669promoter 内 2099-2113 bp - 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 52204851-52206767(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCACGCCTTATCCAA
SmilChr01G005315 Chr01 NC_080387.1:70394648-70394662promoter 内 2004-2018 bp - 1983 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 70396645-70397726(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGGGAAAG
SmilChr01G005275 Chr01 NC_080387.1:70179763-70179777promoter 内 1921-1935 bp - 2066 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 70176878-70177697(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTCGCCTTATCCAA
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