转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001269; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019281-RA_Salv SmilChr05G001269 G2-like XP_057765199.1 MP00252 AAAAGAATATTCC

可能结合的靶基因

9780 个结合位点 6478 个候选靶基因 第 69 / 130 下载 TSV

上一页 69 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005555 Chr02 NC_080388.1:75514500-75514512promoter 内 3713-3725 bp + 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 75510048-75514224(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCGAAT
SmilChr03G001749 Chr03 NC_080389.1:23731930-23731942promoter 内 3703-3715 bp - 286 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 23728567-23731644(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G000447 Chr02 NC_080388.1:5853994-5854006promoter 内 3701-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 5850595-5853706(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G000449 Chr02 NC_080388.1:5873423-5873435promoter 内 3701-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 5869129-5873135(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr03G002045 Chr03 NC_080389.1:30964212-30964224promoter 内 3696-3708 bp - 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 30960883-30963919(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G001074 Chr02 NC_080388.1:19141143-19141155promoter 内 3687-3699 bp + 302 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 19141457-19144458(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr03G002059 Chr03 NC_080389.1:31366000-31366012promoter 内 3686-3698 bp + 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 31366315-31369436(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G004769 Chr02 NC_080388.1:69863030-69863042promoter 内 3680-3692 bp + 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 69863351-69865064(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATAGAATATTTT
SmilChr02G000451 Chr02 NC_080388.1:5941317-5941329promoter 内 3671-3683 bp + 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 5941647-5944590(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G001563 Chr02 NC_080388.1:28896159-28896171promoter 内 3668-3680 bp - 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 28896492-28899647(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTATT
SmilChr02G001032 Chr02 NC_080388.1:18264647-18264659promoter 内 3656-3668 bp + 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 18264992-18268102(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G001033 Chr02 NC_080388.1:18275750-18275762promoter 内 3656-3668 bp + 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 18276095-18279205(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G001315 Chr02 NC_080388.1:24463208-24463220promoter 内 3656-3668 bp - 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 24459765-24462875(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G001577 Chr02 NC_080388.1:29327837-29327849promoter 内 3644-3656 bp + 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 29328194-29331231(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr01G000575 Chr01 NC_080387.1:11927603-11927615promoter 内 3626-3638 bp + 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 11927978-11931142(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G001380 Chr02 NC_080388.1:26120957-26120969promoter 内 3626-3638 bp - 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 26117462-26120594(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G001381 Chr02 NC_080388.1:26132563-26132575promoter 内 3626-3638 bp - 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 26128696-26132200(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr01G000289 Chr01 NC_080387.1:5660102-5660114promoter 内 3624-3636 bp + 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 5660479-5663588(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G003910 Chr02 NC_080388.1:61182440-61182452promoter 内 3620-3632 bp - 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 61182821-61185828(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCTTAA
SmilChr03G001903 Chr03 NC_080389.1:26591158-26591170promoter 内 3615-3627 bp + 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 26591544-26594763(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G001720 Chr02 NC_080388.1:31650925-31650937promoter 内 3614-3626 bp + 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 31651312-31654382(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G001721 Chr02 NC_080388.1:31661943-31661955promoter 内 3614-3626 bp + 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 31662330-31665400(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr01G003063 Chr01 NC_080387.1:49500075-49500087promoter 内 3613-3625 bp - 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 49500463-49501685(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTATT
SmilChr02G001089 Chr02 NC_080388.1:19607925-19607937promoter 内 3607-3619 bp - 382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 19597287-19607543(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G000452 Chr02 NC_080388.1:6012740-6012752promoter 内 3603-3615 bp + 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 6013138-6021092(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G001212 Chr02 NC_080388.1:22308389-22308401promoter 内 3593-3605 bp - 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 22305039-22307993(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G002238 Chr02 NC_080388.1:39728431-39728443promoter 内 3584-3596 bp - 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 39728848-39731943(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTATT
SmilChr03G001688 Chr03 NC_080389.1:22346196-22346208promoter 内 3579-3591 bp - 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 22342720-22345786(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G000453 Chr02 NC_080388.1:6032890-6032902promoter 内 3573-3585 bp - 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 6028130-6032474(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr03G001700 Chr03 NC_080389.1:22586151-22586163promoter 内 3571-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 22582678-22585733(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr01G000456 Chr01 NC_080387.1:9330619-9330631promoter 内 3555-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 9331065-9334016(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGAGGAATATTAT
SmilChr02G000770 Chr02 NC_080388.1:12673633-12673645promoter 内 3534-3546 bp - 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 12674100-12676684(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTATT
SmilChr01G003370 Chr01 NC_080387.1:52427442-52427454promoter 内 3442-3454 bp - 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 52428001-52432420(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCTATT
SmilChr01G001887 Chr01 NC_080387.1:33984057-33984069promoter 内 3411-3423 bp - 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 33975491-33983479(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATAGAATATTTT
SmilChr01G004207 Chr01 NC_080387.1:60509161-60509173promoter 内 3399-3411 bp + 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 60509763-60514700(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAGGAATATTAT
SmilChr02G000170 Chr02 NC_080388.1:2683409-2683421promoter 内 3367-3379 bp - 622 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 2184253-2682787(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGAATATTTG
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