转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 70 / 134 下载 TSV

上一页 70 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000573 Chr03 NC_080389.1:6237164-6237178promoter 内 152-166 bp - 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 6232208-6233329(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAAGTAATAATTAT
SmilChr03G003093 Chr03 NC_080389.1:47949750-47949764promoter 内 72-86 bp - 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 47939639-47945835(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGGTGCAATGATTGT
SmilChr02G004512 Chr02 NC_080388.1:67641903-67641917promoter 内 62-76 bp - 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 67645842-67654174(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATCATCACA
SmilChr02G001139 Chr02 NC_080388.1:20557661-20557675promoter 内 40-54 bp - 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 20561622-20562869(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTATCATTATCTCT
SmilChr01G002267 Chr01 NC_080387.1:39460534-39460548promoter 内 32-46 bp - 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 39454608-39456579(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCCATAATGATTAG
SmilChr01G000647 Chr01 NC_080387.1:14453546-14453560promoter 内 4-18 bp + 3983 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 14448406-14449563(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTATCCGT
SmilChr03G000553 Chr03 NC_080389.1:5987616-5987630promoter 内 3489-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 5988128-5991376(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTGTAATGATTTT
SmilChr03G002235 Chr03 NC_080389.1:35245642-35245656promoter 内 2055-2069 bp - 1932 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 35247588-35248905(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTTCGAAT
SmilChr03G003004 Chr03 NC_080389.1:46889531-46889545promoter 内 1078-1092 bp + 2909 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 46886538-46886622(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTAGCAGA
SmilChr03G001350 Chr03 NC_080389.1:15738762-15738776promoter 内 3797-3811 bp - 190 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 15738966-15739708(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAAATTA
SmilChr02G002886 Chr02 NC_080388.1:49160652-49160666promoter 内 3277-3291 bp + 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 49161376-49163067(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTACATAATGATGAA
SmilChr01G005860 Chr01 NC_080387.1:74527970-74527984promoter 内 2300-2314 bp + 1687 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 74524119-74526283(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTATACAA
SmilChr01G004745 Chr01 NC_080387.1:65629651-65629665promoter 内 2176-2190 bp - 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 65626950-65627840(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGGAGTAATGATGTC
SmilChr02G001471 Chr02 NC_080388.1:27455682-27455696promoter 内 1993-2007 bp + 1994 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 27457690-27459733(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGATTTAATGATGAT
SmilChr01G001159 Chr01 NC_080387.1:23565898-23565912promoter 内 1921-1935 bp + 2066 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 23562783-23563832(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTGGCTGT
SmilChr02G001951 Chr02 NC_080388.1:35214938-35214952promoter 内 1835-1849 bp + 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 35211877-35212786(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCATGTTA
SmilChr01G002644 Chr01 NC_080387.1:44706343-44706357promoter 内 1820-1834 bp - 2167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 44703531-44704176(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGCAGCGATGATTAG
SmilChr01G006155 Chr01 NC_080387.1:76974089-76974103promoter 内 1689-1703 bp + 2298 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 76976401-76977927(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTGTATAATGATTAG
SmilChr01G005874 Chr01 NC_080387.1:74701440-74701454promoter 内 1674-1688 bp + 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 74686291-74699127(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTGTCATA
SmilChr01G000582 Chr01 NC_080387.1:12593592-12593606promoter 内 951-965 bp + 3036 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 12588195-12590556(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATCATTCTA
SmilChr02G000483 Chr02 NC_080388.1:6597293-6597307promoter 内 806-820 bp - 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 6600488-6602111(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTTCCATC
SmilChr01G001793 Chr01 NC_080387.1:32785378-32785392promoter 内 590-604 bp + 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 32788789-32792051(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAATTTAATGATGAT
SmilChr03G003245 Chr03 NC_080389.1:50345351-50345365promoter 内 483-497 bp + 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 50339219-50341847(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCTATCATTATCTTC
SmilChr02G005442 Chr02 NC_080388.1:74801737-74801751promoter 内 3957-3971 bp + 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 74801781-74805413(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGGAAATGATTGT
SmilChr03G001704 Chr03 NC_080389.1:22634465-22634479promoter 内 3956-3970 bp + 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 22632393-22634434(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAATCATTATATTT
SmilChr02G003490 Chr02 NC_080388.1:56156645-56156659promoter 内 3736-3750 bp + 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 56152577-56156394(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAATCATTATATTT
SmilChr02G002974 Chr02 NC_080388.1:50274980-50274994promoter 内 3295-3309 bp - 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 50272572-50274288(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTACATAATGATGAA
SmilChr01G003072 Chr01 NC_080387.1:49568249-49568263promoter 内 3096-3110 bp + 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 49569154-49572987(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAAGTAATAATTGT
SmilChr01G004894 Chr01 NC_080387.1:66988705-66988719promoter 内 3050-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 66989656-66992309(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAAATCT
SmilChr01G005865 Chr01 NC_080387.1:74595750-74595764promoter 内 2867-2881 bp + 1120 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 74591958-74594630(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTATACAA
SmilChr02G000006 Chr02 NC_080388.1:55442-55456promoter 内 2757-2771 bp + 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 56686-58534(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGAAGTAATTATTAC
SmilChr03G001869 Chr03 NC_080389.1:25903305-25903319promoter 内 2481-2495 bp + 1506 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 25901693-25901799(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAGGTGC
SmilChr02G000216 Chr02 NC_080388.1:2827298-2827312promoter 内 2412-2426 bp + 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2822211-2825723(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATTCGT
SmilChr02G002869 Chr02 NC_080388.1:48882455-48882469promoter 内 2412-2426 bp - 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 48884044-48887808(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAGGTCA
SmilChr03G000985 Chr03 NC_080389.1:11159829-11159843promoter 内 2268-2282 bp + 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 11161562-11164787(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATATAATGATTTC
SmilChr03G000511 Chr03 NC_080389.1:5501688-5501702promoter 内 2264-2278 bp + 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 5503425-5506651(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATATAATGATTTC
SmilChr01G001512 Chr01 NC_080387.1:28950416-28950430promoter 内 2034-2048 bp - 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28946670-28948463(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCTACTAATGATGGC
SmilChr01G002312 Chr01 NC_080387.1:40113113-40113127promoter 内 2033-2047 bp + 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40109167-40111159(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCATCATTAATTAA
SmilChr02G005024 Chr02 NC_080388.1:71989914-71989928promoter 内 1919-1933 bp - 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71985741-71987846(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGATACAATGATTAA
SmilChr02G003237 Chr02 NC_080388.1:53647691-53647705promoter 内 1717-1731 bp - 2270 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 53642064-53645421(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGTCGCAATGATTGG
SmilChr03G003325 Chr03 NC_080389.1:51508642-51508656promoter 内 1684-1698 bp + 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 51510959-51514789(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAAGTAATAATGAT
SmilChr03G001807 Chr03 NC_080389.1:24678423-24678437promoter 内 1519-1533 bp + 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 24675884-24675955(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTATGCAA
SmilChr03G002787 Chr03 NC_080389.1:44380642-44380656promoter 内 1448-1462 bp - 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 44374577-44378103(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATCTTAATGATTAT
SmilChr01G001287 Chr01 NC_080387.1:25652810-25652824promoter 内 1435-1449 bp + 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 25655376-25656574(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAAACAATGATTAT
SmilChr03G001992 Chr03 NC_080389.1:29340211-29340225promoter 内 1178-1192 bp + 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 29331425-29337402(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTTCCGTA
SmilChr01G004172 Chr01 NC_080387.1:60198022-60198036promoter 内 1071-1085 bp + 2916 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 60200952-60202141(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAAATAATGATTGA
SmilChr01G002551 Chr01 NC_080387.1:43610569-43610583promoter 内 1027-1041 bp - 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 43613543-43615559(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATCATTGGTATT
SmilChr01G002684 Chr01 NC_080387.1:45059852-45059866promoter 内 1022-1036 bp - 2965 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 45045665-45056887(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATGTAATGATTTC
SmilChr03G002340 Chr03 NC_080389.1:36891940-36891954promoter 内 1006-1020 bp - 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 36885893-36888959(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCTGATGATGATTAG
SmilChr01G005327 Chr01 NC_080387.1:70477127-70477141promoter 内 862-876 bp - 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 70480266-70483251(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTGGTTCC