转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 71 / 128 下载 TSV

上一页 71 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000142 Chr04 NC_080390.1:1215033-1215047promoter 内 981-995 bp - 3006 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1210995-1212027(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCTTCCACCGCCG
SmilChr02G002208 Chr02 NC_080388.1:39335655-39335669promoter 内 970-984 bp - 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 39338686-39341238(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAAGGTG
SmilChr01G004398 Chr01 NC_080387.1:62115903-62115917promoter 内 967-981 bp - 3020 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 62118937-62120651(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCCC
SmilChr02G001523 Chr02 NC_080388.1:28358946-28358960promoter 内 920-934 bp - 3067 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 28362027-28363689(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGCCAGCGG
SmilChr02G001554 Chr02 NC_080388.1:28833356-28833370promoter 内 868-882 bp - 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 28829675-28830237(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAACTCCACCGCCC
SmilChr08G001250 Chr08 NC_080394.1:9928570-9928584promoter 内 826-840 bp + 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 9922763-9925409(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGTTGC
SmilChr08G002968 Chr08 NC_080394.1:29714558-29714572promoter 内 627-641 bp + 3360 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 29708349-29711198(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAAGGTG
SmilChr04G004145 Chr04 NC_080390.1:56197141-56197155promoter 内 623-637 bp - 3364 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56200519-56201929(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGAGGAGG
SmilChr01G005727 Chr01 NC_080387.1:73420333-73420347promoter 内 576-590 bp - 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 73413251-73416922(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGGCGCCACCGCCC
SmilChr02G003253 Chr02 NC_080388.1:53822733-53822747promoter 内 574-588 bp - 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53826160-53831016(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGGGTCGG
SmilChr04G001414 Chr04 NC_080390.1:23006889-23006903promoter 内 464-478 bp - 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 22995943-23003366(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACCACCACCGCCC
SmilChr06G001835 Chr06 NC_080392.1:21542312-21542326promoter 内 442-456 bp + 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 21537389-21538767(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGCGGC
SmilChr02G000132 Chr02 NC_080388.1:1807154-1807168promoter 内 424-438 bp - 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1810731-1822372(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGACGGCTG
SmilChr05G003230 Chr05 NC_080391.1:41459456-41459470promoter 内 339-353 bp + 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 41463118-41466014(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGTCGCCACCGCTA
SmilChr07G001259 Chr07 NC_080393.1:9691314-9691328promoter 内 226-240 bp - 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 9695089-9699558(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTGCGGTGGCGGCGG
SmilChr03G001652 Chr03 NC_080389.1:21458249-21458263promoter 内 101-115 bp + 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 21462149-21463123(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTACCACCACCGCCC
SmilChr05G000760 Chr05 NC_080391.1:5889623-5889637promoter 内 27-41 bp + 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 5893597-5894649(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGCCCGCCACCGCCG
SmilChr07G001712 Chr07 NC_080393.1:14500250-14500264promoter 内 3156-3170 bp - 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 6 14501095-14502625(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAAGGAG
SmilChr07G002009 Chr07 NC_080393.1:17872651-17872665promoter 内 1022-1036 bp - 2965 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 6 17875630-17879971(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAAGGAG
SmilChr01G000342 Chr01 NC_080387.1:6992027-6992041promoter 内 196-210 bp - 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 6 6981145-6988236(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCGGCCACCGCCG
SmilChr04G001921 Chr04 NC_080390.1:31303684-31303698promoter 内 81-95 bp - 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 5 31294926-31299778(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCAACTCCACCGCCA
SmilChr08G002759 Chr08 NC_080394.1:27229766-27229780promoter 内 2344-2358 bp - 1643 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 4 27231423-27231582(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAAGGAG
SmilChr04G001412 Chr04 NC_080390.1:22984536-22984550promoter 内 3542-3556 bp - 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 22984995-22985894(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAAGGTG
SmilChr01G001856 Chr01 NC_080387.1:33513264-33513278promoter 内 3444-3458 bp + 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 33511321-33512721(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTAGTGA
SmilChr02G000909 Chr02 NC_080388.1:15720243-15720257promoter 内 3430-3444 bp + 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 15716668-15719686(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCGGTGGTGGTGG
SmilChr03G001974 Chr03 NC_080389.1:28490718-28490732promoter 内 3095-3109 bp + 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 28487679-28489826(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGTAT
SmilChr06G001365 Chr06 NC_080392.1:14256936-14256950promoter 内 3032-3046 bp - 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 14257905-14260772(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAAGGAG
SmilChr03G001782 Chr03 NC_080389.1:24335004-24335018promoter 内 2084-2098 bp - 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 24336921-24337700(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCTGACG
SmilChr07G000894 Chr07 NC_080393.1:6426989-6427003promoter 内 594-608 bp + 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 6430396-6431201(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCACGCCACCGCCT
SmilChr04G000606 Chr04 NC_080390.1:6863512-6863526promoter 内 591-605 bp - 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 6853578-6860116(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGACCTCCACCGCCT
SmilChr03G000327 Chr03 NC_080389.1:3733387-3733401promoter 内 3521-3535 bp - 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 3733867-3734983(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCGGCG
SmilChr07G000117 Chr07 NC_080393.1:648053-648067promoter 内 3437-3451 bp - 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 648617-654539(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGTTGC
SmilChr06G000368 Chr06 NC_080392.1:2849975-2849989promoter 内 3262-3276 bp + 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 2846631-2849250(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCGGTGGTGGTGG
SmilChr06G001481 Chr06 NC_080392.1:15786103-15786117promoter 内 3218-3232 bp - 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 15786886-15789414(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGATTG
SmilChr04G000543 Chr04 NC_080390.1:6056054-6056068promoter 内 3214-3228 bp - 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 6050741-6055281(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCTTCCACCGCCA
SmilChr02G003778 Chr02 NC_080388.1:59472387-59472401promoter 内 2932-2946 bp - 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 59468707-59471332(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCACGCCACCGCCT
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