转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 71 / 149 下载 TSV

上一页 71 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003159 Chr01 NC_080387.1:50424624-50424632promoter 内 41-49 bp - 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 50417757-50420672(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CTTGTCGGT
SmilChr02G002907 Chr02 NC_080388.1:49377105-49377113promoter 内 33-41 bp + 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 49381073-49385561(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CTTGTCGGT
SmilChr03G000076 Chr03 NC_080389.1:930047-930055promoter 内 3984-3992 bp + 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 927039-930038(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr03G000321 Chr03 NC_080389.1:3658490-3658498promoter 内 3974-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 3655196-3658471(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr01G004054 Chr01 NC_080387.1:58982843-58982851promoter 内 3970-3978 bp + 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 58982874-58984511(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr02G003363 Chr02 NC_080388.1:54755508-54755516promoter 内 3959-3967 bp + 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 54753719-54755474(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr03G000120 Chr03 NC_080389.1:1322536-1322544promoter 内 3958-3966 bp + 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 1302179-1322501(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr03G000314 Chr03 NC_080389.1:3578551-3578559promoter 内 3953-3961 bp + 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 3575411-3578511(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr03G000104 Chr03 NC_080389.1:1158737-1158745promoter 内 3952-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 1155514-1158696(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr03G000275 Chr03 NC_080389.1:3133531-3133539promoter 内 3951-3959 bp + 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 3130449-3133489(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr01G001017 Chr01 NC_080387.1:21337653-21337661promoter 内 3935-3943 bp + 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 21337719-21339873(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr01G002843 Chr01 NC_080387.1:47002306-47002314promoter 内 3932-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 46996758-47002245(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr01G001090 Chr01 NC_080387.1:22354368-22354376promoter 内 3916-3924 bp - 77 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 22352657-22354291(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr03G004585 Chr03 NC_080389.1:63700046-63700054promoter 内 3896-3904 bp + 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 63700151-63704020(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr01G005678 Chr01 NC_080387.1:73058998-73059006promoter 内 3880-3888 bp + 113 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 73055593-73058885(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr03G000178 Chr03 NC_080389.1:1921539-1921547promoter 内 3822-3830 bp - 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 1921718-1923415(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr03G000265 Chr03 NC_080389.1:3068736-3068744promoter 内 3803-3811 bp + 190 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 3065973-3068546(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr03G000267 Chr03 NC_080389.1:3080316-3080324promoter 内 3802-3810 bp + 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 3079532-3080125(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr03G000278 Chr03 NC_080389.1:3163225-3163233promoter 内 3799-3807 bp + 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 3160443-3163031(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr04G002468 Chr04 NC_080390.1:39502928-39502936promoter 内 3777-3785 bp + 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 39503152-39505282(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr01G003550 Chr01 NC_080387.1:54106399-54106407promoter 内 3736-3744 bp + 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 54104430-54106142(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr01G001067 Chr01 NC_080387.1:22019263-22019271promoter 内 3723-3731 bp - 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 22019541-22023684(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr02G001054 Chr02 NC_080388.1:18817498-18817506promoter 内 3698-3706 bp + 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 18817801-18819608(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr04G001470 Chr04 NC_080390.1:24139966-24139974promoter 内 3653-3661 bp + 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 24140314-24145373(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr01G005887 Chr01 NC_080387.1:74788286-74788294promoter 内 3563-3571 bp - 430 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 74788724-74795607(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr02G003920 Chr02 NC_080388.1:61280187-61280195promoter 内 3549-3557 bp + 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 61280639-61283858(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CTTGTCGGT
SmilChr02G004040 Chr02 NC_080388.1:62716749-62716757promoter 内 3468-3476 bp - 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 62717282-62719057(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr01G004767 Chr01 NC_080387.1:65852669-65852677promoter 内 3453-3461 bp + 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 65853217-65854059(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CTTGTCGGT
SmilChr03G003167 Chr03 NC_080389.1:49033606-49033614promoter 内 3430-3438 bp + 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 49027296-49033043(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr03G001877 Chr03 NC_080389.1:26050959-26050967promoter 内 3419-3427 bp + 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 26051541-26060128(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr01G005286 Chr01 NC_080387.1:70218697-70218705promoter 内 3413-3421 bp - 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 70219285-70220126(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr01G005424 Chr01 NC_080387.1:71424803-71424811promoter 内 3382-3390 bp + 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 71419189-71424192(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr01G003973 Chr01 NC_080387.1:58167328-58167336promoter 内 3380-3388 bp - 613 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 58164188-58166715(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CTTGTCGGT
SmilChr03G001393 Chr03 NC_080389.1:16526582-16526590promoter 内 3380-3388 bp + 613 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 16525863-16525969(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr03G004045 Chr03 NC_080389.1:59436889-59436897promoter 内 3335-3343 bp + 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 59432094-59436231(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr03G000874 Chr03 NC_080389.1:9934207-9934215promoter 内 3251-3259 bp + 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 9932378-9933465(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr03G004374 Chr03 NC_080389.1:61956853-61956861promoter 内 3250-3258 bp + 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 61957604-61961053(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr01G000899 Chr01 NC_080387.1:19059404-19059412promoter 内 3247-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 19060158-19062455(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
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SmilChr03G000214 Chr03 NC_080389.1:2500805-2500813promoter 内 3214-3222 bp - 779 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 2496980-2500026(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CTTGTCGGT
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SmilChr03G002222 Chr03 NC_080389.1:35026581-35026589promoter 内 3146-3154 bp - 847 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 34986555-35025734(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr03G000266 Chr03 NC_080389.1:3080316-3080324promoter 内 3135-3143 bp + 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 3077461-3079458(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
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SmilChr01G002092 Chr01 NC_080387.1:36938365-36938373promoter 内 3021-3029 bp + 972 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 36939345-36943434(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr01G000992 Chr01 NC_080387.1:20949965-20949973promoter 内 2983-2991 bp - 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 20948335-20948955(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CTTGTCGGT
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