转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 72 / 133 下载 TSV

上一页 72 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001395 Chr01 NC_080387.1:27442173-27442182promoter 内 1119-1128 bp - 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 27439228-27439300(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGCT
SmilChr02G003507 Chr02 NC_080388.1:56248855-56248864promoter 内 1110-1119 bp - 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 56251746-56264745(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTG
SmilChr02G003559 Chr02 NC_080388.1:56751736-56751745promoter 内 1035-1044 bp - 2957 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 56754702-56767587(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTG
SmilChr02G001579 Chr02 NC_080388.1:29475086-29475095promoter 内 1017-1026 bp + 2975 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 29470400-29472111(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTG
SmilChr02G000525 Chr02 NC_080388.1:7229690-7229699promoter 内 887-896 bp + 3105 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 7225756-7226585(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTG
SmilChr01G005628 Chr01 NC_080387.1:72743553-72743562promoter 内 797-806 bp + 3195 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 72738344-72740358(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACGTTATCTG
SmilChr02G005441 Chr02 NC_080388.1:74804179-74804188promoter 内 731-740 bp + 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 74799341-74800918(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTG
SmilChr03G000814 Chr03 NC_080389.1:9319550-9319559promoter 内 680-689 bp - 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 9309624-9316238(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACGT
SmilChr02G004067 Chr02 NC_080388.1:62960548-62960557promoter 内 495-504 bp - 3497 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 62950342-62957051(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGCT
SmilChr01G001265 Chr01 NC_080387.1:25349229-25349238promoter 内 469-478 bp - 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 25343733-25345706(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGCT
SmilChr03G000914 Chr03 NC_080389.1:10457912-10457921promoter 内 434-443 bp - 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 10461479-10467262(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTG
SmilChr02G001162 Chr02 NC_080388.1:21207527-21207536promoter 内 57-66 bp - 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 21211471-21212307(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTG
SmilChr03G000441 Chr03 NC_080389.1:4744254-4744263promoter 内 3399-3408 bp - 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 4741905-4743661(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACGG
SmilChr01G004507 Chr01 NC_080387.1:63166104-63166113promoter 内 1498-1507 bp + 2494 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 63168607-63170690(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGCG
SmilChr02G004924 Chr02 NC_080388.1:71256637-71256646promoter 内 385-394 bp - 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 71252206-71253030(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACGG
SmilChr03G000943 Chr03 NC_080389.1:10708808-10708817promoter 内 3534-3543 bp - 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 10707604-10708350(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGCG
SmilChr03G000946 Chr03 NC_080389.1:10740719-10740728promoter 内 3534-3543 bp - 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 10739515-10740261(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGCG
SmilChr01G005597 Chr01 NC_080387.1:72589828-72589837promoter 内 3341-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 72585811-72589177(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGCG
SmilChr01G004506 Chr01 NC_080387.1:63166104-63166113promoter 内 2719-2728 bp + 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 63167386-63168771(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGCG
SmilChr03G000442 Chr03 NC_080389.1:4750563-4750572promoter 内 2578-2587 bp - 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 4748217-4749149(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACGG
SmilChr02G004354 Chr02 NC_080388.1:65826712-65826721promoter 内 1765-1774 bp - 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 65821840-65824485(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACGG
SmilChr01G003388 Chr01 NC_080387.1:52570047-52570056promoter 内 1525-1534 bp + 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 52562027-52567580(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCGTTATCTG
SmilChr01G001140 Chr01 NC_080387.1:23276666-23276675promoter 内 1412-1421 bp + 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 23270547-23274086(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CGCTTATCTG
SmilChr01G003615 Chr01 NC_080387.1:54687736-54687745promoter 内 1332-1341 bp - 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 54682165-54685076(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACGG
SmilChr02G001125 Chr02 NC_080388.1:20399459-20399468promoter 内 914-923 bp - 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 20402546-20405128(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CGCTTATCTG
SmilChr02G002492 Chr02 NC_080388.1:43363995-43364004promoter 内 385-394 bp - 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 43353388-43360388(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACGG
SmilChr02G001466 Chr02 NC_080388.1:27391956-27391965promoter 内 3814-3823 bp + 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 27390573-27391778(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCGTTATCTG
SmilChr01G002202 Chr01 NC_080387.1:38323654-38323663promoter 内 3773-3782 bp - 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 38323882-38326237(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CGCTTATCTG
SmilChr02G002267 Chr02 NC_080388.1:40126282-40126291promoter 内 3302-3311 bp - 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 40123735-40125592(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACGG
SmilChr02G004355 Chr02 NC_080388.1:65826712-65826721promoter 内 3180-3189 bp - 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 65827533-65838754(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCGTTATCTG
SmilChr01G000658 Chr01 NC_080387.1:14686029-14686038promoter 内 2860-2869 bp - 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 14687170-14689566(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CGCTTATCTG
SmilChr02G001961 Chr02 NC_080388.1:35398432-35398441promoter 内 2567-2576 bp + 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 35399866-35402061(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGCG
SmilChr01G005580 Chr01 NC_080387.1:72517937-72517946promoter 内 1688-1697 bp - 2304 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 72520250-72520370(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CGCTTATCTG
SmilChr02G005246 Chr02 NC_080388.1:73612739-73612748promoter 内 1250-1259 bp - 2742 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 73608614-73609997(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACGG
SmilChr01G005587 Chr01 NC_080387.1:72551834-72551843promoter 内 1233-1242 bp - 2759 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 72554602-72554722(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CGCTTATCTG
SmilChr01G001462 Chr01 NC_080387.1:28425409-28425418promoter 内 745-754 bp + 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 28428665-28432876(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGCG
SmilChr01G003137 Chr01 NC_080387.1:50159737-50159746promoter 内 1321-1330 bp - 2671 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 5 50162417-50164538(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGCTTATCTA
SmilChr01G002206 Chr01 NC_080387.1:38389179-38389188promoter 内 3648-3657 bp - 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 4 38389532-38392060(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTT
SmilChr01G005270 Chr01 NC_080387.1:70129367-70129376promoter 内 1305-1314 bp + 2687 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 4 70132063-70133235(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAC
SmilChr01G005498 Chr01 NC_080387.1:71876414-71876423promoter 内 894-903 bp - 3098 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 4 71879521-71881653(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GCATTATCTG
SmilChr01G001444 Chr01 NC_080387.1:28138243-28138252promoter 内 3549-3558 bp + 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 28136280-28137800(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTT
SmilChr03G000693 Chr03 NC_080389.1:7737955-7737964promoter 内 3483-3492 bp + 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 7738473-7743080(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGGA
SmilChr02G001898 Chr02 NC_080388.1:34276640-34276649promoter 内 2609-2618 bp - 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 34271505-34275257(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAAGC
SmilChr02G001032 Chr02 NC_080388.1:18263450-18263459promoter 内 2459-2468 bp + 1533 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 18264992-18268102(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAATGC
SmilChr02G002356 Chr02 NC_080388.1:41346512-41346521promoter 内 2457-2466 bp - 1535 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 41344284-41344977(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAATGC
SmilChr01G000544 Chr01 NC_080387.1:11140408-11140417promoter 内 2279-2288 bp + 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 11142130-11145249(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAATGC
SmilChr01G000508 Chr01 NC_080387.1:10245391-10245400promoter 内 2277-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 10247115-10250188(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAATGC
SmilChr02G001375 Chr02 NC_080388.1:25994711-25994720promoter 内 2245-2254 bp + 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 25996467-25999489(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAATGC
SmilChr01G000514 Chr01 NC_080387.1:10563477-10563486promoter 内 2180-2189 bp + 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 10565298-10568405(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAATGC
SmilChr02G000898 Chr02 NC_080388.1:15416006-15416015promoter 内 2175-2184 bp + 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 3 15417832-15420844(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAATGC