转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005217; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006334-RA_Salv SmilChr02G005217 G2-like XP_057792502.1 MP00022 GAGAATCTGT

可能结合的靶基因

9720 个结合位点 6959 个候选靶基因 第 74 / 140 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006092 Chr01 NC_080387.1:76405005-76405014promoter 内 2058-2067 bp - 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 76400229-76403071(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr01G001994 Chr01 NC_080387.1:35343336-35343345promoter 内 2048-2057 bp - 1944 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 35339808-35341392(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr03G004555 Chr03 NC_080389.1:63520759-63520768promoter 内 1986-1995 bp - 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 63516613-63518753(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr02G000906 Chr02 NC_080388.1:15635355-15635364promoter 内 1980-1989 bp + 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 15637376-15638997(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCGGT
SmilChr01G001603 Chr01 NC_080387.1:30194216-30194225promoter 内 1968-1977 bp - 2024 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 30196249-30197151(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr03G003130 Chr03 NC_080389.1:48482371-48482380promoter 内 1968-1977 bp + 2024 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 48484404-48487813(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr01G000666 Chr01 NC_080387.1:14819430-14819439promoter 内 1966-1975 bp - 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 14814848-14817404(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr03G003131 Chr03 NC_080389.1:48482371-48482380promoter 内 1954-1963 bp + 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 48484418-48580668(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr01G004638 Chr01 NC_080387.1:64411308-64411317promoter 内 1933-1942 bp + 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 64407362-64409249(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr02G004601 Chr02 NC_080388.1:68529986-68529995promoter 内 1905-1914 bp + 2087 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 68532082-68534809(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr04G000381 Chr04 NC_080390.1:3843197-3843206promoter 内 1869-1878 bp + 2123 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 3838075-3841074(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr03G001866 Chr03 NC_080389.1:25805711-25805720promoter 内 1863-1872 bp - 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 25807849-25821464(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr01G006084 Chr01 NC_080387.1:76279944-76279953promoter 内 1853-1862 bp + 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 76282092-76285016(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr03G001920 Chr03 NC_080389.1:26897940-26897949promoter 内 1853-1862 bp - 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 26900088-26911122(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr01G005614 Chr01 NC_080387.1:72670071-72670080promoter 内 1830-1839 bp + 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 72666111-72667909(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr01G001974 Chr01 NC_080387.1:35159183-35159192promoter 内 1810-1819 bp - 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 35154693-35157001(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr01G000743 Chr01 NC_080387.1:16432812-16432821promoter 内 1785-1794 bp + 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 16435028-16436925(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr03G001386 Chr03 NC_080389.1:16372660-16372669promoter 内 1769-1778 bp + 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 16374892-16384279(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr03G003409 Chr03 NC_080389.1:52429310-52429319promoter 内 1754-1763 bp + 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 52426249-52427072(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACCGATTCTC
SmilChr02G001707 Chr02 NC_080388.1:31396113-31396122promoter 内 1750-1759 bp + 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 31389619-31393871(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr03G000657 Chr03 NC_080389.1:7339592-7339601promoter 内 1737-1746 bp - 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 7336345-7337337(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr01G000668 Chr01 NC_080387.1:14819430-14819439promoter 内 1691-1700 bp - 2301 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 14821740-14822909(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr02G004814 Chr02 NC_080388.1:70294272-70294281promoter 内 1639-1648 bp - 2353 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 70290289-70291919(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCGGT
SmilChr01G000956 Chr01 NC_080387.1:20226159-20226168promoter 内 1634-1643 bp + 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 20214644-20223801(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr03G001059 Chr03 NC_080389.1:12286677-12286686promoter 内 1529-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 12289149-12290155(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr01G000449 Chr01 NC_080387.1:9167998-9168007promoter 内 1519-1528 bp + 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 9170480-9171238(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr02G005524 Chr02 NC_080388.1:75320919-75320928promoter 内 1506-1515 bp + 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 75315098-75318433(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACCGATTCTC
SmilChr01G006006 Chr01 NC_080387.1:75629501-75629510promoter 内 1497-1506 bp - 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 75623935-75627006(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr03G003298 Chr03 NC_080389.1:51095526-51095535promoter 内 1497-1506 bp - 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 51098030-51098693(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr01G001037 Chr01 NC_080387.1:21568395-21568404promoter 内 1453-1462 bp - 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 21558355-21565856(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCGGT
SmilChr03G002886 Chr03 NC_080389.1:45521799-45521808promoter 内 1411-1420 bp - 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 45518729-45519218(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA
SmilChr02G004878 Chr02 NC_080388.1:70867772-70867781promoter 内 1409-1418 bp - 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 70870364-70874927(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr03G000136 Chr03 NC_080389.1:1493694-1493703promoter 内 1388-1397 bp + 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1490098-1491090(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr03G000137 Chr03 NC_080389.1:1499883-1499892promoter 内 1388-1397 bp + 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1496290-1497279(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr02G001602 Chr02 NC_080388.1:29871722-29871731promoter 内 1371-1380 bp + 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 29868515-29869101(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 TAAGATTCTC
SmilChr02G002574 Chr02 NC_080388.1:44738056-44738065promoter 内 1347-1356 bp + 2645 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 44734887-44735411(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACCGATTCTC
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SmilChr01G001317 Chr01 NC_080387.1:26212921-26212930promoter 内 789-798 bp - 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 26207404-26209718(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTTA