转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002704; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005062-RA_Salv SmilChr04G002704 ERF XP_057807081.1 MP00026 CACCGACCAT

可能结合的靶基因

9854 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 74 / 149 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004169 Chr02 NC_080388.1:63998937-63998946promoter 内 1608-1617 bp + 2384 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 63990485-63996553(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTCGTCGGTG
SmilChr05G000748 Chr05 NC_080391.1:5794888-5794897promoter 内 1604-1613 bp + 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 5797285-5801799(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGAC
SmilChr04G003950 Chr04 NC_080390.1:55070426-55070435promoter 内 1602-1611 bp + 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 55072825-55076173(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGAC
SmilChr01G000157 Chr01 NC_080387.1:2652574-2652583promoter 内 1594-1603 bp + 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2649631-2650176(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGTT
SmilChr03G004716 Chr03 NC_080389.1:64406290-64406299promoter 内 1585-1594 bp + 2407 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64401609-64403883(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTCGTCGGTG
SmilChr02G000905 Chr02 NC_080388.1:15622609-15622618promoter 内 1531-1540 bp - 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 15619672-15620148(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCAG
SmilChr03G000153 Chr03 NC_080389.1:1651625-1651634promoter 内 1531-1540 bp + 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 1654095-1654571(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCAG
SmilChr03G003308 Chr03 NC_080389.1:51299351-51299360promoter 内 1529-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 51301823-51305094(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTGGTCGGTA
SmilChr01G005715 Chr01 NC_080387.1:73361730-73361739promoter 内 1459-1468 bp - 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 73356046-73359197(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAA
SmilChr05G000644 Chr05 NC_080391.1:4890215-4890224promoter 内 1449-1458 bp + 2543 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 4885160-4887672(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGTT
SmilChr03G000577 Chr03 NC_080389.1:6396731-6396740promoter 内 1427-1436 bp - 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 6390720-6394166(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCAT
SmilChr04G004147 Chr04 NC_080390.1:56208239-56208248promoter 内 1423-1432 bp - 2569 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 56203971-56205670(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCAT
SmilChr03G002525 Chr03 NC_080389.1:40250776-40250785promoter 内 1405-1414 bp + 2587 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 40253372-40253490(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCAT
SmilChr04G000620 Chr04 NC_080390.1:7031637-7031646promoter 内 1384-1393 bp + 2608 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 7028229-7029029(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGTT
SmilChr02G000598 Chr02 NC_080388.1:8641461-8641470promoter 内 1378-1387 bp + 2614 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 8634748-8638847(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTCGTCGGTG
SmilChr02G000884 Chr02 NC_080388.1:15247481-15247490promoter 内 1375-1384 bp - 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 15240996-15244864(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACATG
SmilChr06G000563 Chr06 NC_080392.1:4798361-4798370promoter 内 1363-1372 bp - 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 4800999-4802517(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TTGGTCGGCA
SmilChr06G000564 Chr06 NC_080392.1:4798361-4798370promoter 内 1351-1360 bp - 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 4801011-4801113(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TTGGTCGGCA
SmilChr02G003627 Chr02 NC_080388.1:57607491-57607500promoter 内 1330-1339 bp + 2662 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 57610162-57614313(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGAC
SmilChr02G003986 Chr02 NC_080388.1:62119085-62119094promoter 内 1297-1306 bp - 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 62108959-62116390(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGAC
SmilChr01G000417 Chr01 NC_080387.1:8436547-8436556promoter 内 1274-1283 bp - 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 8432765-8433829(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCAT
SmilChr01G000419 Chr01 NC_080387.1:8454297-8454306promoter 内 1249-1258 bp + 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 8457049-8457720(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACATG
SmilChr01G000749 Chr01 NC_080387.1:16566314-16566323promoter 内 1235-1244 bp + 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 16569080-16570541(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAA
SmilChr01G000557 Chr01 NC_080387.1:11623095-11623104promoter 内 1226-1235 bp - 2766 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 11619164-11620329(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGAC
SmilChr06G000855 Chr06 NC_080392.1:8096795-8096804promoter 内 1178-1187 bp + 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 8086665-8093981(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTGGTCGGTA
SmilChr02G000110 Chr02 NC_080388.1:1400447-1400456promoter 内 1171-1180 bp + 2821 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 1403277-1405878(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGCCGACCAA
SmilChr03G003863 Chr03 NC_080389.1:57707815-57707824promoter 内 1166-1175 bp + 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 57704919-57704989(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTCGTCGGTG
SmilChr01G005286 Chr01 NC_080387.1:70216437-70216446promoter 内 1153-1162 bp - 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 70219285-70220126(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTCGTCGGTG
SmilChr01G001246 Chr01 NC_080387.1:24976398-24976407promoter 内 1149-1158 bp + 2843 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 24971229-24973555(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TTGGTCGGCA
SmilChr02G003102 Chr02 NC_080388.1:51956739-51956748promoter 内 1146-1155 bp - 2846 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 51951341-51953893(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGAC
SmilChr04G001871 Chr04 NC_080390.1:30512826-30512835promoter 内 1125-1134 bp - 2867 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 30505369-30509959(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGAC
SmilChr01G004690 Chr01 NC_080387.1:64956700-64956709promoter 内 1084-1093 bp + 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64934331-64953792(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TTGGTCGGCA
SmilChr01G003485 Chr01 NC_080387.1:53419916-53419925promoter 内 1068-1077 bp + 2924 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 53414664-53416992(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TTGGTCGGCA
SmilChr02G004254 Chr02 NC_080388.1:64746068-64746077promoter 内 1068-1077 bp - 2924 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64749001-64750761(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTCGTCGGTG
SmilChr05G000838 Chr05 NC_080391.1:6611989-6611998promoter 内 1061-1070 bp - 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 6614929-6633581(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTCGTCGGTG
SmilChr04G001533 Chr04 NC_080390.1:25245783-25245792promoter 内 1056-1065 bp - 2936 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 25248728-25251709(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGTT
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