转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003805; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020790-RA_Salv SmilChr04G003805 MIKC_MADS XP_057805691.1 MP00315 TTTCCAAAAAAGGAAAAAA

可能结合的靶基因

9567 个结合位点 7291 个候选靶基因 第 74 / 146 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001724 Chr01 NC_080387.1:32919121-32919139promoter 内 1996-2014 bp - 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 31775044-32917134(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAGGGAAATGG
SmilChr07G002095 Chr07 NC_080393.1:19076622-19076640promoter 内 1985-2003 bp - 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 19078638-19080561(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CTCATTCCTTTTTAGGCAA
SmilChr02G004046 Chr02 NC_080388.1:62775203-62775221promoter 内 1981-1999 bp + 2002 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 62762925-62773201(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr03G004602 Chr03 NC_080389.1:63807246-63807264promoter 内 1980-1998 bp + 2003 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 63802678-63805243(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr01G001953 Chr01 NC_080387.1:34744113-34744131promoter 内 1978-1996 bp + 2005 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 34739024-34742108(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr06G001464 Chr06 NC_080392.1:15501011-15501029promoter 内 1895-1913 bp + 2088 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 15498627-15498923(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr04G000258 Chr04 NC_080390.1:2373563-2373581promoter 内 1872-1890 bp + 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2365289-2371452(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr03G003291 Chr03 NC_080389.1:51030595-51030613promoter 内 1864-1882 bp - 2119 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 51027435-51028476(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAGGGAAATGG
SmilChr01G002321 Chr01 NC_080387.1:40284899-40284917promoter 内 1850-1868 bp - 2133 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 40281402-40282766(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAGGGAAATGG
SmilChr04G003351 Chr04 NC_080390.1:50126075-50126093promoter 内 1844-1862 bp - 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 50121532-50123936(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAGGGAAATGG
SmilChr05G001495 Chr05 NC_080391.1:13712595-13712613promoter 内 1828-1846 bp - 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 13714768-13716974(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr01G000775 Chr01 NC_080387.1:16874454-16874472promoter 内 1821-1839 bp + 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 16869258-16872292(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr07G003692 Chr07 NC_080393.1:44456481-44456499promoter 内 1811-1829 bp + 2172 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 44449679-44454309(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CTTTTCCCCTTTTTGGCAA
SmilChr08G003963 Chr08 NC_080394.1:47612605-47612623promoter 内 1707-1725 bp - 2276 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47609982-47610329(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAGGGGAAAAG
SmilChr01G005286 Chr01 NC_080387.1:70216988-70217006promoter 内 1704-1722 bp - 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 70219285-70220126(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr05G001468 Chr05 NC_080391.1:13462702-13462720promoter 内 1704-1722 bp - 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 13457852-13460423(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATCCCAAAAAAGGAAAAGT
SmilChr04G000619 Chr04 NC_080390.1:7015816-7015834promoter 内 1703-1721 bp + 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 7006882-7013536(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr04G001921 Chr04 NC_080390.1:31302068-31302086promoter 内 1693-1711 bp - 2290 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 31294926-31299778(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAGGGAAATGG
SmilChr02G004659 Chr02 NC_080388.1:69001298-69001316promoter 内 1682-1700 bp + 2301 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 68990617-68998997(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr08G001816 Chr08 NC_080394.1:15323595-15323613promoter 内 1581-1599 bp - 2402 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 15326015-15328983(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr01G000160 Chr01 NC_080387.1:2690952-2690970promoter 内 1539-1557 bp - 2444 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2693414-2698173(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr07G002563 Chr07 NC_080393.1:24385661-24385679promoter 内 1534-1552 bp + 2449 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 24382138-24383212(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr02G005034 Chr02 NC_080388.1:72054897-72054915promoter 内 1450-1468 bp + 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 72057448-72058671(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TAGCCCAAAAAGGCAATTT
SmilChr01G004812 Chr01 NC_080387.1:66321501-66321519promoter 内 1443-1461 bp + 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 66315769-66318961(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr07G004571 Chr07 NC_080393.1:58495735-58495753promoter 内 1430-1448 bp + 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 58498306-58501017(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TAGCCCAAAAAGGCAATTT
SmilChr08G004013 Chr08 NC_080394.1:48504476-48504494promoter 内 1423-1441 bp + 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 48507054-48507529(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAGGGAAATGG
SmilChr05G000312 Chr05 NC_080391.1:2350091-2350109promoter 内 1400-1418 bp - 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2352692-2356102(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr01G003153 Chr01 NC_080387.1:50327811-50327829promoter 内 1379-1397 bp - 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 50323980-50325207(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 AAGCCAAAAAAAGAAAAAA
SmilChr02G002466 Chr02 NC_080388.1:43012579-43012597promoter 内 1331-1349 bp - 2652 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 43015249-43018157(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CTTTTTCCTTTTAAGGAAT
SmilChr07G002917 Chr07 NC_080393.1:29565610-29565628promoter 内 1324-1342 bp + 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 29559938-29562951(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CTTTTTCCTTTTAAGGAAT
SmilChr02G004404 Chr02 NC_080388.1:66378439-66378457promoter 内 1308-1326 bp - 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 66373233-66375764(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAGGGAAATGG
SmilChr06G000124 Chr06 NC_080392.1:881421-881439promoter 内 1285-1303 bp + 2698 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 877010-878723(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr07G001136 Chr07 NC_080393.1:8524177-8524195promoter 内 1275-1293 bp - 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 8526903-8530483(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr05G002216 Chr05 NC_080391.1:23658056-23658074promoter 内 1221-1239 bp - 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 23660836-23662365(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CTTTTTCCTTTTAAGGAAT
SmilChr03G002816 Chr03 NC_080389.1:44643120-44643138promoter 内 1203-1221 bp - 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 44645918-44650101(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr06G000545 Chr06 NC_080392.1:4564411-4564429promoter 内 1198-1216 bp + 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4558639-4561626(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr08G003623 Chr08 NC_080394.1:39437972-39437990promoter 内 1188-1206 bp - 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 39440785-39443676(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CTTTTTCCTTTTAAGGAAT
SmilChr01G004059 Chr01 NC_080387.1:59022821-59022839promoter 内 1181-1199 bp + 2802 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 59019663-59020019(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr02G002132 Chr02 NC_080388.1:38285414-38285432promoter 内 1159-1177 bp + 2824 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 38275997-38282590(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr01G003250 Chr01 NC_080387.1:51216702-51216720promoter 内 1147-1165 bp + 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 51219556-51221377(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATACCCGAAGAGGAAAAAA
SmilChr07G002932 Chr07 NC_080393.1:29669947-29669965promoter 内 1136-1154 bp + 2847 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 29672812-29673326(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAGGGAAATGG
SmilChr04G003771 Chr04 NC_080390.1:53921089-53921107promoter 内 1127-1145 bp + 2856 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 53917165-53918233(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr07G002552 Chr07 NC_080393.1:24210816-24210834promoter 内 1125-1143 bp + 2858 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 24206084-24207958(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTTTTCTTTTTTTGGAAC
SmilChr03G000935 Chr03 NC_080389.1:10661420-10661438promoter 内 1112-1130 bp + 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 10655483-10658549(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CTTTTTCCTTTTAAGGAAT
SmilChr01G002878 Chr01 NC_080387.1:47378179-47378197promoter 内 1074-1092 bp - 2909 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47381106-47389482(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr01G002388 Chr01 NC_080387.1:41127773-41127791promoter 内 1068-1086 bp + 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 41124302-41124858(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr04G001304 Chr04 NC_080390.1:20751176-20751194promoter 内 1050-1068 bp - 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 20754127-20755558(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr05G003282 Chr05 NC_080391.1:42745701-42745719promoter 内 1050-1068 bp - 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 42748652-42753150(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA
SmilChr07G002522 Chr07 NC_080393.1:23915818-23915836promoter 内 1050-1068 bp - 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 23909002-23912885(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GTTCCAAAAAAAGAAAAAA
SmilChr05G003272 Chr05 NC_080391.1:42516661-42516679promoter 内 1045-1063 bp - 2938 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 42519617-42521283(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCATTTCCCTTTTTGGCAA