转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004392; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022653-RA_Salv SmilChr05G004392 WRKY XP_057811204.1 MP00506 AAAAGTCAACGAC

可能结合的靶基因

9818 个结合位点 7173 个候选靶基因 第 74 / 144 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004089 Chr01 NC_080387.1:59289459-59289471promoter 内 817-829 bp + 3172 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 59292643-59294781(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TAAAGTCAATGCT
SmilChr03G001357 Chr03 NC_080389.1:15945029-15945041promoter 内 813-825 bp + 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 15940801-15941853(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TACTTTGACTTCT
SmilChr01G001326 Chr01 NC_080387.1:26369316-26369328promoter 内 805-817 bp - 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 26372512-26378022(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TAGGTTGACTATG
SmilChr04G001026 Chr04 NC_080390.1:14407300-14407312promoter 内 805-817 bp - 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 14410496-14413638(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCAGTTGACTATT
SmilChr01G001481 Chr01 NC_080387.1:28586719-28586731promoter 内 725-737 bp + 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 28589995-28591016(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACAAGTCAACAAT
SmilChr01G001731 Chr01 NC_080387.1:31904153-31904165promoter 内 722-734 bp - 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 31898722-31900886(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CAAAGTCAAGGAC
SmilChr02G003455 Chr02 NC_080388.1:55833961-55833973promoter 内 620-632 bp + 3369 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 55829353-55830592(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTGTTGACTTGT
SmilChr02G005579 Chr02 NC_080388.1:75635275-75635287promoter 内 546-558 bp - 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 75628944-75631832(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CAAAGTCAATGTA
SmilChr02G002957 Chr02 NC_080388.1:50098068-50098080promoter 内 488-500 bp + 3501 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 50101581-50105146(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AACAGTCAACCAA
SmilChr01G004624 Chr01 NC_080387.1:64260714-64260726promoter 内 364-376 bp - 3625 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 64264351-64266280(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGAGTTGACTATT
SmilChr01G004370 Chr01 NC_080387.1:61894943-61894955promoter 内 270-282 bp - 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 61898674-61900356(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCGTTTGACTTTT
SmilChr03G000627 Chr03 NC_080389.1:6950923-6950935promoter 内 230-242 bp + 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 6945909-6947164(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GGCTTTGACTTAA
SmilChr03G000550 Chr03 NC_080389.1:5955482-5955494promoter 内 211-223 bp + 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 5959272-5962864(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGAAGTCAACACT
SmilChr02G001025 Chr02 NC_080388.1:18161444-18161456promoter 内 169-181 bp + 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 18157552-18157624(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TACGTTGACTGAT
SmilChr03G001760 Chr03 NC_080389.1:24006736-24006748promoter 内 102-114 bp - 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 24001867-24002849(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GACAGTCAACACT
SmilChr01G002949 Chr01 NC_080387.1:48357432-48357444promoter 内 94-106 bp + 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 48361339-48364998(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATAAGTCAACCAT
SmilChr02G002193 Chr02 NC_080388.1:39157655-39157667promoter 内 44-56 bp + 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 39152112-39153710(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATCGTTGACTGAG
SmilChr02G004774 Chr02 NC_080388.1:69898657-69898669promoter 内 42-54 bp - 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 69902616-69903537(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TACGTTGACTAAC
SmilChr01G003953 Chr01 NC_080387.1:57916610-57916622promoter 内 3250-3262 bp + 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 7 57917361-57918624(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAATGC
SmilChr01G000733 Chr01 NC_080387.1:16294087-16294099promoter 内 2654-2666 bp + 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 16289859-16292752(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGCATTGACTTTA
SmilChr01G002703 Chr01 NC_080387.1:45307688-45307700promoter 内 2311-2323 bp + 1678 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 45309378-45312842(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACAAGTCAACAAA
SmilChr02G003078 Chr02 NC_080388.1:51710783-51710795promoter 内 1896-1908 bp - 2093 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 51712888-51716962(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TATGTTGACTATT
SmilChr01G000802 Chr01 NC_080387.1:17300797-17300809promoter 内 1796-1808 bp + 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 17295571-17298604(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTGGTTGACTTGG
SmilChr01G004553 Chr01 NC_080387.1:63640183-63640195promoter 内 1576-1588 bp - 2413 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 63635851-63637770(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACAAGTCAACAAA
SmilChr04G001395 Chr04 NC_080390.1:22752866-22752878promoter 内 240-252 bp - 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 22748569-22749117(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GAAAGTCAATGAA
SmilChr01G001095 Chr01 NC_080387.1:22422385-22422397promoter 内 3802-3814 bp - 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 22419061-22422198(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGTAGTCAACCAC
SmilChr01G002568 Chr01 NC_080387.1:43781979-43781991promoter 内 3723-3735 bp - 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 43781518-43781713(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAGGGA
SmilChr01G001008 Chr01 NC_080387.1:21199788-21199800promoter 内 3690-3702 bp + 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 21200099-21203029(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGTAGTCAACCAC
SmilChr04G000743 Chr04 NC_080390.1:9118684-9118696promoter 内 3534-3546 bp + 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 9119151-9123253(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CGAAGTCAACTGG
SmilChr03G000340 Chr03 NC_080389.1:3867794-3867806promoter 内 3475-3487 bp - 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 3859136-3867280(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGAAGTCAATGAC
SmilChr02G003661 Chr02 NC_080388.1:57997690-57997702promoter 内 3167-3179 bp + 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 57998524-57999158(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TAAAGTCAATGCA
SmilChr02G003794 Chr02 NC_080388.1:59588911-59588923promoter 内 3063-3075 bp + 926 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 59589849-59591916(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TAAAGTCAATGCA
SmilChr02G003936 Chr02 NC_080388.1:61436949-61436961promoter 内 3042-3054 bp + 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 61434867-61436002(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGCATTGACTTTA
SmilChr03G002968 Chr03 NC_080389.1:46460386-46460398promoter 内 2958-2970 bp + 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 46461429-46465359(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GCGAGTCAACGAT
SmilChr01G000659 Chr01 NC_080387.1:14695342-14695354promoter 内 2940-2952 bp - 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 14696403-14698547(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTGGTTGACTTGG
SmilChr02G000563 Chr02 NC_080388.1:7941989-7942001promoter 内 2521-2533 bp - 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 7939880-7940521(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CGAAGTCAAAGAA
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