转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G004480; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00029285-RA_Salv SmilChr07G004480 WRKY XP_057776222.1 MP00531 CTTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9784 个结合位点 6663 个候选靶基因 第 74 / 134 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004689 Chr01 NC_080387.1:64929957-64929969promoter 内 1575-1587 bp + 2414 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 64932383-64934344(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTTTCAA
SmilChr01G001355 Chr01 NC_080387.1:26815866-26815878promoter 内 1317-1329 bp + 2672 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 26811190-26813194(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GCGAAGGTCAAAG
SmilChr01G002727 Chr01 NC_080387.1:45622961-45622973promoter 内 1287-1299 bp - 2702 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 45625675-45630901(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAACAAGTCAAAA
SmilChr03G000257 Chr03 NC_080389.1:3017025-3017037promoter 内 1211-1223 bp - 2778 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 3011617-3014247(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTGTTT
SmilChr01G004948 Chr01 NC_080387.1:67566549-67566561promoter 内 1065-1077 bp - 2924 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 67569485-67572285(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTGAAAGTCAAAT
SmilChr02G000347 Chr02 NC_080388.1:4511578-4511590promoter 内 911-923 bp + 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 4514668-4515375(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTTAGA
SmilChr02G000346 Chr02 NC_080388.1:4511578-4511590promoter 内 903-915 bp + 3086 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 4507986-4508492(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TCTAAAGTCAAAA
SmilChr02G000957 Chr02 NC_080388.1:16620931-16620943promoter 内 593-605 bp + 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 16614981-16617535(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTCAAAGTCAAGA
SmilChr02G001095 Chr02 NC_080388.1:19744370-19744382promoter 内 518-530 bp + 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 19747853-19752356(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACCTTCGC
SmilChr02G003608 Chr02 NC_080388.1:57323272-57323284promoter 内 319-331 bp + 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 57314820-57319602(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAATAGTCAAAT
SmilChr02G002210 Chr02 NC_080388.1:39349428-39349440promoter 内 303-315 bp - 3686 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 39353126-39355654(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TGCAAAGTCAAGC
SmilChr03G000073 Chr03 NC_080389.1:912304-912316promoter 内 3901-3913 bp + 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 911287-912216(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAACAAGTCAAAA
SmilChr03G000182 Chr03 NC_080389.1:1945426-1945438promoter 内 3901-3913 bp - 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1945526-1946420(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAACAAGTCAAAA
SmilChr02G005367 Chr02 NC_080388.1:74365767-74365779promoter 内 3837-3849 bp - 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 74359181-74365615(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CATTGACTTTCAA
SmilChr01G004139 Chr01 NC_080387.1:59895147-59895159promoter 内 3730-3742 bp - 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 59891649-59894888(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTATTTT
SmilChr01G002509 Chr01 NC_080387.1:42985510-42985522promoter 内 3712-3724 bp - 277 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 42985799-42988442(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAATAGTCAAAT
SmilChr01G005445 Chr01 NC_080387.1:71544960-71544972promoter 内 3670-3682 bp - 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 71539560-71544641(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TGTTGACTTGTCG
SmilChr02G001770 Chr02 NC_080388.1:32454851-32454863promoter 内 3667-3679 bp - 322 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 32453541-32454529(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTATTTT
SmilChr01G001201 Chr01 NC_080387.1:24213796-24213808promoter 内 3666-3678 bp + 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 24214131-24217214(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTATTTT
SmilChr01G001599 Chr01 NC_080387.1:30155395-30155407promoter 内 3645-3657 bp - 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 30154242-30155051(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTATTTA
SmilChr01G003668 Chr01 NC_080387.1:55090517-55090529promoter 内 3475-3487 bp + 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 55091043-55092374(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTTACA
SmilChr02G004094 Chr02 NC_080388.1:63258634-63258646promoter 内 3458-3470 bp + 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 63253781-63258103(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CATAAAGTCAAGC
SmilChr01G003025 Chr01 NC_080387.1:49308586-49308598promoter 内 3450-3462 bp + 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 49303042-49308047(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAATAGTCAAAT
SmilChr01G004297 Chr01 NC_080387.1:61157434-61157446promoter 内 3449-3461 bp + 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 61157986-61163010(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AATTGACTTTCTC
SmilChr02G001815 Chr02 NC_080388.1:33004660-33004672promoter 内 3443-3455 bp + 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 33005218-33010452(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTGTTT
SmilChr01G004033 Chr01 NC_080387.1:58762491-58762503promoter 内 3407-3419 bp - 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 58763085-58767136(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTGAAAGTCAAAT
SmilChr02G000242 Chr02 NC_080388.1:3125897-3125909promoter 内 3349-3361 bp - 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 3122092-3125257(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 CTTTGACCTTCGC
SmilChr01G000962 Chr01 NC_080387.1:20400448-20400460promoter 内 3326-3338 bp - 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 20401123-20430750(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTGAAAGTCAAAT
SmilChr01G002330 Chr01 NC_080387.1:40455600-40455612promoter 内 3308-3320 bp - 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 40456293-40457039(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAACAAGTCAAAA
SmilChr01G005112 Chr01 NC_080387.1:68901024-68901036promoter 内 3115-3127 bp - 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 68899026-68900150(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ATTTGACTATTTT
SmilChr02G004032 Chr02 NC_080388.1:62604427-62604439promoter 内 3097-3109 bp + 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 62605331-62622002(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTGTTT
SmilChr02G001134 Chr02 NC_080388.1:20474736-20474748promoter 内 2977-2989 bp + 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 20472651-20473724(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TAAATAGTCAAAA
SmilChr01G000213 Chr01 NC_080387.1:3765624-3765636promoter 内 2976-2988 bp - 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 3766649-3767632(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TAAATAGTCAAAA
SmilChr01G000214 Chr01 NC_080387.1:3775225-3775237promoter 内 2976-2988 bp - 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 3776250-3777323(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TAAATAGTCAAAA
SmilChr02G001133 Chr02 NC_080388.1:20465137-20465149promoter 内 2976-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 20463141-20464124(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TAAATAGTCAAAA
SmilChr02G001726 Chr02 NC_080388.1:31765481-31765493promoter 内 2976-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 31763485-31764468(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TAAATAGTCAAAA
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