转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004708; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00017834-RA_Salv SmilChr01G004708 WRKY XP_057787833.1 MP00251 AACGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9713 个结合位点 6140 个候选靶基因 第 75 / 123 下载 TSV

上一页 75 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005740 Chr01 NC_080387.1:73519387-73519401promoter 内 3142-3156 bp - 845 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73517748-73518542(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAACTTGACTTTGCT
SmilChr02G000645 Chr02 NC_080388.1:9734999-9735013promoter 内 3077-3091 bp - 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9735923-9737129(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATCGAAGTCAACATT
SmilChr01G000322 Chr01 NC_080387.1:6323925-6323939promoter 内 3034-3048 bp + 953 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6324892-6328186(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAACTTGACTTTGCT
SmilChr02G003582 Chr02 NC_080388.1:56982669-56982683promoter 内 2888-2902 bp + 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56980141-56981570(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAGAAAGTCAAAAAG
SmilChr02G004240 Chr02 NC_080388.1:64588143-64588157promoter 内 2815-2829 bp + 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 64589329-64596205(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGAGTTGACTTATAT
SmilChr01G003250 Chr01 NC_080387.1:51218363-51218377promoter 内 2808-2822 bp + 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51219556-51221377(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAGGTTGACTTAGTA
SmilChr02G001927 Chr02 NC_080388.1:34681955-34681969promoter 内 2789-2803 bp - 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34683167-34686374(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATAAAGTCAAACGT
SmilChr02G003853 Chr02 NC_080388.1:60300815-60300829promoter 内 2743-2757 bp + 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60298047-60299571(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCCAAAGTCAAATTA
SmilChr01G000075 Chr01 NC_080387.1:1325172-1325186promoter 内 2665-2679 bp - 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1320766-1323850(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCCGATGACTTTTCA
SmilChr02G003594 Chr02 NC_080388.1:57144101-57144115promoter 内 2647-2661 bp - 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 57145455-57146741(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CTAGAAGTCAAGGTG
SmilChr02G000938 Chr02 NC_080388.1:16368910-16368924promoter 内 2594-2608 bp - 1393 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 16358836-16367517(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTGGTTGACTATATG
SmilChr01G000907 Chr01 NC_080387.1:19146298-19146312promoter 内 2566-2580 bp - 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 19142241-19144877(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAACTTGACTTTGCT
SmilChr02G001512 Chr02 NC_080388.1:28143140-28143154promoter 内 2373-2387 bp + 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28144768-28222538(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTCGTTGACCACCTT
SmilChr01G002309 Chr01 NC_080387.1:40064517-40064531promoter 内 2351-2365 bp + 1636 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 40066167-40066763(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GATGTTGACTACTTT
SmilChr01G000246 Chr01 NC_080387.1:4584646-4584660promoter 内 2334-2348 bp - 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 4586313-4590263(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GACTAAGTCAAACGA
SmilChr01G003833 Chr01 NC_080387.1:56654271-56654285promoter 内 2280-2294 bp + 1707 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56655992-56661823(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGCGTTGACTAACAC
SmilChr01G004644 Chr01 NC_080387.1:64484953-64484967promoter 内 2195-2209 bp - 1792 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 64486759-64489939(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCGAAAGTCAAGCTT
SmilChr01G002824 Chr01 NC_080387.1:46797791-46797805promoter 内 2138-2152 bp - 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 46793642-46795942(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CTTTTTGACTTTTAA
SmilChr01G004865 Chr01 NC_080387.1:66777123-66777137promoter 内 2083-2097 bp + 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 66779041-66790422(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTCCTTGACTTGAAC
SmilChr02G000191 Chr02 NC_080388.1:2404667-2404681promoter 内 2054-2068 bp + 1933 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2400809-2402734(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGTAAAGTCAAAAGA
SmilChr01G004035 Chr01 NC_080387.1:58771922-58771936promoter 内 2039-2053 bp + 1948 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 58773884-58775054(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCTTTTGACTTTACT
SmilChr01G003219 Chr01 NC_080387.1:50964067-50964081promoter 内 2003-2017 bp + 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50966065-50970897(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCACTTGACTTTTAT
SmilChr02G004239 Chr02 NC_080388.1:64588143-64588157promoter 内 1971-1985 bp + 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 64586055-64586127(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATATAAGTCAACTCC
SmilChr01G001360 Chr01 NC_080387.1:26934819-26934833promoter 内 1965-1979 bp + 2022 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 26931747-26932797(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATGAAAGTCAAGATA
SmilChr02G002489 Chr02 NC_080388.1:43304042-43304056promoter 内 1960-1974 bp - 2027 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 43301248-43302015(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATGTTGACTCTTAC
SmilChr01G002542 Chr01 NC_080387.1:43470526-43470540promoter 内 1953-1967 bp - 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 43472574-43473839(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AACACAGTCAACTGT
SmilChr01G001120 Chr01 NC_080387.1:22823746-22823760promoter 内 1847-1861 bp + 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 22825900-22826668(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGTGTTGACTTCATC
SmilChr01G005527 Chr01 NC_080387.1:72143834-72143848promoter 内 1843-1857 bp - 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 72138861-72141690(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCATTTGACTTGGCC
SmilChr02G002456 Chr02 NC_080388.1:42861142-42861156promoter 内 1796-1810 bp + 2191 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42851946-42858951(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGTATAGTCAACCAC
SmilChr02G001926 Chr02 NC_080388.1:34681955-34681969promoter 内 1754-1768 bp - 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34678675-34679722(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACGTTTGACTTTATT
SmilChr02G002772 Chr02 NC_080388.1:47792050-47792064promoter 内 1748-1762 bp - 2239 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47788873-47789811(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTTTTTGACTTGTTA
SmilChr01G002610 Chr01 NC_080387.1:44334781-44334795promoter 内 1608-1622 bp - 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 44330640-44332402(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AACTTTGACTTTAAA
SmilChr01G005814 Chr01 NC_080387.1:74136809-74136823promoter 内 1592-1606 bp - 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 74139218-74141307(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCAAAAGTCAATATT
SmilChr01G004895 Chr01 NC_080387.1:67036095-67036109promoter 内 1572-1586 bp + 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 66999498-67033680(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTGAAAGTCAACTTT
SmilChr01G001646 Chr01 NC_080387.1:30521600-30521614promoter 内 1513-1527 bp + 2474 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 30524088-30530209(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATGTTGACTTCGAT
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