转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004600; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007048-RA_Salv SmilChr02G004600 ARF XP_057791481.1 MP00574 ATCCGACAAA

可能结合的靶基因

9846 个结合位点 7302 个候选靶基因 第 75 / 147 下载 TSV

上一页 75 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000572 Chr02 NC_080388.1:8183201-8183210promoter 内 1834-1843 bp + 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 8088579-8181043(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAG
SmilChr04G000541 Chr04 NC_080390.1:6011383-6011392promoter 内 1801-1810 bp + 2191 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 6009086-6009192(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TATGTCGGAG
SmilChr02G001372 Chr02 NC_080388.1:25966867-25966876promoter 内 1797-1806 bp - 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 25961839-25964672(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr02G001212 Chr02 NC_080388.1:22310189-22310198promoter 内 1796-1805 bp - 2196 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 22305039-22307993(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr01G004601 Chr01 NC_080387.1:63993217-63993226promoter 内 1791-1800 bp - 2201 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 63995427-64002877(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAG
SmilChr04G001112 Chr04 NC_080390.1:15958741-15958750promoter 内 1783-1792 bp + 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 15956426-15956532(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TATGTCGGAG
SmilChr01G000739 Chr01 NC_080387.1:16371440-16371449promoter 内 1777-1786 bp - 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 16373664-16393722(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TATGTCGGAT
SmilChr03G004602 Chr03 NC_080389.1:63807541-63807550promoter 内 1694-1703 bp - 2298 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 63802678-63805243(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr02G004925 Chr02 NC_080388.1:71265247-71265256promoter 内 1677-1686 bp + 2315 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 71267571-71269699(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACCCGACAAC
SmilChr02G000082 Chr02 NC_080388.1:1078599-1078608promoter 内 1660-1669 bp + 2332 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 1080940-1082744(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACATA
SmilChr03G003654 Chr03 NC_080389.1:55372368-55372377promoter 内 1660-1669 bp - 2332 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 55368761-55370036(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr01G002207 Chr01 NC_080387.1:38408589-38408598promoter 内 1592-1601 bp + 2400 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 38410998-38414939(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr03G003330 Chr03 NC_080389.1:51587872-51587881promoter 内 1555-1564 bp - 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 51583607-51585435(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACATA
SmilChr04G002267 Chr04 NC_080390.1:36680323-36680332promoter 内 1551-1560 bp + 2441 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 36682773-36686580(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCCCGACAAG
SmilChr03G004604 Chr03 NC_080389.1:63813712-63813721promoter 内 1550-1559 bp - 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 63809935-63811270(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr02G000132 Chr02 NC_080388.1:1808274-1808283promoter 内 1544-1553 bp - 2448 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 1810731-1822372(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TATGTCGGAG
SmilChr01G002804 Chr01 NC_080387.1:46576615-46576624promoter 内 1521-1530 bp + 2471 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 46579095-46593636(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTGCGACAAA
SmilChr03G004316 Chr03 NC_080389.1:61530465-61530474promoter 内 1497-1506 bp + 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 61508826-61527970(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAT
SmilChr01G001236 Chr01 NC_080387.1:24781214-24781223promoter 内 1485-1494 bp - 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 24783730-24787436(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAG
SmilChr03G004542 Chr03 NC_080389.1:63427296-63427305promoter 内 1477-1486 bp + 2515 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 63429820-63431178(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr02G005349 Chr02 NC_080388.1:74298660-74298669promoter 内 1435-1444 bp + 2557 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 74294530-74296103(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGGT
SmilChr02G003364 Chr02 NC_080388.1:54764597-54764606promoter 内 1432-1441 bp + 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 54759037-54762037(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TATGTCGGAG
SmilChr04G000935 Chr04 NC_080390.1:12219461-12219470promoter 内 1421-1430 bp - 2571 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 12215541-12216890(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACCCGACAAC
SmilChr04G001322 Chr04 NC_080390.1:21302341-21302350promoter 内 1411-1420 bp + 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 21304931-21306094(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACCCGACAAC
SmilChr01G002326 Chr01 NC_080387.1:40354018-40354027promoter 内 1405-1414 bp - 2587 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 40345066-40351431(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr03G003223 Chr03 NC_080389.1:49903032-49903041promoter 内 1402-1411 bp - 2590 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 49899621-49900442(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACCCGACAAC
SmilChr03G001142 Chr03 NC_080389.1:13170124-13170133promoter 内 1400-1409 bp + 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 13172725-13173879(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACCCGACAAC
SmilChr02G000691 Chr02 NC_080388.1:11014048-11014057promoter 内 1397-1406 bp - 2595 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 11010617-11011453(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACCCGACAAC
SmilChr02G001071 Chr02 NC_080388.1:19079708-19079717promoter 内 1396-1405 bp - 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 19076594-19077112(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACCCGACAAC
SmilChr01G002317 Chr01 NC_080387.1:40169654-40169663promoter 内 1392-1401 bp - 2600 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 40161020-40167054(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr03G004321 Chr03 NC_080389.1:61581548-61581557promoter 内 1353-1362 bp + 2639 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 61575799-61578909(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAT
SmilChr01G002156 Chr01 NC_080387.1:37562657-37562666promoter 内 1329-1338 bp + 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 37565329-37567601(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr04G001309 Chr04 NC_080390.1:20899193-20899202promoter 内 1309-1318 bp + 2683 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 20892283-20896510(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAT
SmilChr02G000272 Chr02 NC_080388.1:3516055-3516064promoter 内 1306-1315 bp - 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 3509153-3513369(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTGCGACAAA
SmilChr04G002302 Chr04 NC_080390.1:37266952-37266961promoter 内 1254-1263 bp + 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 37261224-37264214(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAG
SmilChr04G000894 Chr04 NC_080390.1:11511576-11511585promoter 内 1238-1247 bp - 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 11506315-11508822(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
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