转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 75 / 138 下载 TSV

上一页 75 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000220 Chr03 NC_080389.1:2538491-2538505promoter 内 1293-1307 bp - 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 2541199-2544308(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGTAACGC
SmilChr05G001093 Chr05 NC_080391.1:9097321-9097335promoter 内 1290-1304 bp - 2697 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 9100032-9103242(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCGGCTTAA
SmilChr04G002399 Chr04 NC_080390.1:38536686-38536700promoter 内 1282-1296 bp + 2705 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 38539405-38544239(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCATACAAACCGTTG
SmilChr02G004484 Chr02 NC_080388.1:67317687-67317701promoter 内 1271-1285 bp - 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 67313590-67314971(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCATACAAACCGTTG
SmilChr02G004874 Chr02 NC_080388.1:70824018-70824032promoter 内 1227-1241 bp + 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 70817659-70821258(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACGGTTCA
SmilChr03G001823 Chr03 NC_080389.1:24951178-24951192promoter 内 1199-1213 bp - 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 24946586-24948390(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCATACAAACCGTTG
SmilChr02G001983 Chr02 NC_080388.1:35781770-35781784promoter 内 1182-1196 bp - 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 35777989-35778965(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTAAGCCGACCGTTA
SmilChr02G003577 Chr02 NC_080388.1:56943140-56943154promoter 内 1176-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 56939348-56940329(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTAAGCCGACCGTTA
SmilChr02G001546 Chr02 NC_080388.1:28723572-28723586promoter 内 1166-1180 bp + 2821 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 28726407-28730706(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCATACAAACCGTTG
SmilChr04G000559 Chr04 NC_080390.1:6254136-6254150promoter 内 1160-1174 bp + 2827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 6256977-6258392(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCATACAAACCGTTG
SmilChr05G003038 Chr05 NC_080391.1:38127154-38127168promoter 内 1109-1123 bp + 2878 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 38130046-38135401(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCATACAAACCGTTG
SmilChr01G003393 Chr01 NC_080387.1:52663432-52663446promoter 内 1106-1120 bp + 2881 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 52657385-52660551(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGTTAGTT
SmilChr05G002931 Chr05 NC_080391.1:35356185-35356199promoter 内 1066-1080 bp - 2921 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 35351421-35353264(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCATACAAACCGTTG
SmilChr07G002252 Chr07 NC_080393.1:20704604-20704618promoter 内 1048-1062 bp + 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 20707557-20712550(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTTCTCTAACCGTTG
SmilChr08G001615 Chr08 NC_080394.1:13380221-13380235promoter 内 1041-1055 bp + 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 13383181-13385585(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAATTTGACCGTAG
SmilChr02G002989 Chr02 NC_080388.1:50561311-50561325promoter 内 1006-1020 bp - 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 50553903-50558330(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATGATCTGACCGTTT
SmilChr02G000112 Chr02 NC_080388.1:1430382-1430396promoter 内 998-1012 bp - 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 1426595-1427393(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCATACAAACCGTTG
SmilChr06G002985 Chr06 NC_080392.1:42641114-42641128promoter 内 937-951 bp + 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 42644178-42645632(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCCTACTAACCGTTG
SmilChr03G002348 Chr03 NC_080389.1:37093424-37093438promoter 内 918-932 bp - 3069 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 37096507-37097205(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACCTTCGG
SmilChr05G003975 Chr05 NC_080391.1:53544740-53544754promoter 内 909-923 bp + 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 53538751-53541662(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTATGC
SmilChr01G002178 Chr01 NC_080387.1:37867467-37867481promoter 内 906-920 bp - 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 37862410-37864386(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCATACAAACCGTTG
SmilChr06G002018 Chr06 NC_080392.1:25971584-25971598promoter 内 885-899 bp + 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25974700-25975496(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCATACAAACCGTTG
SmilChr02G004440 Chr02 NC_080388.1:66767203-66767217promoter 内 874-888 bp - 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 66770330-66774028(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATAATATA
SmilChr05G001995 Chr05 NC_080391.1:20676831-20676845promoter 内 839-853 bp - 3148 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 20679993-20681005(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTATGC
SmilChr01G003440 Chr01 NC_080387.1:52994573-52994587promoter 内 813-827 bp - 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 52988922-52991399(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCATACAAACCGTTG
SmilChr05G003252 Chr05 NC_080391.1:41919917-41919931promoter 内 778-792 bp + 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 41914380-41916708(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTATGC
SmilChr05G001183 Chr05 NC_080391.1:9923692-9923706promoter 内 760-774 bp + 3227 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 9910204-9920465(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTATGC
SmilChr03G004543 Chr03 NC_080389.1:63440641-63440655promoter 内 740-754 bp + 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 63434258-63437394(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGTAGTCC
SmilChr08G003895 Chr08 NC_080394.1:46289413-46289427promoter 内 731-745 bp + 3256 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46270602-46286157(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCGGCTTAA
SmilChr03G001759 Chr03 NC_080389.1:23948690-23948704promoter 内 726-740 bp - 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 23944449-23945429(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCATACAAACCGTTG
SmilChr07G004639 Chr07 NC_080393.1:59267993-59268007promoter 内 725-739 bp - 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 59260938-59264731(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTAGTGGACCGTTG
SmilChr04G000482 Chr04 NC_080390.1:5213336-5213350promoter 内 717-731 bp - 3270 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5216620-5220529(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTATGC
SmilChr01G004895 Chr01 NC_080387.1:67036958-67036972promoter 内 709-723 bp + 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 66999498-67033680(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCAATCAAT
SmilChr05G004288 Chr05 NC_080391.1:56659028-56659042promoter 内 709-723 bp + 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 56662320-56668544(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTTATTTGACCGTTT
SmilChr03G001278 Chr03 NC_080389.1:14966345-14966359promoter 内 687-701 bp - 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14969659-14969730(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTATGC
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