转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 75 / 147 下载 TSV

上一页 75 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003150 Chr03 NC_080389.1:48861345-48861359promoter 内 1058-1072 bp + 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 48857319-48858416(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACTGATTA
SmilChr03G003154 Chr03 NC_080389.1:48905346-48905360promoter 内 1058-1072 bp - 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 48908289-48909386(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACTGATTA
SmilChr02G001675 Chr02 NC_080388.1:31005356-31005370promoter 内 975-989 bp + 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 30999605-31002344(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATATTTCC
SmilChr04G001739 Chr04 NC_080390.1:28636763-28636777promoter 内 942-956 bp - 3045 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 28639822-28642278(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATATTTCC
SmilChr01G005545 Chr01 NC_080387.1:72258575-72258589promoter 内 908-922 bp - 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 72261668-72264027(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAAGTTTGAC
SmilChr01G000742 Chr01 NC_080387.1:16419583-16419597promoter 内 785-799 bp + 3202 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 16422799-16423392(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCAATTGTTAGGTCA
SmilChr02G000869 Chr02 NC_080388.1:14925179-14925193promoter 内 784-798 bp + 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 14928396-14936575(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAAACAGTTAGGTTA
SmilChr02G004957 Chr02 NC_080388.1:71508646-71508660promoter 内 766-780 bp - 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 71511881-71517933(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAAATATTTT
SmilChr04G001469 Chr04 NC_080390.1:24118470-24118484promoter 内 764-778 bp + 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 24121707-24130736(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGAAAAGTTAGGGAA
SmilChr03G003748 Chr03 NC_080389.1:56537433-56537447promoter 内 750-764 bp - 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 56540684-56545784(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACATCTTG
SmilChr01G000390 Chr01 NC_080387.1:8042992-8043006promoter 内 676-690 bp + 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 8037282-8039681(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACAATTAC
SmilChr02G004696 Chr02 NC_080388.1:69292061-69292075promoter 内 667-681 bp - 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 69295395-69295793(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACCTTCAA
SmilChr01G000274 Chr01 NC_080387.1:5453592-5453606promoter 内 639-653 bp - 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5449121-5450244(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAACTTGTTAGGTCC
SmilChr02G004385 Chr02 NC_080388.1:66197248-66197262promoter 内 482-496 bp + 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 66190295-66193743(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACTAGATA
SmilChr03G003072 Chr03 NC_080389.1:47742767-47742781promoter 内 425-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 47738570-47739205(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAAACATTAGGTAG
SmilChr04G000236 Chr04 NC_080390.1:2102797-2102811promoter 内 321-335 bp + 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 2106477-2108504(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGGATTGTTAGGTTA
SmilChr03G003640 Chr03 NC_080389.1:55074734-55074748promoter 内 315-329 bp + 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 55078420-55079692(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTGATAATTAGGTAA
SmilChr04G001605 Chr04 NC_080390.1:26747557-26747571promoter 内 309-323 bp - 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 26751249-26752559(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACATGAGT
SmilChr04G000038 Chr04 NC_080390.1:357784-357798promoter 内 263-277 bp - 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 361522-363400(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAATTGGTAT
SmilChr01G000893 Chr01 NC_080387.1:18975480-18975494promoter 内 215-229 bp - 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 18979266-18980289(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCACCTAACAAAGCT
SmilChr02G004738 Chr02 NC_080388.1:69594329-69594343promoter 内 146-160 bp + 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 69587773-69590488(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCACCTAACCACCAA
SmilChr01G002535 Chr01 NC_080387.1:43370421-43370435promoter 内 40-54 bp + 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 43374382-43379875(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAGAAAGGTAGGTAG
SmilChr03G004464 Chr03 NC_080389.1:62735218-62735232promoter 内 2936-2950 bp + 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 6 62714551-62734167(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAATTAATTG
SmilChr01G001631 Chr01 NC_080387.1:30371233-30371247promoter 内 3306-3320 bp - 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 30369106-30370552(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGAACAATTAGGTAG
SmilChr02G001739 Chr02 NC_080388.1:31956994-31957008promoter 内 3056-3070 bp - 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 31954366-31956063(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATTTAAATTAGGTAA
SmilChr01G001632 Chr01 NC_080387.1:30371233-30371247promoter 内 650-664 bp - 3337 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 30374584-30375099(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAATTGTTCA
SmilChr03G004467 Chr03 NC_080389.1:62735218-62735232promoter 内 43-57 bp + 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 62726166-62731274(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAATTAATTG
SmilChr02G005452 Chr02 NC_080388.1:74862432-74862446promoter 内 2987-3001 bp + 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 74863446-74865599(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATTTAAATTAGGTAA
SmilChr02G004244 Chr02 NC_080388.1:64636640-64636654promoter 内 2466-2480 bp - 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 64638175-64643463(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACCAGTAA
SmilChr02G003191 Chr02 NC_080388.1:53071752-53071766promoter 内 1623-1637 bp - 2364 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 53067817-53069388(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAGTTGTTAGGTCC
SmilChr02G002292 Chr02 NC_080388.1:40454335-40454349promoter 内 1084-1098 bp - 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 40457252-40460983(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAAGATTATT
SmilChr01G005291 Chr01 NC_080387.1:70228393-70228407promoter 内 513-527 bp + 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 70231881-70234315(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAGAGTGTTAGGTTT
SmilChr02G000936 Chr02 NC_080388.1:16340303-16340317promoter 内 3967-3981 bp + 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 16337052-16340283(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCTAACACATCT
SmilChr01G003266 Chr01 NC_080387.1:51340863-51340877promoter 内 3889-3903 bp + 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 51339521-51340765(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACAAATAC
SmilChr02G000110 Chr02 NC_080388.1:1403153-1403167promoter 内 3877-3891 bp - 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 1403277-1405878(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCACCTAACATACAC
SmilChr01G005605 Chr01 NC_080387.1:72604649-72604663promoter 内 3722-3736 bp - 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 72604224-72604384(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGAAAAGTTTGGCTT
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