转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002075; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008328-RA_Salv SmilChr07G002075 C2H2 XP_057773918.1 MP00485 TTTTTTTTTGTCGTTTTCTG

可能结合的靶基因

8059 个结合位点 7130 个候选靶基因 第 75 / 143 下载 TSV

上一页 75 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002895 Chr04 NC_080390.1:45180651-45180670promoter 内 882-901 bp - 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 45174462-45177551(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAATATTTTGTCATTTTTTT
SmilChr05G000302 Chr05 NC_080391.1:2299182-2299201promoter 内 879-898 bp + 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 2302304-2309671(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATTCTTTTGTCTTATTATG
SmilChr03G001598 Chr03 NC_080389.1:20308771-20308790promoter 内 876-895 bp + 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 20304955-20305665(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAAAAGCAGACAAAATTTAA
SmilChr01G003045 Chr01 NC_080387.1:49433819-49433838promoter 内 854-873 bp - 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 49429575-49430691(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTCTTTTTTGTCGTAATCAA
SmilChr06G003066 Chr06 NC_080392.1:43553408-43553427promoter 内 830-849 bp - 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 43547665-43550256(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATTCTTTTGTCTTATTATG
SmilChr02G002067 Chr02 NC_080388.1:37223806-37223825promoter 内 808-827 bp + 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 37220526-37220632(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAATGACAAAATATTA
SmilChr04G003310 Chr04 NC_080390.1:49844313-49844332promoter 内 806-825 bp - 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 49839411-49841137(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTAAATTTTGTCATTTTTTT
SmilChr07G003958 Chr07 NC_080393.1:50208190-50208209promoter 内 784-803 bp - 3198 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 50211407-50212162(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGTTAACGACAAGAAACGG
SmilChr04G000731 Chr04 NC_080390.1:8657525-8657544promoter 内 776-795 bp - 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8660750-8662552(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AACTAAAAGCCAAAAAAATA
SmilChr06G002508 Chr06 NC_080392.1:35973309-35973328promoter 内 759-778 bp - 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 35976551-35978543(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAATGACAAAATATTA
SmilChr08G000622 Chr08 NC_080394.1:4653987-4654006promoter 内 702-721 bp - 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4650150-4650707(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATTTTTTTGTCATTTTTGG
SmilChr07G000145 Chr07 NC_080393.1:882103-882122promoter 内 680-699 bp + 3302 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 872390-878801(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAGAAAAAAACAAAAACAAA
SmilChr02G000610 Chr02 NC_080388.1:8915143-8915162promoter 内 665-684 bp + 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8918479-8918931(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAATATTTTGTCATTTTTTT
SmilChr04G000467 Chr04 NC_080390.1:4997259-4997278promoter 内 643-662 bp + 3339 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 5000617-5003096(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTCTTTTTTGTCGTAATCAA
SmilChr06G000195 Chr06 NC_080392.1:1350345-1350364promoter 内 643-662 bp - 3339 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1345771-1347006(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTGATTTTTGTTTTTTTCTT
SmilChr02G003609 Chr02 NC_080388.1:57350074-57350093promoter 内 615-634 bp - 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 57340981-57346707(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATTCTTTTGTCTTATTATG
SmilChr01G000113 Chr01 NC_080387.1:1938362-1938381promoter 内 614-633 bp + 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1941749-1946063(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATTCTTTTGTCTTATTATG
SmilChr03G001772 Chr03 NC_080389.1:24172960-24172979promoter 内 606-625 bp + 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 24176355-24177375(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTATTTTTGTTGTTTTTCT
SmilChr07G001935 Chr07 NC_080393.1:16756963-16756982promoter 内 588-607 bp + 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16760376-16763325(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TATATTTTTGTCGCCATCTA
SmilChr07G002646 Chr07 NC_080393.1:25610319-25610338promoter 内 549-568 bp - 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 25598866-25606886(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCTTTTTTTGTCATCTTGGC
SmilChr01G004216 Chr01 NC_080387.1:60567477-60567496promoter 内 546-565 bp - 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 60562315-60564041(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TATTCGTTTGTCGCTTTGCT
SmilChr02G003183 Chr02 NC_080388.1:52989548-52989567promoter 内 546-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 52983766-52986112(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAGATAATGACAAAAATATG
SmilChr02G002469 Chr02 NC_080388.1:43079978-43079997promoter 内 496-515 bp + 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 43075229-43076492(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAATGACAAAATATTA
SmilChr04G000029 Chr04 NC_080390.1:297403-297422promoter 内 495-514 bp + 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 300909-302369(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATCCCGTTTGTCGTTTTTCA
SmilChr02G003918 Chr02 NC_080388.1:61275726-61275745promoter 内 445-464 bp - 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 61266207-61272189(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAATTTTTTGTCATTTTTCT
SmilChr07G000772 Chr07 NC_080393.1:5405686-5405705promoter 内 430-449 bp + 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 5399005-5402134(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTGAACAAGACAAAATAAAA
SmilChr01G000365 Chr01 NC_080387.1:7556442-7556461promoter 内 422-441 bp + 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 7560021-7567150(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATTCTTTTGTCTTATTATG
SmilChr02G000014 Chr02 NC_080388.1:117204-117223promoter 内 400-419 bp + 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 110968-113622(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATAATAAGACAAAAGAATC
SmilChr05G000904 Chr05 NC_080391.1:7171090-7171109promoter 内 398-417 bp + 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 7164771-7167506(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CGCGACGCGACAAAAAAGAA
SmilChr07G000146 Chr07 NC_080393.1:882103-882122promoter 内 385-404 bp + 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 875844-878506(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAGAAAAAAACAAAAACAAA
SmilChr02G001554 Chr02 NC_080388.1:28833847-28833866promoter 内 372-391 bp - 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 28829675-28830237(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTCGATTTTGTCTTTTAACT
SmilChr07G003105 Chr07 NC_080393.1:32882414-32882433promoter 内 357-376 bp + 3625 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 32877731-32878789(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAATGACAAAATATTA
SmilChr02G003571 Chr02 NC_080388.1:56869922-56869941promoter 内 339-358 bp + 3643 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56873584-56873690(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATTCTTTTGTCTTATTATG
SmilChr05G003444 Chr05 NC_080391.1:45803010-45803029promoter 内 321-340 bp - 3661 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 45798735-45799349(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATTCTTTTGTCTTATTATG
SmilChr05G000566 Chr05 NC_080391.1:4250572-4250591promoter 内 317-336 bp - 3665 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4254256-4256838(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGGAAAACGACGAAAGTTTG
SmilChr01G005468 Chr01 NC_080387.1:71674521-71674540promoter 内 306-325 bp + 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 71667769-71670845(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATGAAAAGACAAAAAAATA
SmilChr03G000830 Chr03 NC_080389.1:9530183-9530202promoter 内 285-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 9523345-9526486(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATAATAAGACAAAAGAATC
SmilChr02G002156 Chr02 NC_080388.1:38784620-38784639promoter 内 280-299 bp + 3702 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 38778878-38780918(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATAATAAGACAAAAGAATC
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SmilChr03G000379 Chr03 NC_080389.1:4241561-4241580promoter 内 44-63 bp - 3938 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4234526-4237623(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATTCTTTTGTCTTATTATG
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SmilChr06G001407 Chr06 NC_080392.1:14758861-14758880promoter 内 35-54 bp - 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 14762827-14764059(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAATGACAAAATATTA