转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002147; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004577-RA_Salv SmilChr07G002147 MYB XP_057774045.1 MP00500 AATATGGATAAGG

可能结合的靶基因

9681 个结合位点 6697 个候选靶基因 第 75 / 134 下载 TSV

上一页 75 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004951 Chr01 NC_080387.1:67596272-67596284promoter 内 649-661 bp - 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 67590086-67592932(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTATGGATAATG
SmilChr01G000714 Chr01 NC_080387.1:16020799-16020811promoter 内 615-627 bp - 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 16024185-16029361(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTCAAAG
SmilChr03G000494 Chr03 NC_080389.1:5287974-5287986promoter 内 429-441 bp + 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 5277891-5284414(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCACACC
SmilChr02G004701 Chr02 NC_080388.1:69319490-69319502promoter 内 427-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 69323064-69328271(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCTTGGC
SmilChr01G000939 Chr01 NC_080387.1:19888178-19888190promoter 内 343-355 bp + 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 19891836-19895713(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTGGTGGATAACG
SmilChr01G005377 Chr01 NC_080387.1:70999038-70999050promoter 内 263-275 bp - 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 70990844-70995312(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGTATGGATAATG
SmilChr03G000036 Chr03 NC_080389.1:446731-446743promoter 内 3847-3859 bp + 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 446885-450947(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTACGGATAAGC
SmilChr02G005176 Chr02 NC_080388.1:73056961-73056973promoter 内 3826-3838 bp - 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 73057136-73060787(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATCAT
SmilChr01G005752 Chr01 NC_080387.1:73596086-73596098promoter 内 3711-3723 bp + 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 73593282-73595808(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTTATCCATTTA
SmilChr01G002806 Chr01 NC_080387.1:46605320-46605332promoter 内 3681-3693 bp - 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 46601773-46605012(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGATGGATAAGA
SmilChr02G003546 Chr02 NC_080388.1:56615910-56615922promoter 内 3521-3533 bp - 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 56612498-56615442(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTAGGATAAGA
SmilChr01G003256 Chr01 NC_080387.1:51266309-51266321promoter 内 3501-3513 bp - 488 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 51262243-51265821(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GGTGTGGATAATA
SmilChr01G002307 Chr01 NC_080387.1:40003411-40003423promoter 内 3480-3492 bp + 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 40003932-40007099(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAACA
SmilChr01G002318 Chr01 NC_080387.1:40209339-40209351promoter 内 3479-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 40209861-40213027(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAACA
SmilChr03G000809 Chr03 NC_080389.1:9251353-9251365promoter 内 3463-3475 bp + 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 9251891-9255960(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGATGGATAAGA
SmilChr03G001329 Chr03 NC_080389.1:15546848-15546860promoter 内 3452-3464 bp - 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 15541355-15546311(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGATGGATAAGA
SmilChr03G000484 Chr03 NC_080389.1:5167780-5167792promoter 内 3421-3433 bp - 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 5163205-5167212(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGATGGATAAGA
SmilChr02G000049 Chr02 NC_080388.1:653181-653193promoter 内 3418-3430 bp + 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 653764-653844(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATGCTGATAAGG
SmilChr02G000174 Chr02 NC_080388.1:2215422-2215434promoter 内 3418-3430 bp - 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 2214771-2214851(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AATGCTGATAAGG
SmilChr02G000352 Chr02 NC_080388.1:4530652-4530664promoter 内 3395-3407 bp - 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 4531258-4532840(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATCAT
SmilChr02G000287 Chr02 NC_080388.1:3671524-3671536promoter 内 3377-3389 bp + 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 3669304-3670912(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATCAT
SmilChr01G004738 Chr01 NC_080387.1:65567912-65567924promoter 内 3334-3346 bp + 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 65563100-65567257(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCAAAAA
SmilChr01G004432 Chr01 NC_080387.1:62426880-62426892promoter 内 3295-3307 bp + 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 62424756-62426186(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCAAAAA
SmilChr03G001176 Chr03 NC_080389.1:13521289-13521301promoter 内 3293-3305 bp - 696 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 13521997-13523176(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATGAA
SmilChr02G005482 Chr02 NC_080388.1:75032517-75032529promoter 内 3168-3180 bp - 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 75029459-75031696(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGTACGGATAAGC
SmilChr02G001653 Chr02 NC_080388.1:30689329-30689341promoter 内 3119-3131 bp - 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 30686091-30688459(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTTTCGGATAAGC
SmilChr01G005215 Chr01 NC_080387.1:69753295-69753307promoter 内 3044-3056 bp - 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 69751850-69752350(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGATGGATAAGA
SmilChr01G003843 Chr01 NC_080387.1:56756357-56756369promoter 内 2901-2913 bp - 1088 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 56755196-56755269(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ATGATGGATAAGA
SmilChr02G001763 Chr02 NC_080388.1:32371667-32371679promoter 内 2769-2781 bp + 1220 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 32372899-32374214(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTGGCAGATAAGG
SmilChr01G004847 Chr01 NC_080387.1:66620301-66620313promoter 内 2752-2764 bp - 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 66621550-66625582(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCCCTTGA
SmilChr01G002345 Chr01 NC_080387.1:40593936-40593948promoter 内 2741-2753 bp - 1248 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 40590469-40592688(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TTAATGGATAATG
SmilChr01G001328 Chr01 NC_080387.1:26438446-26438458promoter 内 2705-2717 bp + 1284 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 26434729-26437162(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTCTTAG
SmilChr01G005205 Chr01 NC_080387.1:69711975-69711987promoter 内 2652-2664 bp - 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 69713324-69713804(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATCAT
SmilChr01G005787 Chr01 NC_080387.1:73951538-73951550promoter 内 2511-2523 bp - 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 73953028-73956878(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATCAT
SmilChr03G002077 Chr03 NC_080389.1:31782256-31782268promoter 内 2504-2516 bp + 1485 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 31778762-31780771(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCATCAT
SmilChr02G002692 Chr02 NC_080388.1:46646953-46646965promoter 内 2481-2493 bp + 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 46648473-46652779(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TAAATGGATAACA
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