转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002757; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005037-RA_Salv SmilChr04G002757 MIKC_MADS XP_057807158.1 MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG

可能结合的靶基因

9889 个结合位点 7172 个候选靶基因 第 76 / 144 下载 TSV

上一页 76 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002229 Chr05 NC_080391.1:23848702-23848716promoter 内 3293-3307 bp - 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 23849410-23854261(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAAGA
SmilChr01G001628 Chr01 NC_080387.1:30347463-30347477promoter 内 3268-3282 bp + 719 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 30341174-30346744(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAAGA
SmilChr01G006201 Chr01 NC_080387.1:77709743-77709757promoter 内 3202-3216 bp - 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 77707736-77708958(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCTATTTTTGG
SmilChr04G003850 Chr04 NC_080390.1:54490494-54490508promoter 内 3164-3178 bp + 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 54487394-54489671(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAAGA
SmilChr06G000063 Chr06 NC_080392.1:518834-518848promoter 内 3131-3145 bp + 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 514592-517978(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAAGA
SmilChr02G003953 Chr02 NC_080388.1:61685934-61685948promoter 内 3127-3141 bp - 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 61686808-61689207(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAAGA
SmilChr05G002170 Chr05 NC_080391.1:23050142-23050156promoter 内 3114-3128 bp - 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 23051029-23054239(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTAAAAAAGGAAAGG
SmilChr01G002306 Chr01 NC_080387.1:39991111-39991125promoter 内 3095-3109 bp - 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 39992017-39993315(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAAGA
SmilChr05G003865 Chr05 NC_080391.1:52254321-52254335promoter 内 3077-3091 bp + 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 52255245-52259472(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCTATTTTTGG
SmilChr05G001593 Chr05 NC_080391.1:14636782-14636796promoter 内 3075-3089 bp - 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 14634183-14635870(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCTATTTTTGG
SmilChr05G003609 Chr05 NC_080391.1:48166796-48166810promoter 内 3038-3052 bp + 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 48160703-48165847(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAAGA
SmilChr04G004004 Chr04 NC_080390.1:55386761-55386775promoter 内 2980-2994 bp - 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 55387782-55391064(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAAGA
SmilChr05G001568 Chr05 NC_080391.1:14337219-14337233promoter 内 2979-2993 bp - 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 14335564-14336211(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTCTTCCTTTTTTGG
SmilChr02G003936 Chr02 NC_080388.1:61437055-61437069promoter 内 2934-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 61434867-61436002(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTACCTTTTTGGT
SmilChr02G001823 Chr02 NC_080388.1:33162162-33162176promoter 内 2924-2938 bp + 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 33158274-33161099(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAGAA
SmilChr02G005388 Chr02 NC_080388.1:74521863-74521877promoter 内 2897-2911 bp - 1090 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 74518290-74520773(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCTATTTTTGG
SmilChr03G000342 Chr03 NC_080389.1:3881464-3881478promoter 内 2868-2882 bp - 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 3872530-3880345(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCTTTCCTTTTTTAG
SmilChr03G000215 Chr03 NC_080389.1:2505054-2505068promoter 内 2866-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 2506189-2515083(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCTTTCCTTTTTTAG
SmilChr02G004158 Chr02 NC_080388.1:63900325-63900339promoter 内 2818-2832 bp - 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 63901508-63904482(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAAGA
SmilChr02G001882 Chr02 NC_080388.1:34140431-34140445promoter 内 2780-2794 bp + 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 34137767-34139224(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAAGA
SmilChr01G004362 Chr01 NC_080387.1:61805812-61805826promoter 内 2775-2789 bp + 1212 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 61807038-61813544(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCTATTTTTGG
SmilChr02G004923 Chr02 NC_080388.1:71245299-71245313promoter 内 2774-2788 bp + 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 71246526-71248861(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCTATTTTTGG
SmilChr02G004337 Chr02 NC_080388.1:65617421-65617435promoter 内 2767-2781 bp + 1220 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 65618655-65619728(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCTATTTTTGG
SmilChr05G002257 Chr05 NC_080391.1:24278321-24278335promoter 内 2681-2695 bp + 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 24279641-24283635(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCTATTTTTGG
SmilChr06G001437 Chr06 NC_080392.1:15173058-15173072promoter 内 2669-2683 bp - 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 15174390-15175735(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAAGA
SmilChr01G004481 Chr01 NC_080387.1:62915266-62915280promoter 内 2606-2620 bp - 1381 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 62910499-62913885(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCTATTTTTGG
SmilChr03G002696 Chr03 NC_080389.1:42953543-42953557promoter 内 2600-2614 bp + 1387 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 42950361-42952156(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAAGA
SmilChr03G003517 Chr03 NC_080389.1:53763535-53763549promoter 内 2593-2607 bp - 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 53764943-53765617(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAAGA
SmilChr02G005561 Chr02 NC_080388.1:75545007-75545021promoter 内 2575-2589 bp + 1412 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 75546433-75548590(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCTATTTTTGG
SmilChr02G001169 Chr02 NC_080388.1:21444209-21444223promoter 内 2533-2547 bp + 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 21445677-21452087(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCTATTTTTGG
SmilChr05G001287 Chr05 NC_080391.1:11008118-11008132promoter 内 2504-2518 bp + 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 11009615-11011307(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCTATTTTTGG
SmilChr04G002239 Chr04 NC_080390.1:36155147-36155161promoter 内 2492-2506 bp + 1495 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 36156656-36164001(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTCTTCCTTTTTTGG
SmilChr04G000741 Chr04 NC_080390.1:9105259-9105273promoter 内 2490-2504 bp + 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 9101059-9103762(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAAGA
SmilChr03G003624 Chr03 NC_080389.1:54912927-54912941promoter 内 2474-2488 bp + 1513 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 54914454-54918408(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCTATTTTTGG
SmilChr02G003385 Chr02 NC_080388.1:54963913-54963927promoter 内 2459-2473 bp + 1528 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 54958479-54962385(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGAAAGA
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