转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 77 / 135 下载 TSV

上一页 77 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000147 Chr02 NC_080388.1:1969349-1969363promoter 内 1007-1021 bp + 2980 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1963212-1966369(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAACATCAAG
SmilChr02G001831 Chr02 NC_080388.1:33327657-33327671promoter 内 951-965 bp + 3036 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 33330707-33330813(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATCACCTTATCACA
SmilChr01G000830 Chr01 NC_080387.1:17859556-17859570promoter 内 846-860 bp - 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 17862711-17873987(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGAGATC
SmilChr01G000507 Chr01 NC_080387.1:10232935-10232949promoter 内 775-789 bp + 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 10236161-10239270(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAATATCTTATCCGT
SmilChr03G001764 Chr03 NC_080389.1:24071762-24071776promoter 内 760-774 bp + 3227 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 24065719-24068535(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGGGTTCA
SmilChr02G004820 Chr02 NC_080388.1:70315416-70315430promoter 内 736-750 bp - 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 70318681-70323365(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGTGTGT
SmilChr02G003374 Chr02 NC_080388.1:54881232-54881246promoter 内 642-656 bp + 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 54884591-54887300(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTAACCTCATCTCT
SmilChr02G000708 Chr02 NC_080388.1:11399409-11399423promoter 内 616-630 bp - 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 11393227-11396038(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATCTCCTTATCTCT
SmilChr02G004113 Chr02 NC_080388.1:63423120-63423134promoter 内 417-431 bp + 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 63426704-63431794(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAAACTTTATCCTC
SmilChr02G004947 Chr02 NC_080388.1:71417889-71417903promoter 内 353-367 bp + 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 71411893-71414255(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGAACAAT
SmilChr03G001144 Chr03 NC_080389.1:13194831-13194845promoter 内 301-315 bp - 3686 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 13198531-13199340(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGATATTT
SmilChr01G001251 Chr01 NC_080387.1:25129540-25129554promoter 内 298-312 bp - 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 25133243-25133875(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGATAAGGTAGGG
SmilChr03G000430 Chr03 NC_080389.1:4672049-4672063promoter 内 201-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 4666578-4668263(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAATATCTTATCCGT
SmilChr01G002705 Chr01 NC_080387.1:45315944-45315958promoter 内 196-210 bp + 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 45319749-45320461(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTAATATTATCCTT
SmilChr01G005177 Chr01 NC_080387.1:69503153-69503167promoter 内 180-194 bp - 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 69506974-69508217(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGCTTATT
SmilChr01G004307 Chr01 NC_080387.1:61255921-61255935promoter 内 3715-3729 bp + 272 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 61254262-61255649(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATTATT
SmilChr01G004306 Chr01 NC_080387.1:61255921-61255935promoter 内 2321-2335 bp + 1666 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 61252932-61254255(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATTATT
SmilChr01G000327 Chr01 NC_080387.1:6617386-6617400promoter 内 916-930 bp - 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 6620471-6623501(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGGGCATA
SmilChr01G003356 Chr01 NC_080387.1:52302945-52302959promoter 内 3104-3118 bp + 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 52303842-52304849(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGCACCTTATCTGA
SmilChr03G000300 Chr03 NC_080389.1:3420093-3420107promoter 内 2166-2180 bp - 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 3415423-3418272(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGAGTCTTATCCAA
SmilChr01G000527 Chr01 NC_080387.1:10750001-10750015promoter 内 1984-1998 bp + 2003 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 10744899-10747998(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGGGCATA
SmilChr01G005630 Chr01 NC_080387.1:72753937-72753951promoter 内 221-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 72746687-72750171(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTTCCTTATCTTG
SmilChr02G003044 Chr02 NC_080388.1:51231976-51231990promoter 内 3799-3813 bp + 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 51230962-51231788(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATTATT
SmilChr02G004850 Chr02 NC_080388.1:70649358-70649372promoter 内 3723-3737 bp - 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 70649636-70654261(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATATTATC
SmilChr02G003141 Chr02 NC_080388.1:52435563-52435577promoter 内 3625-3639 bp + 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 52434287-52435201(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATATTATC
SmilChr01G003879 Chr01 NC_080387.1:57117858-57117872promoter 内 3619-3633 bp - 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 57111588-57117490(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATTATATTATCCTC
SmilChr02G001609 Chr02 NC_080388.1:29956102-29956116promoter 内 3243-3257 bp + 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 29956860-29957405(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAAATGTTATCCTT
SmilChr03G001357 Chr03 NC_080389.1:15942983-15942997promoter 内 2857-2871 bp + 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 15940801-15941853(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGATAAGGAATAT
SmilChr01G001804 Chr01 NC_080387.1:32970690-32970704promoter 内 2504-2518 bp - 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 32967597-32969207(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATATTCCTTATCATA
SmilChr02G002375 Chr02 NC_080388.1:41637878-41637892promoter 内 2466-2480 bp - 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 41636284-41636357(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAAACATTATCCTT
SmilChr03G000977 Chr03 NC_080389.1:11054266-11054280promoter 内 2423-2437 bp - 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 11050404-11052702(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAACTTCTTATCCCT
SmilChr02G001339 Chr02 NC_080388.1:24906617-24906631promoter 内 2301-2315 bp + 1686 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 24903546-24904931(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATATTATC
SmilChr02G004586 Chr02 NC_080388.1:68354060-68354074promoter 内 2123-2137 bp + 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 68346493-68352196(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATGATAAGGTAAAG
SmilChr01G000076 Chr01 NC_080387.1:1328367-1328381promoter 内 2006-2020 bp - 1981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 1330362-1331297(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACGACAAC
SmilChr01G004144 Chr01 NC_080387.1:59941726-59941740promoter 内 1998-2012 bp + 1989 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 59934933-59939737(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGCAAGA
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SmilChr01G000577 Chr01 NC_080387.1:11988923-11988937promoter 内 977-991 bp + 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 11991947-11992411(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGCCCTTATCCAT