转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 80 / 142 下载 TSV

上一页 80 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002319 Chr06 NC_080392.1:33458989-33459003promoter 内 2975-2989 bp + 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 33456850-33457977(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACGTGGTAGTTGTG
SmilChr07G000537 Chr07 NC_080393.1:3715331-3715345promoter 内 2929-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3716403-3731559(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACAACTACCACCAT
SmilChr05G000262 Chr05 NC_080391.1:2003996-2004010promoter 内 2925-2939 bp + 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2000847-2002934(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr07G000184 Chr07 NC_080393.1:1172817-1172831promoter 内 2910-2924 bp + 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1169473-1171740(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr05G002979 Chr05 NC_080391.1:36329713-36329727promoter 内 2900-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 36330814-36332477(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGAGAAGTAGGTGTG
SmilChr08G000808 Chr08 NC_080394.1:5961750-5961764promoter 内 2866-2880 bp + 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 5954832-5960629(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr07G000042 Chr07 NC_080393.1:184479-184493promoter 内 2854-2868 bp - 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 181448-183346(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACCACTGG
SmilChr06G000350 Chr06 NC_080392.1:2643230-2643244promoter 内 2835-2849 bp - 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2644396-2651485(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATATGGTAGGTATA
SmilChr07G000916 Chr07 NC_080393.1:6552426-6552440promoter 内 2754-2768 bp + 1233 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 6548111-6551193(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGATTGGTAGGTAAA
SmilChr04G003751 Chr04 NC_080390.1:53794704-53794718promoter 内 2745-2759 bp + 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53789656-53793462(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr08G001021 Chr08 NC_080394.1:7740275-7740289promoter 内 2726-2740 bp - 1261 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 7732829-7739014(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCACCG
SmilChr03G002130 Chr03 NC_080389.1:33143298-33143312promoter 内 2666-2680 bp + 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 33144633-33146677(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCAATCA
SmilChr01G004289 Chr01 NC_080387.1:61092771-61092785promoter 内 2658-2672 bp + 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 61094114-61095645(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCACCG
SmilChr03G002940 Chr03 NC_080389.1:46125623-46125637promoter 内 2646-2660 bp + 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 46123485-46124282(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr05G000821 Chr05 NC_080391.1:6452290-6452304promoter 内 2633-2647 bp + 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 6449039-6450936(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr06G002883 Chr06 NC_080392.1:41638167-41638181promoter 内 2612-2626 bp + 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 41639556-41643367(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACAACTACCACCAT
SmilChr03G002478 Chr03 NC_080389.1:39302204-39302218promoter 内 2605-2619 bp + 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 39303600-39306097(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCTTCTC
SmilChr07G003994 Chr07 NC_080393.1:51003218-51003232promoter 内 2590-2604 bp + 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 50998222-51001821(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTAGTTGTT
SmilChr05G003206 Chr05 NC_080391.1:41092361-41092375promoter 内 2563-2577 bp + 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 41088434-41090937(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTGGGGTAGGTGCT
SmilChr06G002269 Chr06 NC_080392.1:32409183-32409197promoter 内 2546-2560 bp + 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 32405128-32407742(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGAATAGTAGGTGAG
SmilChr03G003611 Chr03 NC_080389.1:54728054-54728068promoter 内 2545-2559 bp - 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 54729510-54733400(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr04G003752 Chr04 NC_080390.1:53794704-53794718promoter 内 2533-2547 bp + 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53796172-53797181(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCACCG
SmilChr01G004973 Chr01 NC_080387.1:67818097-67818111promoter 内 2531-2545 bp - 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 67819567-67820587(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGGAGTAGGTGGA
SmilChr02G005343 Chr02 NC_080388.1:74256456-74256470promoter 内 2498-2512 bp - 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 74253449-74254967(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCACCG
SmilChr03G004392 Chr03 NC_080389.1:62101288-62101302promoter 内 2476-2490 bp - 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 62099029-62099777(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCTGACT
SmilChr06G001823 Chr06 NC_080392.1:21412184-21412198promoter 内 2467-2481 bp + 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 21409306-21410664(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATGAAGTAGGTGGG
SmilChr02G001269 Chr02 NC_080388.1:23248900-23248914promoter 内 2466-2480 bp + 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23246512-23247379(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGTGGCAGGTGGA
SmilChr03G002181 Chr03 NC_080389.1:33889207-33889221promoter 内 2418-2432 bp - 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 33890790-33894444(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr03G000687 Chr03 NC_080389.1:7677902-7677916promoter 内 2409-2423 bp - 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 7679494-7680619(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCCGGGTAGGTAAG
SmilChr03G000268 Chr03 NC_080389.1:3099318-3099332promoter 内 2400-2414 bp + 1587 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3094510-3097731(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTCAGGTAGGTAAG
SmilChr03G000082 Chr03 NC_080389.1:965082-965096promoter 内 2385-2399 bp - 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 966698-968401(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTCAGGTAGGTAAG
SmilChr05G001603 Chr05 NC_080391.1:14790885-14790899promoter 内 2357-2371 bp - 1630 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 14788436-14789255(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACTGCGGC
SmilChr01G002507 Chr01 NC_080387.1:42947149-42947163promoter 内 2354-2368 bp + 1633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 42941240-42945516(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCGCAGTAGGTGGC
SmilChr02G005448 Chr02 NC_080388.1:74844246-74844260promoter 内 2352-2366 bp + 1635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 74838279-74842611(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACATGGTAGGTAGA
SmilChr03G002285 Chr03 NC_080389.1:36032479-36032493promoter 内 2266-2280 bp - 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 36027752-36030758(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCTAACC
SmilChr07G000043 Chr07 NC_080393.1:182144-182158promoter 内 2238-2252 bp - 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 183907-185313(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCAGTGGTAGGTGTT
SmilChr04G001193 Chr04 NC_080390.1:18255109-18255123promoter 内 2230-2244 bp - 1757 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 18249630-18253352(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTATTCC
SmilChr06G001945 Chr06 NC_080392.1:23937717-23937731promoter 内 2198-2212 bp + 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23939520-23944110(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTATTCC
SmilChr01G004588 Chr01 NC_080387.1:63897861-63897875promoter 内 2134-2148 bp - 1853 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 63894616-63896008(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCTATAA
SmilChr05G002449 Chr05 NC_080391.1:27035179-27035193promoter 内 2094-2108 bp - 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 27037086-27040425(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGAGGTAGGTAGT
SmilChr01G003949 Chr01 NC_080387.1:57872817-57872831promoter 内 2082-2096 bp + 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 57874736-57878256(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCACCG
SmilChr01G003020 Chr01 NC_080387.1:49215363-49215377promoter 内 2074-2088 bp - 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 49212007-49213450(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCCCCTACCACCAC
SmilChr06G002467 Chr06 NC_080392.1:35498616-35498630promoter 内 2052-2066 bp - 1935 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 35495758-35496681(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCGTGGT
SmilChr07G003986 Chr07 NC_080393.1:50901672-50901686promoter 内 2049-2063 bp + 1938 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 50903624-50908094(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACTGCCGT
SmilChr06G000227 Chr06 NC_080392.1:1530583-1530597promoter 内 2029-2043 bp - 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1517848-1528625(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCACCG
SmilChr06G002468 Chr06 NC_080392.1:35502273-35502287promoter 内 1980-1994 bp - 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 35499189-35500266(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCGTGGT
SmilChr02G005574 Chr02 NC_080388.1:75612831-75612845promoter 内 1962-1976 bp + 2025 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 75608762-75610806(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATCAAGTAGGTGGG
SmilChr06G002471 Chr06 NC_080392.1:35509502-35509516promoter 内 1958-1972 bp - 2029 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 35506473-35507473(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCGTGGT
SmilChr06G002470 Chr06 NC_080392.1:35505900-35505914promoter 内 1916-1930 bp - 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 35502846-35503829(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCGTGGT
SmilChr05G001450 Chr05 NC_080391.1:13247164-13247178promoter 内 1860-1874 bp - 2127 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 13249305-13251886(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGTGGGTAGGTGAT