转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003745; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 XP_057809144.1 MP00416 TGTAGTAG

可能结合的靶基因

9716 个结合位点 6433 个候选靶基因 第 80 / 129 下载 TSV

上一页 80 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002402 Chr02 NC_080388.1:41905548-41905555promoter 内 2616-2623 bp + 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 41906933-41907889(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G001774 Chr01 NC_080387.1:32654363-32654370promoter 内 2610-2617 bp + 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 32650047-32652979(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G004635 Chr02 NC_080388.1:68821495-68821502promoter 内 2604-2611 bp + 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 68818426-68820105(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G000067 Chr01 NC_080387.1:1110069-1110076promoter 内 2590-2597 bp - 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 1111480-1112546(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G006191 Chr01 NC_080387.1:77524889-77524896promoter 内 2589-2596 bp + 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 77517612-77523484(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G004639 Chr02 NC_080388.1:68838098-68838105promoter 内 2589-2596 bp - 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 68839510-68851822(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G002608 Chr02 NC_080388.1:45241212-45241219promoter 内 2583-2590 bp + 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 45237515-45239801(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr03G000289 Chr03 NC_080389.1:3282838-3282845promoter 内 2579-2586 bp - 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 3278701-3281423(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G001343 Chr02 NC_080388.1:25000001-25000008promoter 内 2568-2575 bp - 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 25001434-25004211(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G002774 Chr01 NC_080387.1:46184773-46184780promoter 内 2545-2552 bp + 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 46186229-46186729(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G004283 Chr01 NC_080387.1:61057563-61057570promoter 内 2544-2551 bp - 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 61055231-61056113(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G004621 Chr01 NC_080387.1:64243257-64243264promoter 内 2544-2551 bp + 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 64244714-64245115(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G006190 Chr01 NC_080387.1:77518802-77518809promoter 内 2543-2550 bp + 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 77513390-77517351(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G001257 Chr01 NC_080387.1:25234947-25234954promoter 内 2541-2548 bp + 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 25230481-25233494(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G000392 Chr02 NC_080388.1:4865441-4865448promoter 内 2541-2548 bp + 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 4860053-4863988(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G000504 Chr01 NC_080387.1:10216300-10216307promoter 内 2538-2545 bp + 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 10212918-10214844(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G003387 Chr01 NC_080387.1:52544832-52544839promoter 内 2538-2545 bp - 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 52546295-52547011(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G004074 Chr01 NC_080387.1:59179487-59179494promoter 内 2529-2536 bp + 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 59176511-59178022(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G004270 Chr02 NC_080388.1:64913437-64913444promoter 内 2529-2536 bp + 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 64907854-64911972(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G004982 Chr02 NC_080388.1:71705549-71705556promoter 内 2526-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 71701068-71704081(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G002939 Chr01 NC_080387.1:48174478-48174485promoter 内 2516-2523 bp + 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 48165428-48173000(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G006193 Chr01 NC_080387.1:77544238-77544245promoter 内 2515-2522 bp - 1479 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 77540519-77542759(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G000272 Chr02 NC_080388.1:3514849-3514856promoter 内 2514-2521 bp + 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 3509153-3513369(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G001611 Chr01 NC_080387.1:30258249-30258256promoter 内 2507-2514 bp + 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 30255606-30256762(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G005550 Chr02 NC_080388.1:75475340-75475347promoter 内 2503-2510 bp + 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 75476838-75489011(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G002723 Chr01 NC_080387.1:45574716-45574723promoter 内 2491-2498 bp + 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 45576226-45578866(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G004537 Chr01 NC_080387.1:63529211-63529218promoter 内 2486-2493 bp - 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 63530726-63531610(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G005856 Chr01 NC_080387.1:74490139-74490146promoter 内 2474-2481 bp - 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 74491666-74497993(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G002156 Chr01 NC_080387.1:37563798-37563805promoter 内 2470-2477 bp - 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 37565329-37567601(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G002777 Chr01 NC_080387.1:46211188-46211195promoter 内 2470-2477 bp - 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 46205267-46209664(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G003482 Chr02 NC_080388.1:56097012-56097019promoter 内 2455-2462 bp - 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 56095078-56095473(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G001286 Chr01 NC_080387.1:25632015-25632022promoter 内 2454-2461 bp + 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 25633562-25634590(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G001667 Chr02 NC_080388.1:30943398-30943405promoter 内 2451-2458 bp + 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 30944948-30946979(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G004059 Chr02 NC_080388.1:62884552-62884559promoter 内 2437-2444 bp - 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 62886116-62890512(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G005394 Chr01 NC_080387.1:71212876-71212883promoter 内 2431-2438 bp - 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 71211241-71211313(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G004992 Chr02 NC_080388.1:71776516-71776523promoter 内 2430-2437 bp + 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 71778087-71779277(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
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