转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 83 / 131 下载 TSV

上一页 83 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000354 Chr03 NC_080389.1:3971704-3971713promoter 内 2543-2552 bp + 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 3969357-3970255(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GATTGTCGGA
SmilChr03G000695 Chr03 NC_080389.1:7760568-7760577promoter 内 2514-2523 bp - 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 7757822-7759090(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATC
SmilChr01G003016 Chr01 NC_080387.1:49186673-49186682promoter 内 2379-2388 bp + 1613 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 49188295-49190988(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATC
SmilChr01G002358 Chr01 NC_080387.1:40755085-40755094promoter 内 1893-1902 bp + 2099 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 40757193-40758131(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATC
SmilChr02G002062 Chr02 NC_080388.1:37163065-37163074promoter 内 1396-1405 bp - 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 37149450-37160469(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATC
SmilChr01G003750 Chr01 NC_080387.1:55871606-55871615promoter 内 1035-1044 bp + 2957 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 55874572-55875555(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATC
SmilChr02G000443 Chr02 NC_080388.1:5771399-5771408promoter 内 1019-1028 bp - 2973 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 5766958-5768426(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATC
SmilChr02G004239 Chr02 NC_080388.1:64589221-64589230promoter 内 898-907 bp + 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 64586055-64586127(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GATTGTCGGA
SmilChr02G003535 Chr02 NC_080388.1:56494761-56494770promoter 内 850-859 bp + 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 56497912-56500423(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATC
SmilChr02G000162 Chr02 NC_080388.1:2107102-2107111promoter 内 663-672 bp + 3329 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 2110440-2110512(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATC
SmilChr02G003204 Chr02 NC_080388.1:53185974-53185983promoter 内 560-569 bp + 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 53180172-53182542(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GATTGTCGGA
SmilChr02G001679 Chr02 NC_080388.1:31023300-31023309promoter 内 214-223 bp - 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 31017863-31019522(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATC
SmilChr01G005840 Chr01 NC_080387.1:74414019-74414028promoter 内 65-74 bp - 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 74405949-74410092(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATC
SmilChr02G004980 Chr02 NC_080388.1:71690123-71690132promoter 内 3186-3195 bp + 806 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 71690938-71693684(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAA
SmilChr02G001787 Chr02 NC_080388.1:32644449-32644458promoter 内 2126-2135 bp - 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 32640338-32642583(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAA
SmilChr01G001686 Chr01 NC_080387.1:31092259-31092268promoter 内 1302-1311 bp + 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 31086192-31089569(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTC
SmilChr01G001830 Chr01 NC_080387.1:33242567-33242576promoter 内 433-442 bp - 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 33234791-33239008(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAA
SmilChr01G004089 Chr01 NC_080387.1:59292478-59292487promoter 内 3836-3845 bp + 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 59292643-59294781(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAA
SmilChr01G005824 Chr01 NC_080387.1:74239926-74239935promoter 内 3720-3729 bp + 272 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 74240207-74241430(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAA
SmilChr01G005063 Chr01 NC_080387.1:68535665-68535674promoter 内 3358-3367 bp + 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 68531427-68535031(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTC
SmilChr01G002040 Chr01 NC_080387.1:36070066-36070075promoter 内 2865-2874 bp + 1127 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 36071202-36076483(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAA
SmilChr03G000540 Chr03 NC_080389.1:5865786-5865795promoter 内 2019-2028 bp + 1973 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 5867768-5915015(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAA
SmilChr01G005280 Chr01 NC_080387.1:70198596-70198605promoter 内 1949-1958 bp + 2043 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 70200648-70203983(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAA
SmilChr02G002177 Chr02 NC_080388.1:39002212-39002221promoter 内 1874-1883 bp + 2118 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 38991661-39000094(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTC
SmilChr02G004216 Chr02 NC_080388.1:64397881-64397890promoter 内 1688-1697 bp + 2304 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 64391702-64395577(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTC
SmilChr01G005694 Chr01 NC_080387.1:73224600-73224609promoter 内 1346-1355 bp + 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 73216336-73221954(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTC
SmilChr01G001385 Chr01 NC_080387.1:27262099-27262108promoter 内 1169-1178 bp - 2823 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 27258469-27259276(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAA
SmilChr01G003953 Chr01 NC_080387.1:57917263-57917272promoter 内 3903-3912 bp + 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 57917361-57918624(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAA
SmilChr02G004176 Chr02 NC_080388.1:64045018-64045027promoter 内 3757-3766 bp - 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 64042824-64044783(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAA
SmilChr01G002493 Chr01 NC_080387.1:42680239-42680248promoter 内 3729-3738 bp + 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 42676562-42679976(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTC
SmilChr01G003975 Chr01 NC_080387.1:58184672-58184681promoter 内 3714-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 58181847-58184394(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAA
SmilChr02G001469 Chr02 NC_080388.1:27423115-27423124promoter 内 3596-3605 bp - 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 27420157-27422719(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAA
SmilChr01G004389 Chr01 NC_080387.1:62053892-62053901promoter 内 3553-3562 bp - 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 62054340-62056294(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTC
SmilChr01G003242 Chr01 NC_080387.1:51155096-51155105promoter 内 3457-3466 bp + 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 51148716-51154561(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTC
SmilChr01G002507 Chr01 NC_080387.1:42946142-42946151promoter 内 3366-3375 bp - 626 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 42941240-42945516(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GACGACAAAA
SmilChr02G000157 Chr02 NC_080388.1:2026880-2026889promoter 内 3307-3316 bp + 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 2025881-2026195(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TTTTGTCGTC
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