转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 84 / 161 下载 TSV

上一页 84 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001420 Chr07 NC_080393.1:11039343-11039356promoter 内 1225-1238 bp - 2763 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 11042119-11046190(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAATAT
SmilChr02G004171 Chr02 NC_080388.1:64014291-64014304promoter 内 1205-1218 bp - 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 64004190-64011508(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAATTTGACTTTTG
SmilChr03G002965 Chr03 NC_080389.1:46395422-46395435promoter 内 1188-1201 bp + 2800 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 46398235-46400041(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAGTTGACTTATG
SmilChr01G002684 Chr01 NC_080387.1:45059699-45059712promoter 内 1176-1189 bp - 2812 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 45045665-45056887(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGTTTGACTTTTC
SmilChr07G001396 Chr07 NC_080393.1:10855418-10855431promoter 内 1161-1174 bp - 2827 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10842345-10852591(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTCGTTGACATTGG
SmilChr05G001126 Chr05 NC_080391.1:9402191-9402204promoter 内 1074-1087 bp + 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 9405118-9406485(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGATTTGACTTTTA
SmilChr01G004738 Chr01 NC_080387.1:65570251-65570264promoter 内 994-1007 bp + 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 65563100-65567257(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATAAGTCAACTTA
SmilChr03G004229 Chr03 NC_080389.1:60826934-60826947promoter 内 958-971 bp - 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 60829977-60832185(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAATAT
SmilChr02G004154 Chr02 NC_080388.1:63846387-63846400promoter 内 938-951 bp + 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 63849450-63852102(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCGTTGACCATTT
SmilChr07G004718 Chr07 NC_080393.1:60045444-60045457promoter 内 922-935 bp + 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 60048523-60066191(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCGTTGACTCCTT
SmilChr05G003174 Chr05 NC_080391.1:40592015-40592028promoter 内 894-907 bp - 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 40595122-40597529(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAATTT
SmilChr07G000857 Chr07 NC_080393.1:6100635-6100648promoter 内 894-907 bp + 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 6103742-6108402(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TACGTTGACTTGTA
SmilChr04G003571 Chr04 NC_080390.1:52142340-52142353promoter 内 889-902 bp - 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 52130561-52139241(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGGGTTGACTCTTT
SmilChr07G000871 Chr07 NC_080393.1:6239370-6239383promoter 内 801-814 bp + 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 6242570-6243870(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGTTTGACTTTTG
SmilChr02G005298 Chr02 NC_080388.1:73950835-73950848promoter 内 769-782 bp - 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 73945387-73947616(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAGTTGACTATTT
SmilChr03G001689 Chr03 NC_080389.1:22359647-22359660promoter 内 751-764 bp + 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 22362897-22363003(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTCTTTGACTTCTC
SmilChr03G001355 Chr03 NC_080389.1:15922645-15922658promoter 内 708-721 bp - 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 15917647-15919365(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTCGTTGACTACTT
SmilChr03G003488 Chr03 NC_080389.1:53446127-53446140promoter 内 707-720 bp - 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53449421-53456826(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATAA
SmilChr01G001465 Chr01 NC_080387.1:28455489-28455502promoter 内 702-715 bp + 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 28450022-28452203(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATAA
SmilChr04G003744 Chr04 NC_080390.1:53743347-53743360promoter 内 702-715 bp + 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53734711-53740061(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAATCA
SmilChr08G000254 Chr08 NC_080394.1:1773994-1774007promoter 内 660-673 bp - 3328 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 1765160-1770666(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATTTGACTTTTC
SmilChr01G005454 Chr01 NC_080387.1:71583133-71583146promoter 内 650-663 bp + 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 71586484-71588692(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTGTTGACTTTAA
SmilChr01G000638 Chr01 NC_080387.1:14357684-14357697promoter 内 621-634 bp + 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 14361064-14363497(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTATTTGACTTTTT
SmilChr04G001746 Chr04 NC_080390.1:28740393-28740406promoter 内 617-630 bp - 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 28743777-28751452(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAATGTCAACGCG
SmilChr03G003651 Chr03 NC_080389.1:55276660-55276673promoter 内 599-612 bp - 3389 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 55271835-55273271(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTGTTGACTTTAA
SmilChr01G001983 Chr01 NC_080387.1:35214814-35214827promoter 内 594-607 bp - 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 35218221-35220823(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAATTT
SmilChr03G003589 Chr03 NC_080389.1:54557940-54557953promoter 内 488-501 bp - 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54552627-54554440(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGTTTGACTTTTC
SmilChr03G001475 Chr03 NC_080389.1:17719530-17719543promoter 内 479-492 bp + 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 17712300-17716021(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGGAAGTCAACCTC
SmilChr02G002179 Chr02 NC_080388.1:39017802-39017815promoter 内 463-476 bp + 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 39013190-39014277(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAACTC
SmilChr03G002009 Chr03 NC_080389.1:30005125-30005138promoter 内 427-440 bp + 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 30008699-30008805(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTCTTTGACTTCTC
SmilChr07G002549 Chr07 NC_080393.1:24191238-24191251promoter 内 421-434 bp + 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 24194818-24195971(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATTTGACTTTTC
SmilChr06G000044 Chr06 NC_080392.1:359765-359778promoter 内 409-422 bp + 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 363357-364842(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCTTTGACTTCTG
SmilChr02G001642 Chr02 NC_080388.1:30498237-30498250promoter 内 383-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 30501855-30503404(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGTTTGACTTTTC
SmilChr03G003331 Chr03 NC_080389.1:51592851-51592864promoter 内 324-337 bp - 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 51586072-51589187(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTATTTGACTTTTT
SmilChr01G003744 Chr01 NC_080387.1:55770327-55770340promoter 内 314-327 bp + 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 55759079-55766653(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCAAGTCAACGCA
SmilChr06G000073 Chr06 NC_080392.1:554730-554743promoter 内 300-313 bp - 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 558431-560792(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAAAGTCAACATC
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SmilChr04G003072 Chr04 NC_080390.1:47275464-47275477promoter 内 181-194 bp + 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 47267863-47271657(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAACAA
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SmilChr02G003884 Chr02 NC_080388.1:60916671-60916684promoter 内 1285-1298 bp - 2703 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 60908928-60913968(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCATTGACTTTTT
SmilChr07G000196 Chr07 NC_080393.1:1235911-1235924promoter 内 1144-1157 bp - 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 1230491-1233067(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTCGTTGACCTCGT
SmilChr07G003004 Chr07 NC_080393.1:30845426-30845439promoter 内 611-624 bp + 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 30848816-30849862(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGTGTTGACTTCGG