转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 85 / 164 下载 TSV

上一页 85 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001436 Chr02 NC_080388.1:27049277-27049291promoter 内 2766-2780 bp - 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 27050512-27052404(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTTTAC
SmilChr07G004709 Chr07 NC_080393.1:59951232-59951246promoter 内 2698-2712 bp - 1289 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 59952535-59954965(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACTACCTACCTCACT
SmilChr07G001333 Chr07 NC_080393.1:10302077-10302091promoter 内 2686-2700 bp - 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 10296852-10300776(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGGGGGTAGGTGTT
SmilChr01G002676 Chr01 NC_080387.1:44970715-44970729promoter 内 2662-2676 bp - 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 44962530-44969390(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTAAT
SmilChr07G004580 Chr07 NC_080393.1:58591441-58591455promoter 内 2636-2650 bp - 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 58577592-58590090(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGTTGGTTGTTGAG
SmilChr06G003149 Chr06 NC_080392.1:44511263-44511277promoter 内 2581-2595 bp - 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 44505574-44509857(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAAAAGTAGGTGGA
SmilChr08G001941 Chr08 NC_080394.1:17045831-17045845promoter 内 2548-2562 bp - 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 17043379-17044392(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGTTAGTAGGTGTA
SmilChr08G001935 Chr08 NC_080394.1:16986610-16986624promoter 内 2522-2536 bp + 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 16988089-16989165(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGGCGGTAGGTGCA
SmilChr02G004623 Chr02 NC_080388.1:68741147-68741161promoter 内 2416-2430 bp + 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 68739106-68739576(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTTTAC
SmilChr03G000287 Chr03 NC_080389.1:3261996-3262010promoter 内 2406-2420 bp - 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 3263591-3264484(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCACCTACCGCCAC
SmilChr06G000021 Chr06 NC_080392.1:259384-259398promoter 内 2276-2290 bp + 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 261109-262558(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTTTGGTAGGTACA
SmilChr07G002046 Chr07 NC_080393.1:18577777-18577791promoter 内 2275-2289 bp + 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 18573459-18576065(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCAACTACCAATCA
SmilChr04G000700 Chr04 NC_080390.1:8156033-8156047promoter 内 2258-2272 bp - 1729 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 8157776-8159224(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCAACCTACCAATCT
SmilChr03G002556 Chr03 NC_080389.1:40736666-40736680promoter 内 2167-2181 bp - 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 40738500-40741310(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTTTAC
SmilChr04G004059 Chr04 NC_080390.1:55742599-55742613promoter 内 2132-2146 bp - 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 55737166-55740744(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACGATGGTAGGTATA
SmilChr05G002242 Chr05 NC_080391.1:24081907-24081921promoter 内 2108-2122 bp + 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 24071315-24080028(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACTTCTT
SmilChr06G001366 Chr06 NC_080392.1:14269922-14269936promoter 内 2053-2067 bp - 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 14263395-14267988(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTAAAAGTAGGTGGA
SmilChr07G004696 Chr07 NC_080393.1:59889853-59889867promoter 内 1995-2009 bp + 1992 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 59884053-59887861(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAACCTACCAAAAG
SmilChr08G002713 Chr08 NC_080394.1:26727781-26727795promoter 内 1938-1952 bp - 2049 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 26720750-26725732(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTAAAAGTAGGTGGA
SmilChr08G001538 Chr08 NC_080394.1:12520771-12520785promoter 内 1937-1951 bp - 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 12522835-12522905(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGCACCTACTTTCAC
SmilChr07G000941 Chr07 NC_080393.1:6722432-6722446promoter 内 1893-1907 bp + 2094 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6724540-6727605(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACATTAGTAGGTGAA
SmilChr01G005010 Chr01 NC_080387.1:68120438-68120452promoter 内 1744-1758 bp + 2243 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 68122695-68125175(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATGAAGTAGGTGAA
SmilChr04G001824 Chr04 NC_080390.1:29749312-29749326promoter 内 1717-1731 bp - 2270 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 29751596-29755212(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACTAACCC
SmilChr03G003953 Chr03 NC_080389.1:58586636-58586650promoter 内 1572-1586 bp + 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 58589065-58591030(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTTGGTTGGTTAA
SmilChr02G004954 Chr02 NC_080388.1:71496262-71496276promoter 内 1485-1499 bp - 2502 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 71491638-71493760(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGGCGGTAGGTGCA
SmilChr03G003935 Chr03 NC_080389.1:58409707-58409721promoter 内 1469-1483 bp - 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 58412239-58412667(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCACCTACCGCCAC
SmilChr02G003046 Chr02 NC_080388.1:51248145-51248159promoter 内 1426-1440 bp + 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 51250720-51252868(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATGGGTTAGGTGAG
SmilChr02G004834 Chr02 NC_080388.1:70456805-70456819promoter 内 1380-1394 bp + 2607 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 70459426-70471260(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAAAGGTAGGTGAC
SmilChr01G000207 Chr01 NC_080387.1:3618066-3618080promoter 内 1344-1358 bp - 2643 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 3611556-3615423(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTGTGGTAGGTTGC
SmilChr04G003508 Chr04 NC_080390.1:51455622-51455636promoter 内 1310-1324 bp - 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 51452872-51452945(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGATTGGTAGTTGTG
SmilChr08G000911 Chr08 NC_080394.1:6725821-6725835promoter 内 1270-1284 bp - 2717 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6728552-6730956(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTTTAC
SmilChr08G002220 Chr08 NC_080394.1:20204330-20204344promoter 内 1259-1273 bp - 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 20207072-20210178(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACTAACCC
SmilChr04G003507 Chr04 NC_080390.1:51455622-51455636promoter 内 1157-1171 bp - 2830 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 51452705-51452792(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGATTGGTAGTTGTG
SmilChr02G004316 Chr02 NC_080388.1:65496784-65496798promoter 内 1153-1167 bp - 2834 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 65484708-65493950(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTTTGGTAGGTAGT
SmilChr03G000934 Chr03 NC_080389.1:10651667-10651681promoter 内 1117-1131 bp + 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 10647369-10648797(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCACCTACCCTTAA
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