转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003441; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014538-RA_Salv SmilChr07G003441 NAC XP_057773618.1 MP00108 TTAAGTAAT

可能结合的靶基因

9810 个结合位点 6458 个候选靶基因 第 86 / 130 下载 TSV

上一页 86 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003637 Chr01 NC_080387.1:54867527-54867535promoter 内 3612-3620 bp + 381 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54867916-54871913(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr02G000094 Chr02 NC_080388.1:1234644-1234652promoter 内 3612-3620 bp - 381 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1230404-1234263(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr01G000150 Chr01 NC_080387.1:2562166-2562174promoter 内 3611-3619 bp + 382 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2559918-2561784(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr02G000028 Chr02 NC_080388.1:300962-300970promoter 内 3610-3618 bp + 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 297956-300579(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr01G000846 Chr01 NC_080387.1:18314208-18314216promoter 内 3603-3611 bp + 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 18312378-18313818(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr01G003497 Chr01 NC_080387.1:53573402-53573410promoter 内 3602-3610 bp + 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53570372-53573011(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr01G003498 Chr01 NC_080387.1:53583599-53583607promoter 内 3602-3610 bp + 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53580587-53583208(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr02G004954 Chr02 NC_080388.1:71494152-71494160promoter 内 3601-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71491638-71493760(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr01G003661 Chr01 NC_080387.1:55033047-55033055promoter 内 3600-3608 bp + 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 55031026-55032654(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr02G004705 Chr02 NC_080388.1:69347652-69347660promoter 内 3599-3607 bp + 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69348054-69351122(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr01G005186 Chr01 NC_080387.1:69570314-69570322promoter 内 3598-3606 bp + 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69570717-69574197(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTACT
SmilChr02G003736 Chr02 NC_080388.1:59005582-59005590promoter 内 3597-3605 bp + 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 59005986-59006474(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr02G001874 Chr02 NC_080388.1:34041868-34041876promoter 内 3595-3603 bp + 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34040423-34041470(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 AGTACTTAA
SmilChr03G000354 Chr03 NC_080389.1:3970653-3970661promoter 内 3595-3603 bp + 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3969357-3970255(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr02G005027 Chr02 NC_080388.1:72013112-72013120promoter 内 3594-3602 bp - 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72013519-72015456(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTCA
SmilChr02G001632 Chr02 NC_080388.1:30277118-30277126promoter 内 3592-3600 bp - 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30272237-30276717(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr02G001359 Chr02 NC_080388.1:25416816-25416824promoter 内 3591-3599 bp + 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 25413893-25416414(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr02G001613 Chr02 NC_080388.1:30015521-30015529promoter 内 3586-3594 bp - 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30015936-30017916(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTCA
SmilChr01G005207 Chr01 NC_080387.1:69724934-69724942promoter 内 3584-3592 bp + 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69723859-69724525(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ACTACTTAA
SmilChr01G001147 Chr01 NC_080387.1:23453082-23453090promoter 内 3583-3591 bp + 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23437008-23452672(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr02G000740 Chr02 NC_080388.1:11991526-11991534promoter 内 3579-3587 bp - 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 11991948-11992729(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 AGTACTTAA
SmilChr01G002128 Chr01 NC_080387.1:37283088-37283096promoter 内 3576-3584 bp + 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37283513-37294618(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr02G000361 Chr02 NC_080388.1:4651767-4651775promoter 内 3573-3581 bp + 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4647722-4651347(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr01G002237 Chr01 NC_080387.1:38916604-38916612promoter 内 3572-3580 bp - 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38917033-38919220(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr01G000978 Chr01 NC_080387.1:20680997-20681005promoter 内 3570-3578 bp - 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 20678587-20680574(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr01G005106 Chr01 NC_080387.1:68852424-68852432promoter 内 3568-3576 bp - 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68852857-68853840(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr02G005436 Chr02 NC_080388.1:74769336-74769344promoter 内 3568-3576 bp + 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74769769-74777238(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr01G003356 Chr01 NC_080387.1:52303408-52303416promoter 内 3567-3575 bp + 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52303842-52304849(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr01G004120 Chr01 NC_080387.1:59723643-59723651promoter 内 3567-3575 bp + 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 59723147-59723217(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr02G004652 Chr02 NC_080388.1:68955860-68955868promoter 内 3564-3572 bp + 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68954898-68955431(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr03G000265 Chr03 NC_080389.1:3068975-3068983promoter 内 3564-3572 bp - 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3065973-3068546(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAGT
SmilChr02G005299 Chr02 NC_080388.1:73949897-73949905promoter 内 3563-3571 bp - 430 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73948425-73949467(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr02G001978 Chr02 NC_080388.1:35736119-35736127promoter 内 3561-3569 bp - 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35732406-35735687(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr01G001540 Chr01 NC_080387.1:29421368-29421376promoter 内 3560-3568 bp + 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29421809-29421880(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr01G003430 Chr01 NC_080387.1:52948248-52948256promoter 内 3559-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52944400-52947814(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr01G001571 Chr01 NC_080387.1:29748260-29748268promoter 内 3557-3565 bp + 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29748704-29748775(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
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