转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 87 / 148 下载 TSV

上一页 87 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003203 Chr05 NC_080391.1:40963558-40963571promoter 内 3447-3460 bp - 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40954837-40963017(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGATGTACACGTGG
SmilChr04G001231 Chr04 NC_080390.1:19346471-19346484promoter 内 3393-3406 bp + 595 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 19347079-19348048(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGACTGTCACGTGT
SmilChr07G004619 Chr07 NC_080393.1:59001823-59001836promoter 内 3369-3382 bp + 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 59002455-59004396(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAACTCTCACGTGG
SmilChr06G002949 Chr06 NC_080392.1:42301236-42301249promoter 内 3342-3355 bp + 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 42301895-42304012(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGACTGTCACGTGT
SmilChr05G003760 Chr05 NC_080391.1:50829531-50829544promoter 内 3293-3306 bp - 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 50827640-50828836(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGACTGTCACGTGT
SmilChr01G003947 Chr01 NC_080387.1:57825488-57825501promoter 内 3291-3304 bp + 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 57826198-57829765(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGACTGTCACGTGT
SmilChr03G000131 Chr03 NC_080389.1:1446629-1446642promoter 内 3287-3300 bp + 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1447343-1448228(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGACTGTCACGTGT
SmilChr07G001693 Chr07 NC_080393.1:14348350-14348363promoter 内 3257-3270 bp - 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 14341738-14347619(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAATCGTCACGTGC
SmilChr06G000568 Chr06 NC_080392.1:4836721-4836734promoter 内 3239-3252 bp - 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4837483-4840990(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAAGTTTA
SmilChr03G001399 Chr03 NC_080389.1:16607119-16607132promoter 内 3230-3243 bp - 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16604416-16606361(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGTGATTCACGTGT
SmilChr03G002914 Chr03 NC_080389.1:45901028-45901041promoter 内 3228-3241 bp - 760 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 45898867-45900268(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGATTGTCACGTGA
SmilChr03G004605 Chr03 NC_080389.1:63813041-63813054promoter 内 3205-3218 bp - 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 63811265-63812258(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTACGGTCACGTGA
SmilChr02G004531 Chr02 NC_080388.1:67885992-67886005promoter 内 3202-3215 bp + 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 67880377-67885206(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGTTTTCT
SmilChr02G002215 Chr02 NC_080388.1:39384521-39384534promoter 内 3194-3207 bp + 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 39381185-39383727(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACTTAAT
SmilChr02G003899 Chr02 NC_080388.1:61076136-61076149promoter 内 3171-3184 bp - 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 61076966-61079679(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACAGTCG
SmilChr02G004200 Chr02 NC_080388.1:64311351-64311364promoter 内 3061-3074 bp - 927 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 64310317-64310424(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGGCTTTCACGTGG
SmilChr01G001447 Chr01 NC_080387.1:28177703-28177716promoter 内 3033-3046 bp - 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28172135-28176748(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGTGTTTCACGTGT
SmilChr05G003459 Chr05 NC_080391.1:46007374-46007387promoter 内 3031-3044 bp + 957 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 46006346-46006417(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAGATATT
SmilChr02G000010 Chr02 NC_080388.1:86779-86792promoter 内 2981-2994 bp - 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 84040-85772(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGTCTGTCACGTGT
SmilChr01G000292 Chr01 NC_080387.1:5709727-5709740promoter 内 2973-2986 bp + 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 5706918-5708712(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGGCGGAG
SmilChr02G001048 Chr02 NC_080388.1:18540062-18540075promoter 内 2973-2986 bp - 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 18541090-18542998(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGGCGGAG
SmilChr06G003181 Chr06 NC_080392.1:44733111-44733124promoter 内 2935-2948 bp + 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 44734177-44735323(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAGCTCCCACGTGG
SmilChr03G004608 Chr03 NC_080389.1:63826133-63826146promoter 内 2889-2902 bp - 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 63824041-63825034(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTACGGTCACGTGA
SmilChr06G000403 Chr06 NC_080392.1:3258811-3258824promoter 内 2822-2835 bp - 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3255736-3257645(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATAATCTCACGTGC
SmilChr02G000483 Chr02 NC_080388.1:6599304-6599317promoter 内 2817-2830 bp + 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6600488-6602111(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGTCTGTCACGTGT
SmilChr01G001237 Chr01 NC_080387.1:24792039-24792052promoter 内 2773-2786 bp - 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 24788419-24790824(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTTAATACACGTGG
SmilChr07G001082 Chr07 NC_080393.1:7927400-7927413promoter 内 2752-2765 bp - 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 7928649-7930748(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAAACGCA
SmilChr08G001420 Chr08 NC_080394.1:11363311-11363324promoter 内 2696-2709 bp - 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 11364616-11365890(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCGATTAA
SmilChr02G000706 Chr02 NC_080388.1:11353979-11353992promoter 内 2602-2615 bp - 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 11351622-11352593(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGACTGTCACGTGT
SmilChr04G001132 Chr04 NC_080390.1:16634576-16634589promoter 内 2598-2611 bp + 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16635979-16638887(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAGGATCACGTGA
SmilChr05G003977 Chr05 NC_080391.1:53569272-53569285promoter 内 2520-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 53562725-53567804(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATATGCA
SmilChr01G003936 Chr01 NC_080387.1:57665965-57665978promoter 内 2518-2531 bp + 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 57663503-57664495(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCAATTA
SmilChr06G000280 Chr06 NC_080392.1:1932224-1932237promoter 内 2477-2490 bp + 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1929024-1930713(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGAACGTT
SmilChr06G000787 Chr06 NC_080392.1:7390574-7390587promoter 内 2441-2454 bp + 1547 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 7392134-7394823(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTACTACACGTGG
SmilChr05G002218 Chr05 NC_080391.1:23711216-23711229promoter 内 2412-2425 bp + 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 23712805-23713233(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GACAATTCACGTGC
SmilChr04G000814 Chr04 NC_080390.1:10207756-10207769promoter 内 2399-2412 bp - 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 10205237-10206167(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGACTGTCACGTGT
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