转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 87 / 133 下载 TSV

上一页 87 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000375 Chr01 NC_080387.1:7761165-7761174promoter 内 2728-2737 bp + 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 4 7758780-7759901(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTG
SmilChr01G002157 Chr01 NC_080387.1:37581357-37581366promoter 内 2154-2163 bp + 1838 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 4 37583204-37586022(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAAGT
SmilChr01G001603 Chr01 NC_080387.1:30195470-30195479promoter 内 3222-3231 bp + 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 30196249-30197151(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAAGT
SmilChr01G001602 Chr01 NC_080387.1:30191901-30191910promoter 内 2943-2952 bp + 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 30188781-30190852(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTG
SmilChr02G003417 Chr02 NC_080388.1:55401724-55401733promoter 内 2928-2937 bp - 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 55402797-55406595(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCATTATCTG
SmilChr01G004387 Chr01 NC_080387.1:62042891-62042900promoter 内 2777-2786 bp - 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 62044115-62047497(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTA
SmilChr02G004292 Chr02 NC_080388.1:65272986-65272995promoter 内 1837-1846 bp - 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 65269765-65270831(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAAGT
SmilChr01G001237 Chr01 NC_080387.1:24793042-24793051promoter 内 1774-1783 bp + 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 24788419-24790824(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTG
SmilChr01G001628 Chr01 NC_080387.1:30348962-30348971promoter 内 1774-1783 bp + 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 30341174-30346744(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACTTTATCTG
SmilChr01G001847 Chr01 NC_080387.1:33413341-33413350promoter 内 891-900 bp - 3101 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 33416451-33417809(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACTTTATCTG
SmilChr02G004424 Chr02 NC_080388.1:66576980-66576989promoter 内 825-834 bp - 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 66570968-66573813(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGTT
SmilChr02G005568 Chr02 NC_080388.1:75579930-75579939promoter 内 711-720 bp - 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 75583220-75584946(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACTTTATCTG
SmilChr02G001518 Chr02 NC_080388.1:28290603-28290612promoter 内 105-114 bp + 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 28294499-28302957(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGCT
SmilChr02G004437 Chr02 NC_080388.1:66749171-66749180promoter 内 26-35 bp + 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 66753146-66754326(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAT
SmilChr01G001599 Chr01 NC_080387.1:30155090-30155099promoter 内 3953-3962 bp - 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 30154242-30155051(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAT
SmilChr02G000696 Chr02 NC_080388.1:11092792-11092801promoter 内 3882-3891 bp + 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 11091561-11092682(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTG
SmilChr01G002854 Chr01 NC_080387.1:47128639-47128648promoter 内 3839-3848 bp - 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 47126960-47128486(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGTT
SmilChr01G002334 Chr01 NC_080387.1:40500123-40500132promoter 内 3838-3847 bp - 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 40495964-40499969(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAAGT
SmilChr02G004874 Chr02 NC_080388.1:70821508-70821517promoter 内 3742-3751 bp - 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 70817659-70821258(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGTT
SmilChr01G003786 Chr01 NC_080387.1:56258019-56258028promoter 内 3692-3701 bp - 300 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 56258328-56262030(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTG
SmilChr02G003181 Chr02 NC_080388.1:52968410-52968419promoter 内 3669-3678 bp + 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 52968742-52974121(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAT
SmilChr02G003575 Chr02 NC_080388.1:56931964-56931973promoter 内 3641-3650 bp - 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 56932324-56935570(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTA
SmilChr02G000697 Chr02 NC_080388.1:11092792-11092801promoter 内 3625-3634 bp + 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 11093168-11094617(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAT
SmilChr01G005366 Chr01 NC_080387.1:70881915-70881924promoter 内 3589-3598 bp - 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 70882327-70885245(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTG
SmilChr01G000326 Chr01 NC_080387.1:6564922-6564931promoter 内 3567-3576 bp - 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 6559594-6564497(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGCT
SmilChr02G002257 Chr02 NC_080388.1:40005625-40005634promoter 内 3567-3576 bp - 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 40006059-40006637(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACTTTATCTG
SmilChr02G000404 Chr02 NC_080388.1:5007457-5007466promoter 内 3558-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 5007900-5010738(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAAGT
SmilChr02G002232 Chr02 NC_080388.1:39668351-39668360promoter 内 3489-3498 bp - 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 39665191-39667848(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAAGT
SmilChr01G004603 Chr01 NC_080387.1:64019237-64019246promoter 内 3472-3481 bp + 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 64016144-64018717(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCATTATCTG
SmilChr01G001077 Chr01 NC_080387.1:22195287-22195296promoter 内 3449-3458 bp + 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 22195839-22202144(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAAGT
SmilChr01G000473 Chr01 NC_080387.1:9655252-9655261promoter 内 3382-3391 bp + 610 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 9650730-9654642(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTG
SmilChr02G005115 Chr02 NC_080388.1:72670638-72670647promoter 内 3247-3256 bp + 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 72666026-72669893(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTA
SmilChr02G003808 Chr02 NC_080388.1:59714568-59714577promoter 内 3147-3156 bp - 845 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 59712965-59713723(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAT
SmilChr01G004814 Chr01 NC_080387.1:66337838-66337847promoter 内 3141-3150 bp - 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 66334051-66336987(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGCT
SmilChr02G004386 Chr02 NC_080388.1:66201398-66201407promoter 内 3085-3094 bp + 907 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 66202314-66205202(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAT
SmilChr02G005523 Chr02 NC_080388.1:75314220-75314229promoter 内 3050-3059 bp - 942 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 75309256-75313278(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGTT
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SmilChr02G000421 Chr02 NC_080388.1:5400565-5400574promoter 内 2993-3002 bp + 999 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 5395162-5399566(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AGCTTATCTA
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SmilChr01G001441 Chr01 NC_080387.1:28086837-28086846promoter 内 2645-2654 bp + 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 28075259-28085490(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTG
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SmilChr02G004637 Chr02 NC_080388.1:68832494-68832503promoter 内 2550-2559 bp + 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 68830047-68831052(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCATTATCTG
SmilChr01G004956 Chr01 NC_080387.1:67641905-67641914promoter 内 2537-2546 bp - 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 67643369-67647185(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACTTTATCTG
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SmilChr02G002022 Chr02 NC_080388.1:36448540-36448549promoter 内 2325-2334 bp + 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 36450216-36450997(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAT