转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 87 / 161 下载 TSV

上一页 87 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004298 Chr02 NC_080388.1:65350428-65350442promoter 内 1552-1566 bp + 2435 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 65344753-65347993(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTTTGCCGACGTGT
SmilChr03G003240 Chr03 NC_080389.1:50308497-50308511promoter 内 1532-1546 bp + 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 50305301-50306042(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCAACGCCGACATCT
SmilChr01G003236 Chr01 NC_080387.1:51113936-51113950promoter 内 1420-1434 bp + 2567 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 51116517-51117513(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATGTGTCGGCCGGTC
SmilChr07G003854 Chr07 NC_080393.1:47835487-47835501promoter 内 1413-1427 bp + 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 47831413-47832913(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTTGGCCGACAACA
SmilChr04G003721 Chr04 NC_080390.1:53564882-53564896promoter 内 1282-1296 bp + 2705 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 53552965-53562177(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCAACGCCGACATCT
SmilChr02G005299 Chr02 NC_080388.1:73952273-73952287promoter 内 1181-1195 bp - 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 73948425-73949467(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGATGTCGGCGATTT
SmilChr04G002447 Chr04 NC_080390.1:39190261-39190275promoter 内 1115-1129 bp + 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 39180055-39187389(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GGGATGCCGACAGTC
SmilChr02G004011 Chr02 NC_080388.1:62433401-62433415promoter 内 1088-1102 bp + 2899 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 62428456-62430502(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATGACGCCGACATAA
SmilChr08G004842 Chr08 NC_080394.1:57691512-57691526promoter 内 989-1003 bp - 2998 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 57685720-57688514(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTTGTCGGCCATAG
SmilChr08G003594 Chr08 NC_080394.1:38839285-38839299promoter 内 975-989 bp - 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 38834893-38836273(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCACGTCGGCAGTGA
SmilChr03G000462 Chr03 NC_080389.1:4941930-4941944promoter 内 940-954 bp - 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4944991-4950450(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACAATGCCGACAGCT
SmilChr05G002627 Chr05 NC_080391.1:29615115-29615129promoter 内 932-946 bp + 3055 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 29609427-29612060(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTCGTGCCGACAGAT
SmilChr04G000513 Chr04 NC_080390.1:5638474-5638488promoter 内 907-921 bp - 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 5634144-5635394(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CATTGTCGGTAGGAT
SmilChr08G004844 Chr08 NC_080394.1:57691512-57691526promoter 内 812-826 bp - 3175 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 57694701-57695144(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTATGGCCGACAAAC
SmilChr08G004881 Chr08 NC_080394.1:57903013-57903027promoter 内 798-812 bp - 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 57906216-57906659(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTATGGCCGACAAAC
SmilChr07G004308 Chr07 NC_080393.1:55667629-55667643promoter 内 727-741 bp + 3260 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 55660369-55664369(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATTTTGCCGACGTAG
SmilChr06G001194 Chr06 NC_080392.1:12214517-12214531promoter 内 714-728 bp + 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 12204219-12211244(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTTGGCCGACAACC
SmilChr06G002062 Chr06 NC_080392.1:27114740-27114754promoter 内 694-708 bp + 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 27118047-27121274(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACTCGTCGGCAGGCC
SmilChr07G000205 Chr07 NC_080393.1:1296821-1296835promoter 内 663-677 bp - 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1290993-1293497(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCCGTCGGCATTGG
SmilChr01G003324 Chr01 NC_080387.1:51929797-51929811promoter 内 590-604 bp - 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 51933208-51936060(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGTGTGCCGACGATC
SmilChr07G001073 Chr07 NC_080393.1:7895076-7895090promoter 内 410-424 bp - 3577 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 7898667-7902573(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCTAAGCCGACACCA
SmilChr08G000962 Chr08 NC_080394.1:7166389-7166403promoter 内 296-310 bp - 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 7160153-7162698(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTCGTCGGCAAATC
SmilChr03G004569 Chr03 NC_080389.1:63607602-63607616promoter 内 265-279 bp - 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 63602340-63603880(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TACCGTCGGCAAATA
SmilChr03G003928 Chr03 NC_080389.1:58370054-58370068promoter 内 227-241 bp - 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 58365116-58366294(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTTTGTCGGTTGAGG
SmilChr08G001329 Chr08 NC_080394.1:10627086-10627100promoter 内 211-225 bp + 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 10619952-10623310(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTGAGCCGACAACG
SmilChr04G000315 Chr04 NC_080390.1:2889953-2889967promoter 内 141-155 bp - 3846 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 2893813-2896935(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGATGGCCGACACCG
SmilChr05G001751 Chr05 NC_080391.1:17062647-17062661promoter 内 50-64 bp - 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 17056666-17058710(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGACGTCGGCACCTG
SmilChr07G000057 Chr07 NC_080393.1:258115-258129promoter 内 45-59 bp - 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 246152-254173(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACATGTCGGCGAATC
SmilChr07G004129 Chr07 NC_080393.1:53006635-53006649promoter 内 34-48 bp - 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 53010602-53013262(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAACAGCCGACAAGG
SmilChr07G000266 Chr07 NC_080393.1:1716425-1716439promoter 内 4-18 bp + 3983 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1720422-1724001(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CCCCGTCGGCATTGG
SmilChr02G000958 Chr02 NC_080388.1:16670718-16670732promoter 内 3084-3098 bp - 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 16671635-16675520(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCACCACCGACAAGC
SmilChr02G001114 Chr02 NC_080388.1:20110428-20110442promoter 内 2407-2421 bp - 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 20105086-20108848(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CATTGTCGGCTGTCA
SmilChr03G004491 Chr03 NC_080389.1:63030468-63030482promoter 内 3842-3856 bp + 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 63027925-63030323(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTGGTGCCGACATCT
SmilChr04G000448 Chr04 NC_080390.1:4758966-4758980promoter 内 3839-3853 bp + 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 4759128-4759199(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CATTGTCGGCCAATA
SmilChr08G002637 Chr08 NC_080394.1:25818164-25818178promoter 内 3728-3742 bp - 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 25814539-25817905(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTTCGTCGGCATGGA
SmilChr07G004557 Chr07 NC_080393.1:58304460-58304474promoter 内 3448-3462 bp + 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 58300178-58303921(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCATAGCCGACAACC
SmilChr08G001106 Chr08 NC_080394.1:8588286-8588300promoter 内 3351-3365 bp + 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 8584611-8587650(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACTTTACCGACAAAT
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