转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 88 / 134 下载 TSV

上一页 88 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002420 Chr03 NC_080389.1:38432303-38432317promoter 内 2592-2606 bp - 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 38433712-38434956(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATTATTACTTTA
SmilChr02G000954 Chr02 NC_080388.1:16571757-16571771promoter 内 2582-2596 bp + 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 16569435-16570352(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCAGTCAA
SmilChr02G000982 Chr02 NC_080388.1:17270277-17270291promoter 内 2476-2490 bp + 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 17271802-17274084(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATAAT
SmilChr02G005233 Chr02 NC_080388.1:73535471-73535485promoter 内 2475-2489 bp - 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 73532384-73533959(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAAAAAATGATTAC
SmilChr02G004549 Chr02 NC_080388.1:68035191-68035205promoter 内 2446-2460 bp - 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 68031027-68033650(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGAGTAATGATAAA
SmilChr01G004205 Chr01 NC_080387.1:60502906-60502920promoter 内 2363-2377 bp + 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 60497417-60501282(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATCATAAGT
SmilChr02G003949 Chr02 NC_080388.1:61652440-61652454promoter 内 2344-2358 bp + 1643 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 61650183-61650797(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAATCATTACCTTG
SmilChr03G000697 Chr03 NC_080389.1:7778076-7778090promoter 内 2326-2340 bp - 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7772687-7776415(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGTTATGATGATTAA
SmilChr02G002235 Chr02 NC_080388.1:39688245-39688259promoter 内 2281-2295 bp - 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 39689965-39695260(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATTATT
SmilChr02G002994 Chr02 NC_080388.1:50623367-50623381promoter 内 2242-2256 bp - 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 50620515-50621622(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATGGAAATGATTAA
SmilChr01G003171 Chr01 NC_080387.1:50515358-50515372promoter 内 2184-2198 bp + 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 50517175-50521717(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATAAT
SmilChr01G000636 Chr01 NC_080387.1:14295315-14295329promoter 内 2180-2194 bp - 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 14292807-14293508(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATGGAAATGATTAA
SmilChr01G000345 Chr01 NC_080387.1:7040406-7040420promoter 内 2165-2179 bp - 1822 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7035909-7038584(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TACTTTAATGATTAC
SmilChr03G002564 Chr03 NC_080389.1:40834965-40834979promoter 内 2150-2164 bp - 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 40836816-40839710(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTAGTTAA
SmilChr01G000108 Chr01 NC_080387.1:1850782-1850796promoter 内 2118-2132 bp + 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 1852665-1854729(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATATAATGATAAT
SmilChr03G000338 Chr03 NC_080389.1:3844163-3844177promoter 内 2079-2093 bp - 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 3839141-3842255(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATAAAATGATTAT
SmilChr01G002764 Chr01 NC_080387.1:46043463-46043477promoter 内 2042-2056 bp - 1945 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 46036591-46041518(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGAGTAATGATAAA
SmilChr03G001432 Chr03 NC_080389.1:16990736-16990750promoter 内 2038-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 16987485-16988787(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGTTAATGATGGA
SmilChr01G000310 Chr01 NC_080387.1:6011320-6011334promoter 内 1845-1859 bp + 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 6013476-6058274(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATGGAAATGATTAA
SmilChr01G001418 Chr01 NC_080387.1:27769687-27769701promoter 内 1837-1851 bp + 2150 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 27763875-27767537(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATTATTACTTCT
SmilChr01G003930 Chr01 NC_080387.1:57585965-57585979promoter 内 1782-1796 bp + 2205 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 57588184-57590043(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATAAAATGATTAT
SmilChr02G002918 Chr02 NC_080388.1:49481614-49481628promoter 内 1756-1770 bp - 2231 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 49483859-49484563(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTGAGTTC
SmilChr01G000556 Chr01 NC_080387.1:11606303-11606317promoter 内 1745-1759 bp + 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 11608559-11615590(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATAAAATGATTAT
SmilChr02G004467 Chr02 NC_080388.1:67071354-67071368promoter 内 1695-1709 bp + 2292 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 67073660-67076530(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATAAT
SmilChr03G002720 Chr03 NC_080389.1:43216571-43216585promoter 内 1676-1690 bp - 2311 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 43218896-43220717(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTTCCTAC
SmilChr02G001619 Chr02 NC_080388.1:30132163-30132177promoter 内 1668-1682 bp + 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 30126934-30129844(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTATTT
SmilChr03G002947 Chr03 NC_080389.1:46202050-46202064promoter 内 1642-1656 bp - 2345 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 46204409-46206841(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTAAAGTA
SmilChr02G005287 Chr02 NC_080388.1:73895628-73895642promoter 内 1622-1636 bp - 2365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 73892448-73893263(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAATTAATGATGAG
SmilChr03G002814 Chr03 NC_080389.1:44602799-44602813promoter 内 1597-1611 bp - 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 44605203-44609089(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTTATT
SmilChr02G002802 Chr02 NC_080388.1:48095751-48095765promoter 内 1593-1607 bp + 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 48098159-48098990(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATAAT
SmilChr02G003598 Chr02 NC_080388.1:57169039-57169053promoter 内 1593-1607 bp - 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 57171447-57173363(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTATTGTA
SmilChr02G004466 Chr02 NC_080388.1:67071354-67071368promoter 内 1587-1601 bp + 2400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 67065916-67068954(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATTATT
SmilChr03G000314 Chr03 NC_080389.1:3580974-3580988promoter 内 1524-1538 bp - 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 3575411-3578511(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTTACAATGATTGG
SmilChr03G003011 Chr03 NC_080389.1:47010462-47010476promoter 内 1517-1531 bp - 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 47012946-47018637(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCAATATA
SmilChr03G002039 Chr03 NC_080389.1:30776888-30776902promoter 内 1460-1474 bp + 2527 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 30779429-30780497(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGTTATGATGATTAA
SmilChr02G001366 Chr02 NC_080388.1:25737555-25737569promoter 内 1429-1443 bp - 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 25740127-25740813(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCTCCATG
SmilChr02G002145 Chr02 NC_080388.1:38585858-38585872promoter 内 1409-1423 bp - 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 38588450-38590400(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTTCCATA
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SmilChr02G001955 Chr02 NC_080388.1:35283624-35283638promoter 内 1346-1360 bp - 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35286279-35288543(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCGGTTTA
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SmilChr03G002539 Chr03 NC_080389.1:40546530-40546544promoter 内 1311-1325 bp - 2676 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 40549220-40551276(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTATCATTATTTAT
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SmilChr03G002630 Chr03 NC_080389.1:41752443-41752457promoter 内 1059-1073 bp - 2928 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 41755385-41756770(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATTATT
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SmilChr01G004728 Chr01 NC_080387.1:65464434-65464448promoter 内 915-929 bp - 3072 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 65459020-65461362(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CGACATAATGATTGG