转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002364; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006712-RA_Salv SmilChr05G002364 WRKY XP_057809766.1 MP00069 AGTCAACG

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7882 个候选靶基因 第 88 / 158 下载 TSV

上一页 88 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003933 Chr03 NC_080389.1:58398031-58398038promoter 内 509-516 bp - 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 58393342-58394546(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr03G001986 Chr03 NC_080389.1:29059113-29059120promoter 内 504-511 bp + 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 29054470-29055623(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr03G002994 Chr03 NC_080389.1:46768667-46768674promoter 内 498-505 bp - 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 46760821-46765171(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr07G000078 Chr07 NC_080393.1:424934-424941promoter 内 497-504 bp + 3497 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 364181-421437(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr03G002502 Chr03 NC_080389.1:39860212-39860219promoter 内 492-499 bp - 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 39863721-39864215(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr02G002957 Chr02 NC_080388.1:50098071-50098078promoter 内 491-498 bp + 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 50101581-50105146(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr02G001050 Chr02 NC_080388.1:18723467-18723474promoter 内 479-486 bp + 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 18726989-18730100(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr06G002222 Chr06 NC_080392.1:31251019-31251026promoter 内 474-481 bp - 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 31245665-31247499(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr03G002883 Chr03 NC_080389.1:45515352-45515359promoter 内 466-473 bp + 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 45511281-45511824(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr05G003293 Chr05 NC_080391.1:43074331-43074338promoter 内 462-469 bp - 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 43067830-43070799(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr02G004159 Chr02 NC_080388.1:63913485-63913492promoter 内 451-458 bp - 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 63905106-63909942(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr07G002921 Chr07 NC_080393.1:29592170-29592177promoter 内 447-454 bp - 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 29595724-29597103(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr01G000211 Chr01 NC_080387.1:3714442-3714449promoter 内 445-452 bp + 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 3709735-3710893(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr07G001005 Chr07 NC_080393.1:7318323-7318330promoter 内 445-452 bp - 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 7321879-7326145(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr03G000459 Chr03 NC_080389.1:4909250-4909257promoter 内 443-450 bp + 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 4902541-4905699(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr01G000970 Chr01 NC_080387.1:20562640-20562647promoter 内 442-449 bp + 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 20552989-20559088(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr03G002028 Chr03 NC_080389.1:30409387-30409394promoter 内 442-449 bp - 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 30403538-30405835(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr01G001672 Chr01 NC_080387.1:30845746-30845753promoter 内 440-447 bp + 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 30849307-30850327(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr07G001885 Chr07 NC_080393.1:16312831-16312838promoter 内 440-447 bp + 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 16316392-16316465(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr04G002040 Chr04 NC_080390.1:33119544-33119551promoter 内 436-443 bp + 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 33113750-33115986(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr03G002697 Chr03 NC_080389.1:42958919-42958926promoter 内 435-442 bp + 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42955283-42955360(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr05G002514 Chr05 NC_080391.1:27898780-27898787promoter 内 434-441 bp - 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 27891862-27895220(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr01G002575 Chr01 NC_080387.1:43885712-43885719promoter 内 433-440 bp + 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 43889280-43889404(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr07G000581 Chr07 NC_080393.1:3940974-3940981promoter 内 428-435 bp - 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 3944547-3946494(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr05G001298 Chr05 NC_080391.1:11206081-11206088promoter 内 426-433 bp - 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 11198076-11202513(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr02G002313 Chr02 NC_080388.1:40747545-40747552promoter 内 425-432 bp - 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 40751121-40753160(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr02G003208 Chr02 NC_080388.1:53237711-53237718promoter 内 425-432 bp + 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 53241287-53244838(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr05G000430 Chr05 NC_080391.1:3222661-3222668promoter 内 425-432 bp + 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 3226237-3230665(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr05G003035 Chr05 NC_080391.1:38049176-38049183promoter 内 423-430 bp - 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 38042036-38045605(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr04G001872 Chr04 NC_080390.1:30538396-30538403promoter 内 419-426 bp + 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 30541978-30544066(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr04G000708 Chr04 NC_080390.1:8256936-8256943promoter 内 416-423 bp - 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 8260521-8264195(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr03G001072 Chr03 NC_080389.1:12423734-12423741promoter 内 411-418 bp + 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 12427324-12430901(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr05G004200 Chr05 NC_080391.1:55859509-55859516promoter 内 409-416 bp - 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 55863101-55865906(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr02G004195 Chr02 NC_080388.1:64285250-64285257promoter 内 402-409 bp - 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 64288849-64296311(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr06G000124 Chr06 NC_080392.1:882316-882323promoter 内 401-408 bp + 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 877010-878723(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr02G001002 Chr02 NC_080388.1:17656133-17656140promoter 内 399-406 bp + 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 17648870-17652538(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr06G002913 Chr06 NC_080392.1:41976231-41976238promoter 内 397-404 bp - 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 41979835-41996589(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr03G000388 Chr03 NC_080389.1:4290953-4290960promoter 内 390-397 bp - 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 4294564-4296912(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr04G003569 Chr04 NC_080390.1:52074846-52074853promoter 内 390-397 bp + 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 52059365-52071242(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr05G000290 Chr05 NC_080391.1:2229843-2229850promoter 内 390-397 bp - 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 2223581-2226239(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr05G001873 Chr05 NC_080391.1:18908077-18908084promoter 内 390-397 bp - 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 18911688-18916452(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
SmilChr04G001589 Chr04 NC_080390.1:26451481-26451488promoter 内 388-395 bp - 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 26434610-26447875(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
SmilChr02G003191 Chr02 NC_080388.1:53072997-53073004promoter 内 385-392 bp + 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 53067817-53069388(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTTGACT
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SmilChr03G002484 Chr03 NC_080389.1:39492567-39492574promoter 内 373-380 bp - 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 39487231-39488946(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC
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SmilChr05G001767 Chr05 NC_080391.1:17395981-17395988promoter 内 361-368 bp - 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 17389977-17392348(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 AGTCAACC