转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 9 / 167 下载 TSV

上一页 9 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000486 Chr04 NC_080390.1:5234030-5234050promoter 内 2221-2241 bp - 1760 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5235810-5236573(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTCTCCTTATCTTCTTTATC
SmilChr07G004072 Chr07 NC_080393.1:52095893-52095913promoter 内 2039-2059 bp - 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 52092384-52093951(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAGATATGGATAAAAATGAT
SmilChr04G001759 Chr04 NC_080390.1:28912651-28912671promoter 内 1980-2000 bp + 2001 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 28910544-28910650(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTTTCCTTATCTTTTTTTTT
SmilChr07G002607 Chr07 NC_080393.1:25049711-25049731promoter 内 1874-1894 bp - 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 25051838-25052917(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTTTTCTTATCCATAATCTT
SmilChr06G000020 Chr06 NC_080392.1:256494-256514promoter 内 1475-1495 bp + 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 259020-259612(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAAAACAGGATAAGATTAAT
SmilChr03G001662 Chr03 NC_080389.1:21554896-21554916promoter 内 1328-1348 bp + 2653 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 21549798-21552243(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTAAGCTTATCCAGTTCACC
SmilChr07G002218 Chr07 NC_080393.1:20446204-20446224promoter 内 1317-1337 bp - 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 20440219-20443540(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAATATAGATAAGGTTAGT
SmilChr06G002563 Chr06 NC_080392.1:36826683-36826703promoter 内 1262-1282 bp - 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 36823034-36823964(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAGATATGGATAAAAATGAT
SmilChr07G001926 Chr07 NC_080393.1:16669229-16669249promoter 内 1090-1110 bp + 2891 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 16672140-16676645(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAATTTGAGGATAAGCATAAT
SmilChr01G000553 Chr01 NC_080387.1:11512636-11512656promoter 内 1019-1039 bp - 2962 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 11505769-11509674(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAATTTTGGATAATGAGAAG
SmilChr02G003897 Chr02 NC_080388.1:61053160-61053180promoter 内 969-989 bp + 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 61056192-61058680(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATGTTTTGGATAAGAAACGG
SmilChr03G004149 Chr03 NC_080389.1:60294295-60294315promoter 内 896-916 bp - 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 60297400-60304823(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGCCACCTTATCCTCAACCCG
SmilChr05G001923 Chr05 NC_080391.1:19488310-19488330promoter 内 805-825 bp + 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 19491506-19491946(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAGATATGGATAAAAATGAT
SmilChr06G000018 Chr06 NC_080392.1:256494-256514promoter 内 686-706 bp + 3295 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 250254-253199(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTAATCTTATCCTGTTTTTC
SmilChr03G004151 Chr03 NC_080389.1:60316834-60316854promoter 内 642-662 bp - 3339 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 60320193-60328061(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGCCACCTTATCCTCAACCCG
SmilChr01G001159 Chr01 NC_080387.1:23567208-23567228promoter 内 605-625 bp + 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 23562783-23563832(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCATGATTATCCACTTCATT
SmilChr07G002664 Chr07 NC_080393.1:25853077-25853097promoter 内 529-549 bp - 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 25846118-25849625(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GGTGAACTGGATAAGCTTAAG
SmilChr07G000951 Chr07 NC_080393.1:6817861-6817881promoter 内 466-486 bp + 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 6821396-6822302(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAAATAGGATAAGATTAAA
SmilChr08G000728 Chr08 NC_080394.1:5402359-5402379promoter 内 357-377 bp + 3624 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 5406003-5409037(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAGATATGGATAAAAATGAT
SmilChr05G001922 Chr05 NC_080391.1:19488310-19488330promoter 内 280-300 bp + 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 19482742-19484609(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCATTTTTATCCATATCTTC
SmilChr01G001577 Chr01 NC_080387.1:29801437-29801457promoter 内 155-175 bp + 3826 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 29805283-29805478(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGAGAGCGGATAAGAATATT
SmilChr03G001334 Chr03 NC_080389.1:15583248-15583268promoter 内 8-28 bp - 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 15576933-15579275(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAAATAGGATAAGATTAAA
SmilChr02G002222 Chr02 NC_080388.1:39490416-39490436promoter 内 2646-2666 bp + 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 4 39491771-39498915(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAATTTGTGGATAAGGAGGCT
SmilChr04G001484 Chr04 NC_080390.1:24270395-24270415promoter 内 3219-3239 bp - 762 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 24271177-24288406(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCGATCCTTATCTTTAACACG
SmilChr03G002211 Chr03 NC_080389.1:34871520-34871540promoter 内 3803-3823 bp - 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 34870296-34871342(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAAAAAGGATAAGGGGAAG
SmilChr03G004737 Chr03 NC_080389.1:64503151-64503171promoter 内 3777-3797 bp - 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 64495204-64502947(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACAAATTGGATAAGAATTAT
SmilChr01G005799 Chr01 NC_080387.1:74064617-74064637promoter 内 3535-3555 bp - 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 74065083-74068284(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTATATTTATCCATTATTTT
SmilChr05G000315 Chr05 NC_080391.1:2366829-2366849promoter 内 2234-2254 bp + 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 2368596-2372204(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GACATATTGGATAAGGTAGGT
SmilChr03G004049 Chr03 NC_080389.1:59460425-59460445promoter 内 2201-2221 bp + 1780 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 59462225-59464669(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GCAAGAGAAGATAAGGAGAGA
SmilChr02G004455 Chr02 NC_080388.1:66951433-66951453promoter 内 1980-2000 bp - 2001 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 66940716-66949432(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAGGTATGGATAAACTTGAA
SmilChr04G002864 Chr04 NC_080390.1:44750597-44750617promoter 内 1893-1913 bp - 2088 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 44752705-44755034(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTAACCCTTATCCTCTCCTCT
SmilChr05G000316 Chr05 NC_080391.1:2379304-2379324promoter 内 1723-1743 bp + 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 2374217-2377046(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACCTACCTTATCCAATATGTC
SmilChr05G000325 Chr05 NC_080391.1:2437622-2437642promoter 内 1637-1657 bp - 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 2432308-2435278(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GACATATTGGATAAGGTAGGT
SmilChr03G000523 Chr03 NC_080389.1:5617987-5618007promoter 内 1493-1513 bp - 2488 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 5620495-5621866(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATTTGCTTATCCATTCTTTT
SmilChr03G001002 Chr03 NC_080389.1:11344301-11344321promoter 内 1077-1097 bp - 2904 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 11338375-11341397(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAGAATGGATAAGCAAATG
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SmilChr05G002044 Chr05 NC_080391.1:21280490-21280510promoter 内 2983-3003 bp - 998 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 21275849-21279492(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGTTTGAGGATAAGCATAAT