转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 9 / 147 下载 TSV

上一页 9 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004373 Chr01 NC_080387.1:61929935-61929949promoter 内 106-120 bp + 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 61933830-61935588(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCGAGAGTTAGGTCG
SmilChr03G003525 Chr03 NC_080389.1:53856385-53856399promoter 内 8-22 bp - 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 53850877-53852406(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCTGGAGTTAGGTAG
SmilChr02G002212 Chr02 NC_080388.1:39368885-39368899promoter 内 2612-2626 bp + 1375 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 39370274-39370975(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGTAGAGTTAGGCAT
SmilChr02G001407 Chr02 NC_080388.1:26702791-26702805promoter 内 612-626 bp + 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 26706180-26709397(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGTAGAGTTAGGCAT
SmilChr02G002637 Chr02 NC_080388.1:45760035-45760049promoter 内 453-467 bp + 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 45763583-45764729(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGTAGAGTTAGGCAT
SmilChr02G003292 Chr02 NC_080388.1:54196907-54196921promoter 内 3314-3328 bp + 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 54190962-54196234(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATGCCTAACTCTACT
SmilChr01G001276 Chr01 NC_080387.1:25493981-25493995promoter 内 1328-1342 bp + 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 25496654-25497888(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATTAAAGTTAGGTAA
SmilChr04G001788 Chr04 NC_080390.1:29329431-29329445promoter 内 384-398 bp - 3603 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 29324042-29325828(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGTAGAGTTAGGCAT
SmilChr02G004775 Chr02 NC_080388.1:69906242-69906256promoter 内 3938-3952 bp - 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 69906305-69910079(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCGCCTAACTCGACC
SmilChr02G002519 Chr02 NC_080388.1:43737391-43737405promoter 内 1091-1105 bp - 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 43728294-43734495(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTAAAAGTTAGGTGT
SmilChr03G000294 Chr03 NC_080389.1:3385843-3385857promoter 内 989-1003 bp - 2998 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 3379657-3382845(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCGACAGTTAGGTAG
SmilChr02G001346 Chr02 NC_080388.1:25138061-25138075promoter 内 855-869 bp + 3132 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 25141207-25144288(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCGACAGTTAGGTAG
SmilChr02G002798 Chr02 NC_080388.1:48082962-48082976promoter 内 477-491 bp + 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 48077042-48079452(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTGCCTAACTCGTAC
SmilChr03G003990 Chr03 NC_080389.1:58929089-58929103promoter 内 3893-3907 bp - 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 58929197-58933163(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACCTTTTC
SmilChr03G004757 Chr03 NC_080389.1:64665292-64665306promoter 内 3740-3754 bp + 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 64665553-64667736(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAGAGAGTTAGGCCG
SmilChr03G004294 Chr03 NC_080389.1:61346511-61346525promoter 内 3399-3413 bp - 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 61347113-61350884(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATGCCTAACTCTACC
SmilChr02G003097 Chr02 NC_080388.1:51842400-51842414promoter 内 3298-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 51832350-51841711(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AATTAAGTTAGGCTG
SmilChr02G001749 Chr02 NC_080388.1:32107965-32107979promoter 内 2882-2896 bp + 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 32109084-32110010(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAGAGAGTTAGGCCG
SmilChr03G001713 Chr03 NC_080389.1:22904517-22904531promoter 内 2835-2849 bp - 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 22905683-22908207(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACGCCTAACTCTCTC
SmilChr02G004700 Chr02 NC_080388.1:69315924-69315938promoter 内 2709-2723 bp + 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 69317216-69319888(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATATGAGTTAGGTAG
SmilChr02G000614 Chr02 NC_080388.1:8953637-8953651promoter 内 2437-2451 bp + 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 8955201-8959169(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAGAGAGTTAGGCCG
SmilChr01G000144 Chr01 NC_080387.1:2434666-2434680promoter 内 2262-2276 bp - 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 2432032-2432941(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGCGAAGTTAGGCTG
SmilChr02G003930 Chr02 NC_080388.1:61370800-61370814promoter 内 1736-1750 bp - 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 61373065-61374600(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTCTCTG
SmilChr01G000224 Chr01 NC_080387.1:3978406-3978420promoter 内 1514-1528 bp - 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 3980893-3981438(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAGCCTAACTTTTAT
SmilChr04G000219 Chr04 NC_080390.1:1915447-1915461promoter 内 997-1011 bp + 2990 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 1908422-1912457(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGGCCTAACTCTCTG
SmilChr01G004126 Chr01 NC_080387.1:59753584-59753598promoter 内 910-924 bp + 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 59756675-59758001(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTAAGAGTTAGGTAA
SmilChr01G000444 Chr01 NC_080387.1:9022025-9022039promoter 内 697-711 bp - 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 9018391-9018735(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATTAAAGTTAGGTAA
SmilChr01G001539 Chr01 NC_080387.1:29404569-29404583promoter 内 436-450 bp - 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 29399128-29401018(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAAGAAGTTAGGTGG
SmilChr01G004096 Chr01 NC_080387.1:59414787-59414801promoter 内 3630-3644 bp - 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 59415158-59418135(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCACCTAACTTTATA
SmilChr03G000747 Chr03 NC_080389.1:8542161-8542175promoter 内 3144-3158 bp + 843 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 8543018-8544377(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTTAAAGTTAGGTAG
SmilChr03G004684 Chr03 NC_080389.1:64251369-64251383promoter 内 2981-2995 bp - 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 64249254-64250363(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGGGAAGTTAGGTAT
SmilChr01G004156 Chr01 NC_080387.1:60075039-60075053promoter 内 2235-2249 bp - 1752 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 60068353-60073287(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCCGGAGTTAGGCGG
SmilChr04G001289 Chr04 NC_080390.1:20564681-20564695promoter 内 2206-2220 bp + 1781 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 20566476-20567639(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCGGAAGTTAGGCAA
SmilChr04G001290 Chr04 NC_080390.1:20564681-20564695promoter 内 1025-1039 bp + 2962 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 20567657-20568346(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCGGAAGTTAGGCAA
SmilChr04G001382 Chr04 NC_080390.1:22433440-22433454promoter 内 529-543 bp + 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 22436912-22437736(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCGGAAGTTAGGCAA
SmilChr03G004685 Chr03 NC_080389.1:64251369-64251383promoter 内 317-331 bp - 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 64255053-64258501(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACTTCCCT
SmilChr02G004460 Chr02 NC_080388.1:67032160-67032174promoter 内 3701-3715 bp - 286 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 67024212-67031874(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACTAGTTAGGCGG
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SmilChr02G000864 Chr02 NC_080388.1:14887843-14887857promoter 内 444-458 bp - 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 14891400-14894409(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTGCCTAACTAAAGG
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SmilChr02G001253 Chr02 NC_080388.1:23029355-23029369promoter 内 2894-2908 bp - 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 23024564-23028262(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGGAATGTTAGGTAG
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SmilChr01G001930 Chr01 NC_080387.1:34473541-34473555promoter 内 2878-2892 bp + 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 34471363-34472432(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAACATTCCT