转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 90 / 121 下载 TSV

上一页 90 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003008 Chr04 NC_080390.1:46456706-46456720promoter 内 446-460 bp - 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 46448364-46453165(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATTTAGATCTATG
SmilChr02G000084 Chr02 NC_080388.1:1104414-1104428promoter 内 338-352 bp + 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 1108077-1110129(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTCCGAGATCTGGG
SmilChr02G002753 Chr02 NC_080388.1:47560523-47560537promoter 内 324-338 bp + 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 47556057-47556860(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCATTGTA
SmilChr01G002818 Chr01 NC_080387.1:46747591-46747605promoter 内 315-329 bp - 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 46751277-46755300(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCCCAACT
SmilChr05G000804 Chr05 NC_080391.1:6291994-6292008promoter 内 293-307 bp + 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6285251-6288300(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTAGATCTATATTT
SmilChr01G004868 Chr01 NC_080387.1:66803265-66803279promoter 内 274-288 bp - 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 66794216-66799552(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAATCTAGATCTATT
SmilChr03G001169 Chr03 NC_080389.1:13449443-13449457promoter 内 269-283 bp + 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 13453175-13453895(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATGTTAGATCTGCT
SmilChr02G000450 Chr02 NC_080388.1:5926849-5926863promoter 内 256-270 bp + 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 5930594-5933617(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAAATAGATCTCAG
SmilChr03G002414 Chr03 NC_080389.1:38381211-38381225promoter 内 239-253 bp - 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 38374693-38377463(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACGGCAGATCTGCG
SmilChr01G000632 Chr01 NC_080387.1:14212968-14212982promoter 内 238-252 bp + 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 14206604-14209219(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTAGATCTAGCCTT
SmilChr04G003009 Chr04 NC_080390.1:46456706-46456720promoter 内 212-226 bp - 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 46460495-46463913(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATAGATCTAAATAT
SmilChr02G002083 Chr02 NC_080388.1:37416083-37416097promoter 内 204-218 bp + 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 37404704-37412300(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTACAGTT
SmilChr05G001393 Chr05 NC_080391.1:12495073-12495087promoter 内 192-206 bp + 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 12498882-12503214(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGAGGAGATCTGAA
SmilChr03G003871 Chr03 NC_080389.1:57810796-57810810promoter 内 190-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 57804682-57806999(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCGGAGC
SmilChr02G004540 Chr02 NC_080388.1:67976178-67976192promoter 内 164-178 bp + 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 67966612-67972355(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTACATTA
SmilChr01G004741 Chr01 NC_080387.1:65606497-65606511promoter 内 158-172 bp + 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 65599698-65602668(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTGGATCTAGACTA
SmilChr02G000635 Chr02 NC_080388.1:9612307-9612321promoter 内 128-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 9606645-9608448(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTTGAGATCTGCA
SmilChr02G000966 Chr02 NC_080388.1:16880971-16880985promoter 内 29-43 bp - 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 16876393-16877013(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCACGGGATCTGAA
SmilChr01G006022 Chr01 NC_080387.1:75809657-75809671promoter 内 22-36 bp + 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 75800542-75805692(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGAGATCTAAAATT
SmilChr04G002281 Chr04 NC_080390.1:37047045-37047059promoter 内 5-19 bp - 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 37051041-37051886(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTGCAAAT
SmilChr01G000821 Chr01 NC_080387.1:17721457-17721471promoter 内 3492-3506 bp - 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 3 17721966-17722389(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGGCGCG
SmilChr02G002070 Chr02 NC_080388.1:37282869-37282883promoter 内 3847-3861 bp - 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 37283023-37290216(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCAAGATCTAAAGCT
SmilChr03G003167 Chr03 NC_080389.1:49033532-49033546promoter 内 3498-3512 bp - 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 49027296-49033043(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGTGTAGATCTGGA
SmilChr04G002169 Chr04 NC_080390.1:35043479-35043493promoter 内 3023-3037 bp - 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 35044457-35049301(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTCCCTCC
SmilChr02G003931 Chr02 NC_080388.1:61389194-61389208promoter 内 2959-2973 bp + 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 61390236-61391747(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAATTAGATCTCAC
SmilChr04G000999 Chr04 NC_080390.1:13847032-13847046promoter 内 2660-2674 bp + 1327 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 13848373-13849597(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCGCCAGATCTGCC
SmilChr02G001417 Chr02 NC_080388.1:26805068-26805082promoter 内 1951-1965 bp - 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 26799343-26803032(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATATAGATCTAGA
SmilChr01G005756 Chr01 NC_080387.1:73659816-73659830promoter 内 1409-1423 bp + 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 73645968-73657238(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAGAGATCTAGTTCA
SmilChr01G001109 Chr01 NC_080387.1:22716125-22716139promoter 内 905-919 bp + 3082 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 22710281-22713043(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTATTTTG
SmilChr04G003748 Chr04 NC_080390.1:53763645-53763659promoter 内 770-784 bp - 3217 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 53766876-53769333(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAGAAAA
SmilChr02G004261 Chr02 NC_080388.1:64817903-64817917promoter 内 492-506 bp - 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 64821412-64823701(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAAGATCTAGCCCT
SmilChr01G000106 Chr01 NC_080387.1:1846381-1846395promoter 内 3972-3986 bp - 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1846410-1848742(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTCATGCT
SmilChr04G002437 Chr04 NC_080390.1:39040175-39040189promoter 内 3960-3974 bp - 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 39035854-39040148(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTACTAGATCCGAA
SmilChr03G001274 Chr03 NC_080389.1:14874326-14874340promoter 内 3913-3927 bp - 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 14869416-14874252(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTGCTAGATCTATG
SmilChr04G000399 Chr04 NC_080390.1:4118504-4118518promoter 内 3913-3927 bp + 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4118592-4120985(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCGTTAGATCTAAT
SmilChr02G005262 Chr02 NC_080388.1:73713741-73713755promoter 内 3884-3898 bp + 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 73711521-73713638(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTGAGATCTATATAA
SmilChr04G004009 Chr04 NC_080390.1:55415368-55415382promoter 内 3857-3871 bp - 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 55415512-55416658(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTGCTTCG
SmilChr03G001351 Chr03 NC_080389.1:15760274-15760288promoter 内 3845-3859 bp - 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 15760430-15763036(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTAGATCTAAACCT
SmilChr01G002446 Chr01 NC_080387.1:42054921-42054935promoter 内 3798-3812 bp - 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 42051228-42054732(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTCACGGATCTGAG
SmilChr01G004777 Chr01 NC_080387.1:65952583-65952597promoter 内 3748-3762 bp + 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 65947874-65952344(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAAAGAC
SmilChr02G005024 Chr02 NC_080388.1:71988085-71988099promoter 内 3748-3762 bp + 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71985741-71987846(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTAAGATCTAGAAGA
SmilChr02G001817 Chr02 NC_080388.1:33042184-33042198promoter 内 3709-3723 bp + 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 33037891-33041906(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGAGATCTAATTGT
SmilChr01G004366 Chr01 NC_080387.1:61845645-61845659promoter 内 3636-3650 bp + 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61844665-61845294(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATAGATCTAATTCT
SmilChr05G000209 Chr05 NC_080391.1:1657028-1657042promoter 内 3462-3476 bp + 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1657567-1663092(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTAAATAGATCTGAA
SmilChr02G002488 Chr02 NC_080388.1:43299277-43299291promoter 内 3459-3473 bp + 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43299819-43300526(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATATAGATCTAGA
SmilChr03G003624 Chr03 NC_080389.1:54913910-54913924promoter 内 3457-3471 bp - 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54914454-54918408(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTAGATCTATATAT
SmilChr03G001754 Chr03 NC_080389.1:23821308-23821322promoter 内 3455-3469 bp - 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 23821854-23824307(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGAGATCTAGACTA
SmilChr03G004448 Chr03 NC_080389.1:62618249-62618263promoter 内 3421-3435 bp - 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 62618829-62622121(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTAGTGAC
SmilChr04G000159 Chr04 NC_080390.1:1383675-1383689promoter 内 3368-3382 bp - 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1384308-1388081(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTAGATCTATATAT
SmilChr02G002992 Chr02 NC_080388.1:50592163-50592177promoter 内 3335-3349 bp + 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50592829-50601363(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATATAGATCTAGA