转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 91 / 128 下载 TSV

上一页 91 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003186 Chr07 NC_080393.1:33945100-33945114promoter 内 2819-2833 bp - 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 33943479-33943932(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTAGCGCCACCGCCA
SmilChr05G001217 Chr05 NC_080391.1:10220393-10220407promoter 内 2517-2531 bp - 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 10216675-10218923(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCAACCACCGCCC
SmilChr03G001107 Chr03 NC_080389.1:12756330-12756344promoter 内 2504-2518 bp + 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 12757827-12758819(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGTTGCCACCGCCG
SmilChr01G004251 Chr01 NC_080387.1:60802720-60802734promoter 内 2491-2505 bp + 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 60804230-60806045(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCTGCCACCGCCG
SmilChr05G001342 Chr05 NC_080391.1:11823109-11823123promoter 内 2481-2495 bp - 1506 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 11824629-11828189(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGTGGC
SmilChr06G000799 Chr06 NC_080392.1:7483808-7483822promoter 内 2329-2343 bp - 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7485480-7485579(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTCCAG
SmilChr03G002716 Chr03 NC_080389.1:43119374-43119388promoter 内 2303-2317 bp - 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 43114938-43117690(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCAGTGCCACCGCCA
SmilChr03G003562 Chr03 NC_080389.1:54267294-54267308promoter 内 2088-2102 bp + 1899 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 54260703-54265395(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTTAGGG
SmilChr01G000166 Chr01 NC_080387.1:2739130-2739144promoter 内 2063-2077 bp - 1924 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2736844-2737206(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCACCCCACCGCCA
SmilChr02G001280 Chr02 NC_080388.1:23642305-23642319promoter 内 2032-2046 bp - 1955 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23639688-23640350(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAGAACCACCGCCT
SmilChr01G004312 Chr01 NC_080387.1:61297148-61297162promoter 内 2011-2025 bp + 1976 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 61292347-61295172(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGAGGTGGAGGCGG
SmilChr07G000603 Chr07 NC_080393.1:4121263-4121277promoter 内 1978-1992 bp - 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4123286-4124957(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCGGTGGCTGCGG
SmilChr02G001041 Chr02 NC_080388.1:18489191-18489205promoter 内 1972-1986 bp - 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 18491220-18493750(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCGGTGGCGGCCG
SmilChr01G000763 Chr01 NC_080387.1:16725431-16725445promoter 内 1929-1943 bp + 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 16722822-16723373(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGTGGGGT
SmilChr01G001185 Chr01 NC_080387.1:23965339-23965353promoter 内 1914-1928 bp + 2073 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23967426-23968862(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAACCACCACCGCCA
SmilChr08G000769 Chr08 NC_080394.1:5679749-5679763promoter 内 1900-1914 bp + 2087 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5676045-5677662(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGGGGGCG
SmilChr02G003222 Chr02 NC_080388.1:53442201-53442215promoter 内 1793-1807 bp - 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 53444409-53444987(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCGGTGGCGAGGG
SmilChr06G000800 Chr06 NC_080392.1:7483808-7483822promoter 内 1766-1780 bp - 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7486043-7486133(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTCCAG
SmilChr02G004217 Chr02 NC_080388.1:64402365-64402379promoter 内 1741-1755 bp + 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 64397570-64400119(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGCCGGATG
SmilChr06G000801 Chr06 NC_080392.1:7483808-7483822promoter 内 1639-1653 bp - 2348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7486170-7486262(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTCCAG
SmilChr04G003130 Chr04 NC_080390.1:47904925-47904939promoter 内 1638-1652 bp + 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 47902505-47902576(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCAGCCG
SmilChr08G000278 Chr08 NC_080394.1:1908156-1908170promoter 内 1593-1607 bp + 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 1896144-1905762(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGACAAGG
SmilChr01G000358 Chr01 NC_080387.1:7397622-7397636promoter 内 1547-1561 bp + 2440 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7392108-7395182(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGTCGCTGG
SmilChr02G000542 Chr02 NC_080388.1:7470918-7470932promoter 内 1506-1520 bp - 2481 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7473413-7474540(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGAAGGCTG
SmilChr01G002313 Chr01 NC_080387.1:40124226-40124240promoter 内 1352-1366 bp + 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 40115931-40121591(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGTTGA
SmilChr07G000867 Chr07 NC_080393.1:6202851-6202865promoter 内 1290-1304 bp - 2697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 6195776-6200154(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTCCCACCACCGCCT
SmilChr07G001745 Chr07 NC_080393.1:14801054-14801068promoter 内 1257-1271 bp + 2730 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 14803798-14809162(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAACCCCACCGCCT
SmilChr02G000080 Chr02 NC_080388.1:1040457-1040471promoter 内 1118-1132 bp - 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 1043340-1053146(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGAAAGCGG
SmilChr01G004250 Chr01 NC_080387.1:60802720-60802734promoter 内 1058-1072 bp + 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 60798950-60799791(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGCCA
SmilChr07G003188 Chr07 NC_080393.1:33945100-33945114promoter 内 1044-1058 bp - 2943 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 33948057-33949737(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGCTAC
SmilChr04G003266 Chr04 NC_080390.1:49381769-49381783promoter 内 1015-1029 bp - 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 49377857-49378797(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCCTCCACCACCA
SmilChr01G005502 Chr01 NC_080387.1:71901684-71901698promoter 内 989-1003 bp + 2998 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 71895928-71898686(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGCAGGTGC
SmilChr03G001672 Chr03 NC_080389.1:21805520-21805534promoter 内 958-972 bp - 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 21794417-21802491(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCTTTCACCGCCG
SmilChr02G002543 Chr02 NC_080388.1:44285195-44285209promoter 内 877-891 bp + 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 44288319-44293962(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACTGCTCCACCGCCT
SmilChr02G001411 Chr02 NC_080388.1:26745927-26745941promoter 内 773-787 bp - 3214 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 26749155-26752912(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGCGGC
SmilChr01G003664 Chr01 NC_080387.1:55068875-55068889promoter 内 646-660 bp - 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 55061660-55065534(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTGCACCACCGCCT
SmilChr04G002718 Chr04 NC_080390.1:42816598-42816612promoter 内 645-659 bp - 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 42819954-42820708(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGCAGCTGG
SmilChr03G000824 Chr03 NC_080389.1:9438380-9438394promoter 内 367-381 bp + 3620 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9427890-9434760(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGAGGGCGG
SmilChr02G002076 Chr02 NC_080388.1:37354763-37354777promoter 内 349-363 bp + 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 37348170-37351125(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGACAAGG
SmilChr01G004252 Chr01 NC_080387.1:60802720-60802734promoter 内 338-352 bp + 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 60806383-60807910(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCTGCCACCGCCG
SmilChr06G001533 Chr06 NC_080392.1:16561506-16561520promoter 内 303-317 bp + 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 16554786-16557822(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGCCA
SmilChr05G002913 Chr05 NC_080391.1:35082299-35082313promoter 内 272-286 bp + 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35086028-35088092(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AACCCTCCACCGCCT
SmilChr08G000902 Chr08 NC_080394.1:6682386-6682400promoter 内 203-217 bp - 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 6686184-6688466(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGCAGGTGC
SmilChr02G004219 Chr02 NC_080388.1:64402365-64402379promoter 内 100-114 bp + 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 64406266-64407022(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CATCCGGCACCGCCG
SmilChr01G005503 Chr01 NC_080387.1:71894830-71894844promoter 内 22-36 bp - 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 71898809-71900601(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGCAGGTGC
SmilChr06G000407 Chr06 NC_080392.1:3330812-3330826promoter 内 2485-2499 bp - 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 6 3326864-3329310(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTTCACCGCCC
SmilChr07G001886 Chr07 NC_080393.1:16318432-16318446promoter 内 2229-2243 bp + 1758 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 6 16320204-16322888(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGTCTCCACCGCCG
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SmilChr05G003782 Chr05 NC_080391.1:51149885-51149899promoter 内 2855-2869 bp - 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 4 51144396-51148753(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCGTCCACCGCCT
SmilChr02G003866 Chr02 NC_080388.1:60626714-60626728promoter 内 1866-1880 bp - 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 4 60628849-60633566(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGACTC