转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 91 / 142 下载 TSV

上一页 91 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002733 Chr02 NC_080388.1:47248779-47248793promoter 内 228-242 bp - 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47252552-47261659(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGGGTGGTAGTTAAT
SmilChr08G001999 Chr08 NC_080394.1:17726714-17726728promoter 内 207-221 bp - 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 17730508-17734003(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr03G002918 Chr03 NC_080389.1:45938215-45938229promoter 内 196-210 bp - 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 45931901-45934424(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTAC
SmilChr02G002667 Chr02 NC_080388.1:46171971-46171985promoter 内 188-202 bp + 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 46175784-46176869(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACAGTCG
SmilChr01G001967 Chr01 NC_080387.1:35021050-35021064promoter 内 159-173 bp + 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 35024892-35028614(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTAC
SmilChr01G002947 Chr01 NC_080387.1:48348262-48348276promoter 内 150-164 bp + 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 48339572-48344425(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr05G000213 Chr05 NC_080391.1:1672591-1672605promoter 内 134-148 bp - 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1676458-1706369(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGGAGGTAGGTAAC
SmilChr02G005056 Chr02 NC_080388.1:72264966-72264980promoter 内 99-113 bp + 3888 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 72268868-72276167(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCAAAGA
SmilChr02G002092 Chr02 NC_080388.1:37553741-37553755promoter 内 93-107 bp + 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 37557649-37560198(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTAC
SmilChr05G002467 Chr05 NC_080391.1:27188989-27189003promoter 内 74-88 bp + 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 27192916-27196060(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTACCTACCTCCGT
SmilChr06G002005 Chr06 NC_080392.1:25721386-25721400promoter 内 65-79 bp - 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 25725322-25727894(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr05G001632 Chr05 NC_080391.1:15249800-15249814promoter 内 61-75 bp + 3926 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 15253740-15258311(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTAC
SmilChr01G000311 Chr01 NC_080387.1:6023243-6023257promoter 内 47-61 bp + 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6017775-6019303(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr08G002591 Chr08 NC_080394.1:25250228-25250242promoter 内 17-31 bp + 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 25243918-25246258(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGG
SmilChr06G002808 Chr06 NC_080392.1:40778716-40778730promoter 内 3-17 bp + 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 40782714-40783768(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCGTGTT
SmilChr02G004557 Chr02 NC_080388.1:68100078-68100092promoter 内 2251-2265 bp - 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 68101828-68103606(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGAAGTTAGGTGGA
SmilChr06G000930 Chr06 NC_080392.1:8825928-8825942promoter 内 1767-1781 bp - 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 8828162-8829918(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTTGGTAGGTATG
SmilChr07G002673 Chr07 NC_080393.1:26044089-26044103promoter 内 1402-1416 bp - 2585 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 26037301-26041504(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTAACATGAT
SmilChr04G001733 Chr04 NC_080390.1:28559743-28559757promoter 内 503-517 bp + 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 28563241-28566927(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCACCTACCTTCAA
SmilChr05G000078 Chr05 NC_080391.1:398117-398131promoter 内 3812-3826 bp + 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 397211-397942(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTAAT
SmilChr04G003122 Chr04 NC_080390.1:47827978-47827992promoter 内 3790-3804 bp - 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 47828189-47831864(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATAGGGTAGGTGAT
SmilChr04G003387 Chr04 NC_080390.1:50428154-50428168promoter 内 3739-3753 bp + 248 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 50428416-50429756(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCAAAAT
SmilChr05G001828 Chr05 NC_080391.1:18312438-18312452promoter 内 3713-3727 bp + 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 18307738-18312164(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGTAGGTAGGTGAT
SmilChr01G001483 Chr01 NC_080387.1:28602467-28602481promoter 内 3688-3702 bp - 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 28601175-28602168(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCCTACT
SmilChr03G004086 Chr03 NC_080389.1:59771028-59771042promoter 内 3669-3683 bp + 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 59765665-59770710(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGGTGGTAGTTGTT
SmilChr06G003286 Chr06 NC_080392.1:45409287-45409301promoter 内 3644-3658 bp - 343 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 45409644-45410193(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGTAGGTAGGTGAT
SmilChr04G003923 Chr04 NC_080390.1:54913074-54913088promoter 内 3608-3622 bp - 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54913467-54916873(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGTAAGTAGGTGGG
SmilChr05G002389 Chr05 NC_080391.1:26385905-26385919promoter 内 3603-3617 bp - 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 26384489-26385521(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGTACCTACCAATTT
SmilChr05G000192 Chr05 NC_080391.1:1534051-1534065promoter 内 3577-3591 bp + 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1529165-1533641(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAGTGGGTAGGTAAG
SmilChr02G001913 Chr02 NC_080388.1:34424401-34424415promoter 内 3576-3590 bp - 411 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 34424826-34426167(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGAAAGTAGGTGAA
SmilChr04G000548 Chr04 NC_080390.1:6122955-6122969promoter 内 3568-3582 bp - 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 6123388-6125587(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTATGGTAGGTGAT
SmilChr02G001882 Chr02 NC_080388.1:34139652-34139666promoter 内 3559-3573 bp + 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 34137767-34139224(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGAAAGTAGGTGAA
SmilChr05G000578 Chr05 NC_080391.1:4345935-4345949promoter 内 3532-3546 bp + 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 4346404-4348570(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACTCTTA
SmilChr05G002067 Chr05 NC_080391.1:21530879-21530893promoter 内 3504-3518 bp - 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 21528749-21530396(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCTAATT
SmilChr01G006062 Chr01 NC_080387.1:76052698-76052712promoter 内 3381-3395 bp - 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 76053318-76053403(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCGTTGTTAGGTGGC
SmilChr05G001725 Chr05 NC_080391.1:16560415-16560429promoter 内 3228-3242 bp - 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 16561188-16563669(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTGAAGTAGGTGTG
SmilChr03G002045 Chr03 NC_080389.1:30964761-30964775promoter 内 3145-3159 bp + 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 30960883-30963919(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAAGCGGTAGGTGTC
SmilChr03G002167 Chr03 NC_080389.1:33714163-33714177promoter 内 3077-3091 bp - 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 33707549-33713253(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACCTTATA
SmilChr03G001535 Chr03 NC_080389.1:19212575-19212589promoter 内 3039-3053 bp + 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 19213537-19214357(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTGGAAT
SmilChr08G003348 Chr08 NC_080394.1:34867567-34867581promoter 内 3013-3027 bp - 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 34868555-34869785(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGAATGGTAGGTACA
SmilChr01G002683 Chr01 NC_080387.1:45044264-45044278promoter 内 2907-2921 bp + 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 45041871-45043184(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTAAT
SmilChr02G003312 Chr02 NC_080388.1:54364448-54364462promoter 内 2856-2870 bp + 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54362925-54363317(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTATGGTAGGTGAT
SmilChr08G002160 Chr08 NC_080394.1:19545341-19545355promoter 内 2812-2826 bp + 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 19541281-19544166(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCGAGGTAGGTGAC
SmilChr06G002746 Chr06 NC_080392.1:39899181-39899195promoter 内 2810-2824 bp + 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 39895120-39898004(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCGAGGTAGGTGAC
SmilChr07G002596 Chr07 NC_080393.1:24954983-24954997promoter 内 2796-2810 bp + 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 24952004-24953792(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTGAGTTAGGTGGC
SmilChr01G006063 Chr01 NC_080387.1:76052698-76052712promoter 内 2693-2707 bp - 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 76054006-76058197(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCGTTGTTAGGTGGC
SmilChr02G002379 Chr02 NC_080388.1:41700762-41700776promoter 内 2678-2692 bp + 1309 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 41698427-41699453(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACGGCGGCAGGTGGA
SmilChr01G005835 Chr01 NC_080387.1:74367030-74367044promoter 内 2645-2659 bp - 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 74361036-74365688(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACCAAGTC
SmilChr01G006023 Chr01 NC_080387.1:75813211-75813225promoter 内 2615-2629 bp - 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 75809484-75811839(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCTGTTC
SmilChr05G002233 Chr05 NC_080391.1:23903414-23903428promoter 内 2583-2597 bp + 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 23904832-23905404(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGTACCTACCAATTT