转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 93 / 128 下载 TSV

上一页 93 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002861 Chr05 NC_080391.1:34100702-34100716promoter 内 2827-2841 bp - 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 34097042-34099542(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGTCTCCACCGCCG
SmilChr02G004474 Chr02 NC_080388.1:67134726-67134740promoter 内 2817-2831 bp - 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 67135910-67138804(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGAGGTGGAGGTGG
SmilChr01G005141 Chr01 NC_080387.1:69195356-69195370promoter 内 2816-2830 bp - 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 69196541-69199173(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGCAG
SmilChr04G001371 Chr04 NC_080390.1:22271126-22271140promoter 内 2779-2793 bp + 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 22251609-22269918(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGAGGTGGAGGTGG
SmilChr02G000057 Chr02 NC_080388.1:744184-744198promoter 内 2728-2742 bp - 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 745457-746379(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGCGCGGA
SmilChr03G001610 Chr03 NC_080389.1:20494368-20494382promoter 内 2708-2722 bp + 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 20492099-20493089(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGCGCGGA
SmilChr05G002864 Chr05 NC_080391.1:34217294-34217308promoter 内 2701-2715 bp - 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 34212102-34216008(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACACCGTCACCGCCG
SmilChr01G002087 Chr01 NC_080387.1:36855058-36855072promoter 内 2655-2669 bp + 1332 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 36856404-36857548(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCACTCCACCGCCG
SmilChr08G002276 Chr08 NC_080394.1:21159557-21159571promoter 内 2596-2610 bp - 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 21160962-21162335(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGACGGAGA
SmilChr07G002379 Chr07 NC_080393.1:22170255-22170269promoter 内 2577-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 22164268-22168845(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCCACCACCGCTA
SmilChr05G003647 Chr05 NC_080391.1:48906189-48906203promoter 内 2561-2575 bp + 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 48907629-48912151(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGTCCTCCACCGCCG
SmilChr05G001695 Chr05 NC_080391.1:16140016-16140030promoter 内 2553-2567 bp + 1434 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16137933-16138582(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGTGGTGT
SmilChr07G003485 Chr07 NC_080393.1:39345967-39345981promoter 内 2500-2514 bp + 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 39341717-39344480(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGCAGCTG
SmilChr08G001766 Chr08 NC_080394.1:14880007-14880021promoter 内 2492-2506 bp - 1495 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 14875601-14878512(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATCCCTCCACCGCCT
SmilChr04G001026 Chr04 NC_080390.1:14408836-14408850promoter 内 2341-2355 bp + 1646 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 14410496-14413638(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCTGCCACCGCCT
SmilChr07G002694 Chr07 NC_080393.1:26295294-26295308promoter 内 2265-2279 bp + 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 26297030-26299016(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCTTCCACCGGCG
SmilChr07G003692 Chr07 NC_080393.1:44456166-44456180promoter 内 2130-2144 bp + 1857 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 44449679-44454309(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGCAGCTG
SmilChr06G003252 Chr06 NC_080392.1:45195272-45195286promoter 内 2065-2079 bp - 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 45187905-45193350(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATCCCTCCACCGCCT
SmilChr03G002025 Chr03 NC_080389.1:30368337-30368351promoter 内 1947-1961 bp - 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 30360554-30366297(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCTGCCACCGCTT
SmilChr05G001694 Chr05 NC_080391.1:16140016-16140030promoter 内 1946-1960 bp + 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16135403-16137975(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGTGGTGT
SmilChr07G003384 Chr07 NC_080393.1:36647599-36647613promoter 内 1822-1836 bp - 2165 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 36643727-36645434(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTTCGCCACCGCTG
SmilChr04G004118 Chr04 NC_080390.1:56069835-56069849promoter 内 1767-1781 bp - 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 56064449-56067615(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCAGCGCCACCGCTT
SmilChr01G003784 Chr01 NC_080387.1:56223821-56223835promoter 内 1612-1626 bp - 2375 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 56219347-56221446(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGGCGCCACCGCCG
SmilChr07G003140 Chr07 NC_080393.1:33274793-33274807promoter 内 1609-1623 bp + 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 33277185-33279533(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCGTCACCGCCA
SmilChr02G005258 Chr02 NC_080388.1:73674385-73674399promoter 内 1523-1537 bp - 2464 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 73676863-73676958(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGAGGCAG
SmilChr01G001544 Chr01 NC_080387.1:29443355-29443369promoter 内 1511-1525 bp - 2476 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 29445845-29446040(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGCAG
SmilChr01G001576 Chr01 NC_080387.1:29795001-29795015promoter 内 1499-1513 bp - 2488 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 29797503-29797698(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGCAG
SmilChr05G001712 Chr05 NC_080391.1:16402772-16402786promoter 内 1456-1470 bp + 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16393964-16400241(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAAACGC
SmilChr05G002133 Chr05 NC_080391.1:22420273-22420287promoter 内 1448-1462 bp - 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 22422826-22424163(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGAAAGCGG
SmilChr06G003300 Chr06 NC_080392.1:45547514-45547528promoter 内 1405-1419 bp + 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 45527310-45544932(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCGGTGGCGCGGG
SmilChr02G001544 Chr02 NC_080388.1:28696479-28696493promoter 内 1403-1417 bp - 2584 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 28690398-28693895(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCACTCCACCGCCG
SmilChr04G000141 Chr04 NC_080390.1:1211311-1211325promoter 内 1307-1321 bp + 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1205391-1208631(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGAGGTGGAGGTGG
SmilChr06G000493 Chr06 NC_080392.1:4034345-4034359promoter 内 1145-1159 bp + 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4037201-4038940(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCTCCACCGCTC
SmilChr01G004558 Chr01 NC_080387.1:63668049-63668063promoter 内 1132-1146 bp + 2855 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 63670918-63672419(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCGCACCACCGCCT
SmilChr08G002817 Chr08 NC_080394.1:27992293-27992307promoter 内 1130-1144 bp - 2857 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 27995164-27997666(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGAGGTGGAGGTGG
SmilChr07G002983 Chr07 NC_080393.1:30396369-30396383promoter 内 1123-1137 bp + 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 30399247-30403463(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCTCCACCGACT
SmilChr06G002663 Chr06 NC_080392.1:38473382-38473396promoter 内 1119-1133 bp - 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 38469561-38470514(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCGTCACCGCCA
SmilChr02G000557 Chr02 NC_080388.1:7868258-7868272promoter 内 1113-1127 bp - 2874 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 7862719-7865384(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCTGCCACCGCTT
SmilChr08G003247 Chr08 NC_080394.1:33426968-33426982promoter 内 1078-1092 bp - 2909 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 33423013-33424059(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCTGCCACCGCTT
SmilChr07G003842 Chr07 NC_080393.1:47620953-47620967promoter 内 1000-1014 bp - 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 47617115-47617966(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCTGCCACCGCTT
SmilChr03G001681 Chr03 NC_080389.1:22158960-22158974promoter 内 998-1012 bp + 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 22161963-22169280(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACCGTCCACCGCCT
SmilChr07G002682 Chr07 NC_080393.1:26233546-26233560promoter 内 987-1001 bp + 3000 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 26227546-26230546(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCGGTGGAGGCTG
SmilChr07G003916 Chr07 NC_080393.1:49432115-49432129promoter 内 843-857 bp - 3144 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 49423566-49428971(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCGCACCACCGCCT
SmilChr01G001564 Chr01 NC_080387.1:29672205-29672219promoter 内 746-760 bp + 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 29666012-29668964(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGAGC
SmilChr02G001524 Chr02 NC_080388.1:28368887-28368901promoter 内 665-679 bp + 3322 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 28372223-28372725(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATGCCGCCACCGCCC
SmilChr05G002846 Chr05 NC_080391.1:33936916-33936930promoter 内 636-650 bp - 3351 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 33940281-33942272(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGCAGCTG
SmilChr05G001714 Chr05 NC_080391.1:16402772-16402786promoter 内 574-588 bp + 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16406199-16408144(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGTTTCCACCGCCG
SmilChr08G000802 Chr08 NC_080394.1:5879820-5879834promoter 内 531-545 bp + 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 5883290-5886873(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCTCCA
SmilChr04G002733 Chr04 NC_080390.1:42998532-42998546promoter 内 358-372 bp - 3629 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 43002175-43002248(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGAGA
SmilChr03G000096 Chr03 NC_080389.1:1062928-1062942promoter 内 243-257 bp + 3744 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1066686-1072914(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCGTCACCGCCA