转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 94 / 134 下载 TSV

上一页 94 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001125 Chr03 NC_080389.1:12949142-12949156promoter 内 592-606 bp + 3395 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 12952551-12958573(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAAATAATGATTTT
SmilChr02G003847 Chr02 NC_080388.1:60221847-60221861promoter 内 572-586 bp + 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 60217041-60218432(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGATTGC
SmilChr01G001713 Chr01 NC_080387.1:31604042-31604056promoter 内 566-580 bp - 3421 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 31598249-31600621(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACTGACGATGATTAT
SmilChr02G002306 Chr02 NC_080388.1:40680754-40680768promoter 内 510-524 bp - 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 40684245-40687671(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GACATCATTATTTAC
SmilChr03G003115 Chr03 NC_080389.1:48280843-48280857promoter 内 504-518 bp + 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48274473-48277360(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTTCCACC
SmilChr02G001121 Chr02 NC_080388.1:20212425-20212439promoter 内 462-476 bp + 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 20206755-20208900(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATAATTACTTTC
SmilChr01G004907 Chr01 NC_080387.1:67108119-67108133promoter 内 455-469 bp - 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 67111665-67112350(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATGTTC
SmilChr03G003022 Chr03 NC_080389.1:47122545-47122559promoter 内 431-445 bp - 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 47115833-47118989(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CGTCCTAATGATTAA
SmilChr03G002524 Chr03 NC_080389.1:40233309-40233323promoter 内 417-431 bp - 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 40226530-40229739(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATATAATGATAAC
SmilChr01G001531 Chr01 NC_080387.1:29300842-29300856promoter 内 394-408 bp + 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 29304449-29306676(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTTATGATGATTAG
SmilChr02G001645 Chr02 NC_080388.1:30521154-30521168promoter 内 311-325 bp + 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 30524844-30526432(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCACCTAATGATGAT
SmilChr02G005527 Chr02 NC_080388.1:75343650-75343664promoter 内 188-202 bp + 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 75338660-75339851(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTGAGTTT
SmilChr01G002612 Chr01 NC_080387.1:44371284-44371298promoter 内 178-192 bp + 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 44375107-44380066(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAAATGATGATTAA
SmilChr02G003719 Chr02 NC_080388.1:58804173-58804187promoter 内 145-159 bp + 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 58808029-58810717(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAAATGATGATTAA
SmilChr01G003322 Chr01 NC_080387.1:51926994-51927008promoter 内 69-83 bp - 3918 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 51920813-51923076(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATAGAAATGATTAA
SmilChr02G004168 Chr02 NC_080388.1:63992562-63992576promoter 内 58-72 bp - 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 63982161-63988633(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTTCTAATGATTGA
SmilChr01G002334 Chr01 NC_080387.1:40503937-40503951promoter 内 19-33 bp - 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 40495964-40499969(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTAAAATGATTAT
SmilChr01G005084 Chr01 NC_080387.1:68720131-68720145promoter 内 3132-3146 bp - 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 68721000-68722304(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTGTACTG
SmilChr02G002094 Chr02 NC_080388.1:37592938-37592952promoter 内 2236-2250 bp + 1751 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 37594703-37595305(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGTATTAATGATGAT
SmilChr02G004879 Chr02 NC_080388.1:70879624-70879638promoter 内 1822-1836 bp + 2165 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 70876207-70877459(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGTGTAA
SmilChr01G005708 Chr01 NC_080387.1:73313323-73313337promoter 内 1786-1800 bp - 2201 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 73315538-73316278(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTAACACA
SmilChr01G003762 Chr01 NC_080387.1:56013244-56013258promoter 内 3959-3973 bp + 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 56009360-56013216(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAAAATA
SmilChr02G003143 Chr02 NC_080388.1:52440515-52440529promoter 内 3765-3779 bp - 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 52439416-52440293(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAACTGATGATTAT
SmilChr01G005059 Chr01 NC_080387.1:68500290-68500304promoter 内 3678-3692 bp - 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 68500613-68523773(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTAGAGAT
SmilChr02G001964 Chr02 NC_080388.1:35453333-35453347promoter 内 3640-3654 bp + 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 35453694-35454591(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACGGATGATGATTAG
SmilChr01G003004 Chr01 NC_080387.1:49036221-49036235promoter 内 3596-3610 bp + 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 49027842-49035830(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTTCATGA
SmilChr02G005264 Chr02 NC_080388.1:73739037-73739051promoter 内 3524-3538 bp - 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 73734651-73738574(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATGAAAATGATTAA
SmilChr02G003962 Chr02 NC_080388.1:61783578-61783592promoter 内 3490-3504 bp + 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 61784089-61785619(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATATTGATGATTAT
SmilChr03G001352 Chr03 NC_080389.1:15779681-15779695promoter 内 3383-3397 bp - 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 15780299-15782533(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATAACCAAT
SmilChr02G005240 Chr02 NC_080388.1:73576603-73576617promoter 内 2954-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 73572201-73575570(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTGAGATGATTAT
SmilChr03G001365 Chr03 NC_080389.1:15997085-15997099promoter 内 2468-2482 bp - 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 15998618-15999364(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTGATTCC
SmilChr01G002063 Chr01 NC_080387.1:36459565-36459579promoter 内 2241-2255 bp - 1746 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 36461325-36463456(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATCTCCATT
SmilChr02G003808 Chr02 NC_080388.1:59715640-59715654promoter 内 2070-2084 bp - 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 59712965-59713723(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGGGATGATGATTAA
SmilChr02G002296 Chr02 NC_080388.1:40500768-40500782promoter 内 1903-1917 bp + 2084 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 40502866-40506043(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGTGTTAATGATTAT
SmilChr02G003040 Chr02 NC_080388.1:51144269-51144283promoter 内 1897-1911 bp + 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 51146373-51148060(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAAAAATGATTAG
SmilChr01G000422 Chr01 NC_080387.1:8483673-8483687promoter 内 1620-1634 bp + 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 8472285-8481306(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAATCATTACCAAT
SmilChr01G005005 Chr01 NC_080387.1:68102700-68102714promoter 内 1455-1469 bp - 2532 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 68105246-68107456(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTGTAGTT
SmilChr03G002500 Chr03 NC_080389.1:39828012-39828026promoter 内 963-977 bp + 3024 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 39831050-39831934(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCTGTAATGATAAC
SmilChr01G005480 Chr01 NC_080387.1:71781693-71781707promoter 内 925-939 bp - 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 71775356-71778631(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATCCTAATGATAAC
SmilChr01G001469 Chr01 NC_080387.1:28480219-28480233promoter 内 829-843 bp + 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 28471739-28477061(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAATCATTACATAC
SmilChr03G000662 Chr03 NC_080389.1:7412252-7412266promoter 内 706-720 bp + 3281 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 7405691-7408971(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCAGGCTT
SmilChr02G000457 Chr02 NC_080388.1:6097882-6097896promoter 内 604-618 bp - 3383 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 6101279-6102811(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAATCATTACATAC
SmilChr01G003882 Chr01 NC_080387.1:57156158-57156172promoter 内 93-107 bp + 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 57148718-57152264(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTAACAAT
SmilChr02G001950 Chr02 NC_080388.1:35186906-35186920promoter 内 3974-3988 bp + 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 35186933-35203320(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTCCTAATGATTGG
SmilChr02G002858 Chr02 NC_080388.1:48771658-48771672promoter 内 3937-3951 bp - 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 48771722-48772641(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAATCATTACCAAT
SmilChr01G003823 Chr01 NC_080387.1:56560188-56560202promoter 内 3832-3846 bp + 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 56560357-56560430(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAAGTAATGATTTG
SmilChr01G003694 Chr01 NC_080387.1:55303083-55303097promoter 内 3785-3799 bp - 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 55300022-55302881(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTTTAATGATGGG
SmilChr02G005010 Chr02 NC_080388.1:71901926-71901940promoter 内 3714-3728 bp + 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 71902213-71908333(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTGGTAATGATTTT
SmilChr02G005493 Chr02 NC_080388.1:75088581-75088595promoter 内 3647-3661 bp - 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 75088935-75096699(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAATCATTATATTA
SmilChr01G000452 Chr01 NC_080387.1:9194738-9194752promoter 内 3642-3656 bp + 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 9195097-9197295(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGAAGTAATTATGGC