转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 96 / 138 下载 TSV

上一页 96 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005504 Chr01 NC_080387.1:71906373-71906387promoter 内 2707-2721 bp + 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71903118-71905093(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGCCCTCA
SmilChr08G003637 Chr08 NC_080394.1:39697319-39697333promoter 内 2693-2707 bp - 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 39693986-39696025(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TACTTCCTACCGTTG
SmilChr01G004585 Chr01 NC_080387.1:63879735-63879749promoter 内 2661-2675 bp - 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 63881075-63883595(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAATAAAG
SmilChr04G003439 Chr04 NC_080390.1:50930934-50930948promoter 内 2652-2666 bp - 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 50926055-50929599(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGTAGAGAACCGTTG
SmilChr02G004942 Chr02 NC_080388.1:71365480-71365494promoter 内 2640-2654 bp + 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71366841-71374911(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCTTCAGAACCGTTG
SmilChr04G001337 Chr04 NC_080390.1:21592069-21592083promoter 内 2568-2582 bp - 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 21588943-21590650(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACGATCATACCGTTG
SmilChr04G000354 Chr04 NC_080390.1:3372285-3372299promoter 内 2499-2513 bp - 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3367829-3370797(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCATCTAAACCGTTG
SmilChr04G003733 Chr04 NC_080390.1:53634419-53634433promoter 内 2433-2447 bp + 1554 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 53635987-53638582(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTTTGGGGACCGTTA
SmilChr01G004584 Chr01 NC_080387.1:63879735-63879749promoter 内 2432-2446 bp - 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 63876407-63878180(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTTTATTGACCGTTT
SmilChr04G002808 Chr04 NC_080390.1:44008063-44008077promoter 内 2395-2409 bp - 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 44009669-44011722(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCTGAAGA
SmilChr04G001791 Chr04 NC_080390.1:29354652-29354666promoter 内 2340-2354 bp - 1647 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 29352493-29353005(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCATCCAAACCGTTG
SmilChr07G001248 Chr07 NC_080393.1:9592414-9592428promoter 内 2312-2326 bp + 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 9594103-9598473(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GAATTAAGACCGTTT
SmilChr01G004236 Chr01 NC_080387.1:60710790-60710804promoter 内 2302-2316 bp - 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 60708292-60709105(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACACCACAACCGTTG
SmilChr01G004949 Chr01 NC_080387.1:67576217-67576231promoter 内 2290-2304 bp - 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 67577928-67581118(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTAGTTAA
SmilChr03G001875 Chr03 NC_080389.1:26016845-26016859promoter 内 2275-2289 bp - 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 26018571-26022345(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGTTAATC
SmilChr01G001202 Chr01 NC_080387.1:24221524-24221538promoter 内 2249-2263 bp + 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 24217353-24219786(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAGTCAAA
SmilChr06G000547 Chr06 NC_080392.1:4564532-4564546promoter 内 2241-2255 bp + 1746 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4566292-4568473(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGGCTTTAACCGTTG
SmilChr08G004144 Chr08 NC_080394.1:50487267-50487281promoter 内 2162-2176 bp + 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 50489106-50490008(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TACTTCCTACCGTTG
SmilChr03G002352 Chr03 NC_080389.1:37157118-37157132promoter 内 2151-2165 bp + 1836 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 37158968-37164609(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTAATTCGACCGTTT
SmilChr06G002439 Chr06 NC_080392.1:35141175-35141189promoter 内 2131-2145 bp + 1856 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 35143045-35143452(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATTACAAGACCGTTA
SmilChr06G001048 Chr06 NC_080392.1:10346937-10346951promoter 内 2084-2098 bp + 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 10348854-10350723(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACTCCCTTACCGTTG
SmilChr04G002254 Chr04 NC_080390.1:36511342-36511356promoter 内 2021-2035 bp + 1966 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 36513322-36514476(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATCAATAGACCGTTG
SmilChr06G001851 Chr06 NC_080392.1:21883916-21883930promoter 内 1932-1946 bp - 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 21885985-21888130(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGGAAGTA
SmilChr06G000089 Chr06 NC_080392.1:633197-633211promoter 内 1904-1918 bp - 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 635294-636451(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCTGAAGA
SmilChr01G005868 Chr01 NC_080387.1:74623074-74623088promoter 内 1855-1869 bp - 2132 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 74618551-74620942(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TACTTCCTACCGTTG
SmilChr03G001835 Chr03 NC_080389.1:25183085-25183099promoter 内 1841-1855 bp - 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 25179806-25180939(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATGATCAACCGTTG
SmilChr05G003743 Chr05 NC_080391.1:50543765-50543779promoter 内 1811-1825 bp + 2176 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 50531687-50541589(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGACAACC
SmilChr08G003055 Chr08 NC_080394.1:30709573-30709587promoter 内 1697-1711 bp - 2290 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 30703923-30707283(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCGATCTGACCGTTT
SmilChr05G002266 Chr05 NC_080391.1:24361549-24361563promoter 内 1688-1702 bp - 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 24363862-24366653(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCTAATAAA
SmilChr04G000257 Chr04 NC_080390.1:2344961-2344975promoter 内 1634-1648 bp + 2353 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2341092-2342608(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCTGAAGA
SmilChr08G003221 Chr08 NC_080394.1:33077790-33077804promoter 内 1595-1609 bp + 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33073433-33075398(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGACAAGT
SmilChr08G002709 Chr08 NC_080394.1:26644164-26644178promoter 内 1567-1581 bp + 2420 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 26646598-26649373(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TACATCTGACCGTTT
SmilChr02G000788 Chr02 NC_080388.1:12956964-12956978promoter 内 1544-1558 bp + 2443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 12959421-12959777(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACAACACGACCGTTT
SmilChr01G002353 Chr01 NC_080387.1:40703401-40703415promoter 内 1518-1532 bp - 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40680169-40700932(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCAATTCGACCGTTT
SmilChr01G000976 Chr01 NC_080387.1:20637424-20637438promoter 内 1398-1412 bp + 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 20630201-20634835(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGGAAGTA
SmilChr02G001057 Chr02 NC_080388.1:18823250-18823264promoter 内 1389-1403 bp + 2598 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 18825862-18827670(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CGAGAGGAACCGTTG
SmilChr06G003239 Chr06 NC_080392.1:45105181-45105195promoter 内 1335-1349 bp - 2652 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 45089431-45102529(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTTTGGGGACCGTTA
SmilChr07G003237 Chr07 NC_080393.1:34339931-34339945promoter 内 1326-1340 bp + 2661 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 34337138-34337270(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCAAGGCAA
SmilChr05G001731 Chr05 NC_080391.1:16727767-16727781promoter 内 1300-1314 bp + 2687 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16724502-16725080(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGTGAAAG
SmilChr01G004235 Chr01 NC_080387.1:60710790-60710804promoter 内 1279-1293 bp - 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 60707062-60708082(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACACCACAACCGTTG
SmilChr03G003587 Chr03 NC_080389.1:54498312-54498326promoter 内 1250-1264 bp + 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54501063-54503556(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGTCCTTAACCGTTG
SmilChr01G004453 Chr01 NC_080387.1:62654546-62654560promoter 内 1168-1182 bp + 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 62657379-62661525(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAAGCTCAACCGTTG
SmilChr03G004050 Chr03 NC_080389.1:59461998-59462012promoter 内 1161-1175 bp - 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 59464838-59465778(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCTGAAGA
SmilChr07G003236 Chr07 NC_080393.1:34339931-34339945promoter 内 1088-1102 bp + 2899 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 34336899-34337032(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCAAGGCAA
SmilChr06G000545 Chr06 NC_080392.1:4564532-4564546promoter 内 1081-1095 bp + 2906 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4558639-4561626(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTAAAGCCA
SmilChr02G004939 Chr02 NC_080388.1:71365480-71365494promoter 内 1072-1086 bp + 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71360734-71362565(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTCTGAAGA
SmilChr03G002243 Chr03 NC_080389.1:35391177-35391191promoter 内 1047-1061 bp - 2940 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 35384450-35388237(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GACCTCCGACCGTTG
SmilChr04G000351 Chr04 NC_080390.1:3312113-3312127promoter 内 1040-1054 bp + 2947 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3315074-3316287(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CACTTATGACCGTTT
SmilChr08G003577 Chr08 NC_080394.1:38494560-38494574promoter 内 1038-1052 bp + 2949 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 38497523-38500965(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TACTTCCTACCGTTG
SmilChr02G004557 Chr02 NC_080388.1:68098848-68098862promoter 内 1021-1035 bp + 2966 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 68101828-68103606(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGGAGCGAACCGTTG