转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 97 / 135 下载 TSV

上一页 97 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003350 Chr02 NC_080388.1:54694022-54694036promoter 内 723-737 bp - 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 54688348-54690758(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTACCCTTATCTGA
SmilChr02G001435 Chr02 NC_080388.1:27046395-27046409promoter 内 714-728 bp + 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27049682-27054230(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCACTCCTTATCAAT
SmilChr02G000671 Chr02 NC_080388.1:10356313-10356327promoter 内 711-725 bp + 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 10352142-10353037(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G002639 Chr01 NC_080387.1:44680040-44680054promoter 内 681-695 bp + 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 44675989-44676734(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATAAGGCAGTA
SmilChr01G000904 Chr01 NC_080387.1:19093868-19093882promoter 内 673-687 bp + 3314 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 19086795-19090554(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G000977 Chr01 NC_080387.1:20667459-20667473promoter 内 599-613 bp + 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 20662598-20664071(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G000658 Chr01 NC_080387.1:14683767-14683781promoter 内 598-612 bp - 3389 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 14687170-14689566(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G000134 Chr01 NC_080387.1:2267230-2267244promoter 内 588-602 bp + 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 2270643-2271913(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr01G000670 Chr01 NC_080387.1:14839147-14839161promoter 内 578-592 bp + 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 14835325-14835738(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G004717 Chr01 NC_080387.1:65373593-65373607promoter 内 578-592 bp + 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 65377016-65378790(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACGCCCTTATCTCC
SmilChr02G001307 Chr02 NC_080388.1:24315210-24315224promoter 内 573-587 bp - 3414 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 24318638-24321474(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G000326 Chr01 NC_080387.1:6567924-6567938promoter 内 560-574 bp - 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 6559594-6564497(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr03G002229 Chr03 NC_080389.1:35191144-35191158promoter 内 532-546 bp - 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 35186619-35187689(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr01G000548 Chr01 NC_080387.1:11343705-11343719promoter 内 528-542 bp - 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 11347178-11347583(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr03G001896 Chr03 NC_080389.1:26514760-26514774promoter 内 522-536 bp + 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 26498761-26511295(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr02G001015 Chr02 NC_080388.1:17893765-17893779promoter 内 472-486 bp - 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 17888415-17890250(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr02G002668 Chr02 NC_080388.1:46183355-46183369promoter 内 431-445 bp + 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 46186925-46187875(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGCGGCCTTATCTCC
SmilChr03G002371 Chr03 NC_080389.1:37340454-37340468promoter 内 420-434 bp - 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 37334565-37336887(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr03G000363 Chr03 NC_080389.1:4073163-4073177promoter 内 412-426 bp + 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 4076752-4077935(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr02G000089 Chr02 NC_080388.1:1156745-1156759promoter 内 390-404 bp + 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1160356-1161657(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAATCCTTATCACT
SmilChr01G000292 Chr01 NC_080387.1:5712310-5712324promoter 内 389-403 bp - 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 5706918-5708712(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr03G002400 Chr03 NC_080389.1:38061882-38061896promoter 内 368-382 bp + 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 38065515-38065859(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr03G002186 Chr03 NC_080389.1:34125023-34125037promoter 内 367-381 bp + 3620 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 34120726-34121403(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G000282 Chr01 NC_080387.1:5536894-5536908promoter 内 361-375 bp - 3626 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 5531763-5533268(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr02G003460 Chr02 NC_080388.1:55893283-55893297promoter 内 336-350 bp - 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 55896948-55897020(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGGCACCC
SmilChr01G001102 Chr01 NC_080387.1:22545788-22545802promoter 内 332-346 bp - 3655 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22549457-22555678(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr03G001814 Chr03 NC_080389.1:24808960-24808974promoter 内 296-310 bp + 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 24802597-24805269(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G001258 Chr01 NC_080387.1:25283058-25283072promoter 内 254-268 bp - 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 25265830-25279325(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGTTTCTTATCCCT
SmilChr03G001862 Chr03 NC_080389.1:25708010-25708024promoter 内 228-242 bp + 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 25711783-25712259(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr01G000224 Chr01 NC_080387.1:3977107-3977121promoter 内 215-229 bp - 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 3980893-3981438(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr02G001624 Chr02 NC_080388.1:30166144-30166158promoter 内 194-208 bp - 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 30169951-30171198(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATGACATC
SmilChr01G000547 Chr01 NC_080387.1:11303321-11303335promoter 内 146-160 bp + 3841 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 11307176-11308469(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr03G002583 Chr03 NC_080389.1:41088865-41088879promoter 内 52-66 bp - 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 41092814-41094075(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATGCAGAT
SmilChr03G001943 Chr03 NC_080389.1:27692329-27692343promoter 内 29-43 bp - 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27682189-27688371(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGTCATTATCCTA
SmilChr01G004134 Chr01 NC_080387.1:59855297-59855311promoter 内 2209-2223 bp - 1778 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 59857089-59858572(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGGTTCT
SmilChr02G003606 Chr02 NC_080388.1:57312735-57312749promoter 内 1696-1710 bp - 2291 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 57304569-57310444(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTTCTCTTATCCAA
SmilChr01G000695 Chr01 NC_080387.1:15587150-15587164promoter 内 837-851 bp - 3150 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 15590314-15592030(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCTGATAAGGTCGCC
SmilChr02G002951 Chr02 NC_080388.1:50057007-50057021promoter 内 3808-3822 bp + 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 50052333-50056828(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGAATAAT
SmilChr02G004324 Chr02 NC_080388.1:65542355-65542369promoter 内 3725-3739 bp - 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 65539701-65542093(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTTTCATTATCCTT
SmilChr03G002517 Chr03 NC_080389.1:40099244-40099258promoter 内 3457-3471 bp + 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 40097042-40098714(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACATGATA
SmilChr01G004702 Chr01 NC_080387.1:65134272-65134286promoter 内 3253-3267 bp - 734 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 65130043-65133538(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAACCCTTATCTTT
SmilChr03G000404 Chr03 NC_080389.1:4401269-4401283promoter 内 2799-2813 bp + 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 4396603-4400081(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGCTACTC
SmilChr02G000193 Chr02 NC_080388.1:2411456-2411470promoter 内 2686-2700 bp - 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 2412771-2413870(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGTTTATT
SmilChr03G002750 Chr03 NC_080389.1:43679455-43679469promoter 内 2628-2642 bp + 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 43680828-43688933(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATTATCATATCCTC
SmilChr03G000067 Chr03 NC_080389.1:769384-769398promoter 内 2372-2386 bp - 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 766367-767769(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGAGCTTATCCAA
SmilChr03G000564 Chr03 NC_080389.1:6146109-6146123promoter 内 2207-2221 bp + 1780 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 6147903-6148009(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCACTTGTTATCCTC
SmilChr03G000122 Chr03 NC_080389.1:1321698-1321712promoter 内 2009-2023 bp + 1978 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 1323690-1324707(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGAGCTTATCCAA
SmilChr02G003607 Chr02 NC_080388.1:57315650-57315664promoter 内 1979-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 57311917-57313642(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATTTTC
SmilChr01G002679 Chr01 NC_080387.1:44998301-44998315promoter 内 1961-1975 bp - 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 44995205-44996275(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTTTTGTTATCCTT
SmilChr02G003548 Chr02 NC_080388.1:56629660-56629674promoter 内 1809-1823 bp - 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 56620362-56627482(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTTCTCTTATCCAA