转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 97 / 164 下载 TSV

上一页 97 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000326 Chr07 NC_080393.1:2228660-2228674promoter 内 1396-1410 bp + 2591 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2220627-2226069(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCACCTACCGCACC
SmilChr07G000061 Chr07 NC_080393.1:280829-280843promoter 内 1337-1351 bp + 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 276027-278179(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCGCAGC
SmilChr02G002256 Chr02 NC_080388.1:39993471-39993485promoter 内 1326-1340 bp + 2661 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 39996146-40004715(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAAAAGGTAGGTTAG
SmilChr06G002587 Chr06 NC_080392.1:37079066-37079080promoter 内 1287-1301 bp - 2700 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 37075459-37076366(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCTAGGTAGGTTAA
SmilChr08G001723 Chr08 NC_080394.1:14486391-14486405promoter 内 1189-1203 bp + 2798 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 14477633-14483593(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACTCTAC
SmilChr07G001080 Chr07 NC_080393.1:7921419-7921433promoter 内 1174-1188 bp - 2813 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 7924246-7926985(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTACCTACCTTACT
SmilChr04G000238 Chr04 NC_080390.1:2135140-2135154promoter 内 1162-1176 bp - 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2137979-2141645(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAACCTACCAACCT
SmilChr01G005708 Chr01 NC_080387.1:73312695-73312709promoter 内 1158-1172 bp + 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 73315538-73316278(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTATTGGTAGGTTCG
SmilChr05G001749 Chr05 NC_080391.1:17031169-17031183promoter 内 1149-1163 bp - 2838 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 17034021-17036216(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTACTTC
SmilChr01G000775 Chr01 NC_080387.1:16875139-16875153promoter 内 1140-1154 bp - 2847 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 16869258-16872292(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTGCGGTAGGTGGC
SmilChr07G000755 Chr07 NC_080393.1:5324330-5324344promoter 内 1114-1128 bp - 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 5318159-5321457(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTAAGGTAGGTGAT
SmilChr04G004184 Chr04 NC_080390.1:56404542-56404556promoter 内 1072-1086 bp - 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 56399455-56401627(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGAGAGGTAGGTTTG
SmilChr02G003907 Chr02 NC_080388.1:61124078-61124092promoter 内 959-973 bp + 3028 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 61127120-61129344(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGAAGTTAGGTGAA
SmilChr07G002234 Chr07 NC_080393.1:20546604-20546618promoter 内 936-950 bp - 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 20540975-20543553(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATAGAGTAGGTGGA
SmilChr04G001539 Chr04 NC_080390.1:25352316-25352330promoter 内 896-910 bp - 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 25346518-25349225(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAAAGGTAGGTGTC
SmilChr07G000757 Chr07 NC_080393.1:5324330-5324344promoter 内 834-848 bp - 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 5327497-5328980(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCTTAAA
SmilChr05G004062 Chr05 NC_080391.1:54569590-54569604promoter 内 807-821 bp + 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 54572784-54573864(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTGCGGTAGGTGGC
SmilChr05G003662 Chr05 NC_080391.1:49414096-49414110promoter 内 690-704 bp + 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 49407255-49410799(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAACCTACCTAATG
SmilChr05G003649 Chr05 NC_080391.1:49050594-49050608promoter 内 682-696 bp - 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 49053913-49057434(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAACCTACCTAATG
SmilChr01G005053 Chr01 NC_080387.1:68468022-68468036promoter 内 655-669 bp - 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 68471368-68474383(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCGCAGC
SmilChr01G005658 Chr01 NC_080387.1:72934263-72934277promoter 内 649-663 bp - 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 72929350-72930925(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGATGGGTAGGTGAT
SmilChr05G001866 Chr05 NC_080391.1:18769671-18769685promoter 内 632-646 bp - 3355 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 18773040-18774223(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCCCACC
SmilChr01G002575 Chr01 NC_080387.1:43885840-43885854promoter 内 561-575 bp - 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 43889280-43889404(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTTTTTC
SmilChr01G005854 Chr01 NC_080387.1:74483669-74483683promoter 内 504-518 bp + 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 74487166-74489373(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAGAAGTAGGTGAA
SmilChr03G003548 Chr03 NC_080389.1:54106165-54106179promoter 内 469-483 bp + 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 54109697-54111990(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTTATTAGGTGAG
SmilChr02G003904 Chr02 NC_080388.1:61124078-61124092promoter 内 448-462 bp + 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 61115982-61120539(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACTTCAA
SmilChr02G001578 Chr02 NC_080388.1:29376202-29376216promoter 内 429-443 bp + 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 29379774-29381798(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCGGAGTAGGTGGA
SmilChr01G005258 Chr01 NC_080387.1:70071763-70071777promoter 内 421-435 bp - 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 70075343-70078703(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACTATTCA
SmilChr03G001156 Chr03 NC_080389.1:13348922-13348936promoter 内 368-382 bp + 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 13343876-13345303(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTCCGGC
SmilChr07G002983 Chr07 NC_080393.1:30395583-30395597promoter 内 337-351 bp - 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 30399247-30403463(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAACCTACCAACCT
SmilChr02G000850 Chr02 NC_080388.1:14415389-14415403promoter 内 330-344 bp + 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 14419060-14422020(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGTGTGGTAGGTTTG
SmilChr04G004168 Chr04 NC_080390.1:56325667-56325681promoter 内 286-300 bp + 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 56318929-56321966(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTACCTACCAAAAA
SmilChr02G000848 Chr02 NC_080388.1:14415389-14415403promoter 内 282-296 bp + 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 14410321-14411684(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCACACG
SmilChr07G000647 Chr07 NC_080393.1:4350916-4350930promoter 内 266-280 bp + 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 4354651-4360245(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGATGGGTAGGTGAT
SmilChr08G000279 Chr08 NC_080394.1:1915679-1915693promoter 内 249-263 bp - 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1906501-1911941(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAATGGTAGGTTGC
SmilChr04G001956 Chr04 NC_080390.1:31752413-31752427promoter 内 235-249 bp + 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 31744718-31748661(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCGCCGT
SmilChr03G000663 Chr03 NC_080389.1:7433202-7433216promoter 内 205-219 bp + 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 7436998-7438713(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAGGGGTAGGTAAC
SmilChr07G002285 Chr07 NC_080393.1:21114707-21114721promoter 内 16-30 bp + 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 21118692-21119777(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAATGGTAGGTGAT
SmilChr05G000022 Chr05 NC_080391.1:89551-89565promoter 内 85-99 bp - 3902 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 4 93467-97139(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCGCCGT
SmilChr01G000645 Chr01 NC_080387.1:14439753-14439767promoter 内 3815-3829 bp + 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 14439939-14443084(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATTTGGTAGGTGTT
SmilChr05G000146 Chr05 NC_080391.1:1188537-1188551promoter 内 3555-3569 bp + 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 1188983-1190697(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACGGCGGTAGGTGGT
SmilChr04G002245 Chr04 NC_080390.1:36238832-36238846promoter 内 3236-3250 bp + 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 36233631-36238081(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCTTTTG
SmilChr06G003287 Chr06 NC_080392.1:45439132-45439146promoter 内 2130-2144 bp + 1857 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 45429592-45437275(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GACACCTACCGCCCC
SmilChr07G001989 Chr07 NC_080393.1:17546125-17546139promoter 内 1088-1102 bp + 2899 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 17549038-17550004(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTGCGGTAGGTGAC
SmilChr01G004096 Chr01 NC_080387.1:59412215-59412229promoter 内 1058-1072 bp + 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 59415158-59418135(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AACAGAGTAGGTGGA
SmilChr02G001143 Chr02 NC_080388.1:20728441-20728455promoter 内 242-256 bp - 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 20718475-20724696(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCTAGGTAGGTGTC
SmilChr08G001223 Chr08 NC_080394.1:9878919-9878933promoter 内 158-172 bp - 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 9882762-9887121(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTCTGTT
SmilChr04G003128 Chr04 NC_080390.1:47891212-47891226promoter 内 3968-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 47888262-47891193(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTCCCAC
SmilChr04G003129 Chr04 NC_080390.1:47900830-47900844promoter 内 3968-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 47897872-47900811(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTCCCAC
SmilChr01G000665 Chr01 NC_080387.1:14789187-14789201promoter 内 3961-3975 bp - 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 14789227-14791935(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTCCCAC