转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 99 / 152 下载 TSV

上一页 99 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004381 Chr01 NC_080387.1:61997441-61997459promoter 内 1381-1399 bp + 2602 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 62000061-62002883(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTCGCCAACCAACTTAAG
SmilChr02G002863 Chr02 NC_080388.1:48805720-48805738promoter 内 1355-1373 bp + 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 48796898-48803092(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATGAGTGGTTGAAATTG
SmilChr01G002200 Chr01 NC_080387.1:38276005-38276023promoter 内 1348-1366 bp + 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 38278658-38283020(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATCTCAACCACAACTTT
SmilChr01G002221 Chr01 NC_080387.1:38611708-38611726promoter 内 1345-1363 bp + 2638 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 38614364-38618732(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATCTCAACCACAACTTT
SmilChr02G002327 Chr02 NC_080388.1:40950816-40950834promoter 内 1337-1355 bp - 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40953480-40954485(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGCGGTGGTTGCACGAC
SmilChr03G001108 Chr03 NC_080389.1:12757711-12757729promoter 内 1314-1332 bp + 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12760398-12762335(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTATTCCAACTACAACTCA
SmilChr01G000063 Chr01 NC_080387.1:1054382-1054400promoter 内 1304-1322 bp + 2679 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1048335-1051703(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAGAGGTGGTGGGCGGGG
SmilChr03G003853 Chr03 NC_080389.1:57636968-57636986promoter 内 1275-1293 bp + 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57639694-57644064(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCGGCCAACCACCCCAAA
SmilChr01G001923 Chr01 NC_080387.1:34375402-34375420promoter 内 1253-1271 bp - 2730 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34378150-34381522(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGACGAA
SmilChr01G002649 Chr01 NC_080387.1:44815660-44815678promoter 内 1252-1270 bp + 2731 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44812550-44812929(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAAAGGTAGTTGAATGTA
SmilChr03G004182 Chr03 NC_080389.1:60536864-60536882promoter 内 1207-1225 bp - 2776 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60539658-60542483(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATAAGGTGGTTGTTACAT
SmilChr01G001982 Chr01 NC_080387.1:35215285-35215303promoter 内 1198-1216 bp - 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 35210483-35212500(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTACCCAACCACTAATAA
SmilChr04G002066 Chr04 NC_080390.1:33423462-33423480promoter 内 1196-1214 bp + 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 33419599-33420675(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAAAAATGGTTGGGGAAA
SmilChr05G001030 Chr05 NC_080391.1:8446092-8446110promoter 内 1196-1214 bp - 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8448897-8455607(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTGTGTTGGTTGGGATGC
SmilChr03G000880 Chr03 NC_080389.1:9996012-9996030promoter 内 1195-1213 bp - 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9998818-10003304(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGACGAA
SmilChr01G005472 Chr01 NC_080387.1:71694850-71694868promoter 内 1191-1209 bp - 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 71697660-71701511(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCACTGTGGTTGGAACTC
SmilChr02G004232 Chr02 NC_080388.1:64504230-64504248promoter 内 1191-1209 bp + 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 64507040-64508217(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTACTCAACCACTATGGA
SmilChr04G001094 Chr04 NC_080390.1:15651374-15651392promoter 内 1134-1152 bp - 2849 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 15654241-15656138(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGAAGTGGTTGTTAACT
SmilChr01G001983 Chr01 NC_080387.1:35215285-35215303promoter 内 1065-1083 bp - 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 35218221-35220823(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTATTAGTGGTTGGGTAAT
SmilChr04G000978 Chr04 NC_080390.1:13174112-13174130promoter 内 1033-1051 bp - 2950 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 13177080-13178379(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTTCTGTGGTTGGGCTTG
SmilChr04G003240 Chr04 NC_080390.1:49184805-49184823promoter 内 1015-1033 bp - 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49179459-49181837(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACAACCTTTTC
SmilChr05G002373 Chr05 NC_080391.1:26004424-26004442promoter 内 949-967 bp + 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26000980-26001390(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGTGTGTGGTTGAGTGTG
SmilChr01G005891 Chr01 NC_080387.1:74849407-74849425promoter 内 916-934 bp - 3067 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 74852492-74855151(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGAGAGTGGTTGGCCGAT
SmilChr02G002437 Chr02 NC_080388.1:42533768-42533786promoter 内 915-933 bp + 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42527911-42530700(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCATAGTGGTTGAGTAAG
SmilChr02G004381 Chr02 NC_080388.1:66162070-66162088promoter 内 905-923 bp - 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 66165166-66169186(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGACGGTGGTTGTTGGTT
SmilChr03G003721 Chr03 NC_080389.1:56228178-56228196promoter 内 883-901 bp - 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56217161-56225078(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACGCCCAACCATCTCTGT
SmilChr04G000871 Chr04 NC_080390.1:11027047-11027065promoter 内 869-887 bp - 3114 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 11022968-11023933(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCCGCCACCACCTTCTC
SmilChr02G001959 Chr02 NC_080388.1:35374331-35374349promoter 内 855-873 bp + 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 35377477-35377821(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGAGTCAACCACCAGAGC
SmilChr02G004429 Chr02 NC_080388.1:66648423-66648441promoter 内 835-853 bp + 3148 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 66640131-66645275(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGACTGTGGTTGGAATTT
SmilChr01G005330 Chr01 NC_080387.1:70502434-70502452promoter 内 830-848 bp - 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70505605-70506920(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAAAGGTAGTTGAATGTA
SmilChr01G003491 Chr01 NC_080387.1:53463330-53463348promoter 内 820-838 bp + 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53457578-53460167(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTTTGGTGGTTGCAATTG
SmilChr04G001813 Chr04 NC_080390.1:29630159-29630177promoter 内 778-796 bp + 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 29633382-29634236(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATACACAACCACCAACCA
SmilChr04G001986 Chr04 NC_080390.1:32160115-32160133promoter 内 767-785 bp + 3216 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 32154517-32156899(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTTTTGTGGTTGGGATAA
SmilChr05G001527 Chr05 NC_080391.1:13991992-13992010promoter 内 758-776 bp - 3225 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 13995235-14000208(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTGATGTAGTTGGAACCA
SmilChr03G003070 Chr03 NC_080389.1:47699656-47699674promoter 内 757-775 bp - 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47695414-47696430(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGAGGCCAACCACCGTCGA
SmilChr02G000125 Chr02 NC_080388.1:1701988-1702006promoter 内 703-721 bp - 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1705286-1708522(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GACTTATTGGTTGGAGGAG
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SmilChr01G001927 Chr01 NC_080387.1:34416862-34416880promoter 内 659-677 bp - 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34412044-34413538(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATTCACAACCACATCTAT
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