转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 99 / 136 下载 TSV

上一页 99 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000607 Chr03 NC_080389.1:6707127-6707137promoter 内 3896-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 8 6706463-6707032(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGACGG
SmilChr04G001450 Chr04 NC_080390.1:23828718-23828728promoter 内 3896-3906 bp - 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 8 23828823-23830991(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGACGG
SmilChr04G003424 Chr04 NC_080390.1:50829421-50829431promoter 内 3887-3897 bp + 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 8 50827045-50829317(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGACGG
SmilChr08G004717 Chr08 NC_080394.1:56586904-56586914promoter 内 631-641 bp + 3360 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 7 56590274-56593703(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCGTCAGCGCT
SmilChr04G002811 Chr04 NC_080390.1:44112947-44112957promoter 内 2488-2498 bp + 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 5 44108660-44111444(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGACGG
SmilChr01G001093 Chr01 NC_080387.1:22378349-22378359promoter 内 2627-2637 bp - 1364 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 22379723-22397006(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGTGGA
SmilChr08G001669 Chr08 NC_080394.1:13914219-13914229promoter 内 769-779 bp - 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 13917451-13926217(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGT
SmilChr08G000866 Chr08 NC_080394.1:6435474-6435484promoter 内 3200-3210 bp + 791 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 6436275-6437691(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCATG
SmilChr02G000638 Chr02 NC_080388.1:9670203-9670213promoter 内 2911-2921 bp - 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 9664075-9669123(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACTTCAGCGCC
SmilChr01G005001 Chr01 NC_080387.1:68050263-68050273promoter 内 1943-1953 bp + 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 68052321-68052394(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCACAGCGCG
SmilChr01G000035 Chr01 NC_080387.1:568222-568232promoter 内 265-275 bp - 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 571958-572815(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAAGA
SmilChr07G001744 Chr07 NC_080393.1:14804178-14804188promoter 内 3980-3990 bp + 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 14801011-14804167(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGACGG
SmilChr01G004967 Chr01 NC_080387.1:67780933-67780943promoter 内 3958-3968 bp + 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 67780976-67783807(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCACAGCGCG
SmilChr02G004146 Chr02 NC_080388.1:63779101-63779111promoter 内 3894-3904 bp - 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 63779208-63782520(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCT
SmilChr02G002325 Chr02 NC_080388.1:40925237-40925247promoter 内 3875-3885 bp + 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 40925363-40926307(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCACAGCGCG
SmilChr06G001209 Chr06 NC_080392.1:12386183-12386193promoter 内 3870-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 12380509-12386062(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGTGGA
SmilChr06G003052 Chr06 NC_080392.1:43412458-43412468promoter 内 3856-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 43410461-43412323(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAAGA
SmilChr03G003468 Chr03 NC_080389.1:53126699-53126709promoter 内 3831-3841 bp - 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53126869-53130043(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCT
SmilChr02G005355 Chr02 NC_080388.1:74296080-74296090promoter 内 3799-3809 bp - 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 74295801-74295888(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGC
SmilChr02G002198 Chr02 NC_080388.1:39225486-39225496promoter 内 3692-3702 bp + 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 39225795-39226538(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCACAGCGCG
SmilChr02G005354 Chr02 NC_080388.1:74296080-74296090promoter 内 3642-3652 bp - 349 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 74295644-74295731(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGC
SmilChr07G002049 Chr07 NC_080393.1:18616650-18616660promoter 内 3639-3649 bp - 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 18615423-18616298(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCACAGCGCG
SmilChr02G004963 Chr02 NC_080388.1:71553193-71553203promoter 内 3566-3576 bp + 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 71547117-71552768(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCT
SmilChr03G001369 Chr03 NC_080389.1:16039304-16039314promoter 内 3528-3538 bp - 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16039777-16039882(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCT
SmilChr08G003760 Chr08 NC_080394.1:43015269-43015279promoter 内 3528-3538 bp - 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 43015742-43015847(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCT
SmilChr03G001936 Chr03 NC_080389.1:27459694-27459704promoter 内 3516-3526 bp + 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 27459114-27459219(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCT
SmilChr03G002052 Chr03 NC_080389.1:31099643-31099653promoter 内 3516-3526 bp + 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 31099063-31099168(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCT
SmilChr01G003111 Chr01 NC_080387.1:49919983-49919993promoter 内 3513-3523 bp - 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 49920471-49922006(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAAGA
SmilChr02G005353 Chr02 NC_080388.1:74296080-74296090promoter 内 3504-3514 bp - 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 74295498-74295593(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGC
SmilChr06G002788 Chr06 NC_080392.1:40564741-40564751promoter 内 3479-3489 bp - 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 40565263-40575199(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCT
SmilChr05G000645 Chr05 NC_080391.1:4889203-4889213promoter 内 3398-3408 bp + 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4889806-4890300(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCACAGCGCG
SmilChr06G001210 Chr06 NC_080392.1:12386183-12386193promoter 内 3393-3403 bp + 598 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 12386791-12389513(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCACAGCGCG
SmilChr06G002704 Chr06 NC_080392.1:39022597-39022607promoter 内 3379-3389 bp + 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 39020807-39021985(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATGCTGAGCG
SmilChr04G001195 Chr04 NC_080390.1:18303377-18303387promoter 内 3378-3388 bp - 613 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 18300691-18302764(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGC
SmilChr02G005352 Chr02 NC_080388.1:74296080-74296090promoter 内 3365-3375 bp - 626 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 74295357-74295454(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGC
SmilChr04G001621 Chr04 NC_080390.1:26968643-26968653promoter 内 3299-3309 bp - 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 26969345-26975215(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CATGCTGAGCG
SmilChr07G003826 Chr07 NC_080393.1:47295221-47295231promoter 内 3259-3269 bp - 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 47292482-47294489(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGC
SmilChr05G001725 Chr05 NC_080391.1:16560412-16560422promoter 内 3225-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16561188-16563669(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGT
SmilChr02G005351 Chr02 NC_080388.1:74296080-74296090promoter 内 3188-3198 bp - 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 74295157-74295277(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGC
SmilChr04G000365 Chr04 NC_080390.1:3672416-3672426promoter 内 3077-3087 bp + 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3673340-3674452(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTTCAGCGCG
SmilChr07G001511 Chr07 NC_080393.1:12060480-12060490promoter 内 3036-3046 bp - 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 12048703-12059525(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGC
SmilChr07G001548 Chr07 NC_080393.1:12587472-12587482promoter 内 3030-3040 bp - 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 12576244-12586511(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCTCAGCAGC
SmilChr03G001595 Chr03 NC_080389.1:20216624-20216634promoter 内 3022-3032 bp - 969 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 20217603-20258715(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAAGT
SmilChr02G002867 Chr02 NC_080388.1:48845100-48845110promoter 内 3007-3017 bp - 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48826093-48844116(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTTCAGCGCG
SmilChr07G000008 Chr07 NC_080393.1:31304-31314promoter 内 2967-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 28082-30280(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACTTCAGCGCC
SmilChr07G003396 Chr07 NC_080393.1:36825997-36826007promoter 内 2931-2941 bp - 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 36827067-36833949(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAAGA
SmilChr01G000052 Chr01 NC_080387.1:833740-833750promoter 内 2907-2917 bp + 1084 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 830932-832656(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCT
SmilChr02G002199 Chr02 NC_080388.1:39225486-39225496promoter 内 2899-2909 bp + 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 39226588-39227571(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCACAGCGCG
SmilChr01G002034 Chr01 NC_080387.1:35976274-35976284promoter 内 2880-2890 bp + 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 35977395-35979703(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCACAGCGCG
SmilChr07G003812 Chr07 NC_080393.1:46984190-46984200promoter 内 2860-2870 bp - 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 46977771-46983059(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTTCAGCGCG